Het onderhandelingsproces bestaat uit drie belangrijke aspecten:

• Organiseren voor partnerschap: dit begint met overleg met alle belanghebbenden over het concept van medebeheer. Wanneer zij de noodzaak begrijpen en inzien om het co-managementpartnerschap tussen actoren tot stand te brengen, moeten ze worden georganiseerd om klaar te zijn voor de onderhandelingen over de overeenkomst. Het organisatieaspect is essentieel om passieve individuen in de gemeenschap te veranderen in een georganiseerde groep met een gemeenschappelijke visie en om een hoog participatieniveau te garanderen.
• Onderhandelen over de medebeheerovereenkomst en de instelling voor gedeeld bestuur: Dit is de praktijk van machtsdeling tussen actoren. Door te onderhandelen uiten verschillende actoren hun zorgen en dragen ze hun ideeën aan over hoe natuurlijke hulpbronnen beheerd en behouden moeten worden. Er wordt ook onderhandeld over bestuurlijke kwesties, zoals wie beslissingen mag nemen en wat de verantwoordelijkheden en verantwoordingsplichten van de verschillende actoren zijn.
• Al doende leert men: het onderhandelingsproces is geen lineair proces, maar een spiraal waarbij de overeenkomst wordt geïmplementeerd, het functioneren van de gedeelde bestuursinstelling wordt ondersteund, het monitoren en evalueren van de resultaten en effecten in de loop van de tijd wordt voortgezet en input wordt geleverd voor vernieuwing van de overeenkomst.

Groepsleren, peer-feedback en peer-to-peer uitwisselingen zijn ingebed in het ontwerp van het MAR-Leadership programma. Dit wordt gekoppeld aan doorlopende virtuele netwerkmogelijkheden om de fellows in staat te stellen een steungroep te ontwikkelen voor hun huidige projecten en hun voortdurende passie voor het behoud van het Meso-Amerikaanse Rif. MAR Leadership streeft naar een geconsolideerd, actief MAR Leadership netwerk waar fellows onderling en met experts, gemeenschappen, overheden en academische instellingen samenwerken, ongeacht grenzen. Het smeden van verbindingen over disciplines, organisaties en geografische grenzen heen staat centraal in de missie van MAR-Leadership.

De capaciteit van lokale natuurbeschermingsleiders wordt versterkt, zodat ze effectiever worden in het ontwerp en de uitvoering van hun natuurbeschermingsprojecten op een manier die fellows van dit programma hun hele leven lang van dienst zal zijn.

Het MAR Leadership Program biedt groeps- en individuele training:

Tijdens groepsworkshops worden fellows getraind in projectontwerp en worden hun leiderschapscapaciteiten verfijnd. Doelgerichte competenties zijn onder andere de ontwikkeling van effectieve communicatiestrategieën, spreken in het openbaar, onderhandelen en conflicten oplossen, tijdmanagement en leiderschap in teammanagement.

Voor individuele training hebben fellows toegang tot een klein budget dat gebruikt kan worden om deel te nemen aan cursussen of technische diplomaprogramma's, intensieve lessen Engels of Spaans, bezoeken aan mentoren, bezoeken aan proefprojecten, stages bij internationale organisaties die zich bezighouden met onderwerpen die verband houden met het project van de fellow, evenals de productie van marktstudies en het genereren van gegevens om de haalbaarheid van het project van een bepaalde fellow te ondersteunen. Deze fondsen worden besteed volgens een opleidingsplan dat is opgesteld met input van zowel het personeel van het programma als internationale experts.

Het bestaan van robuuste beleidskaders vergemakkelijkt het ontwerp en de uitvoering van lokale en nationale initiatieven voor blauwe koolstof. Dit beleid bevordert de officiële steun van de overheid en de basis voor institutionele rollen, en biedt verbanden met ander nationaal en internationaal beleid, mechanismen en strategieën (zoals NDC's, REDD+ en NAMA's). Het proces van beleidsvorming begint met informeel overleg met nationale autoriteiten om actoren in kaart te brengen, hun interesse te peilen en hun steun te verkrijgen. Aangezien dit constructies op nationale schaal zijn, is strategisch advies en facilitering van het proces belangrijk.

In 2015 onderging de Bejuco snapper visserij een volledige beoordeling door de Marine Stewardship Council (MSC). Het certificeringsproces werd echter in 2016 stopgezet vanwege ernstige tekortkomingen in het nationale bestuur. Omdat het voor veel kleinschalige visserijen moeilijk is om aan de strenge eisen van de MSC te voldoen, heeft Fair Trade USA een Capture Fisheries Program ontwikkeld dat de milieunormen van de MSC combineert met strenge sociale eisen. Het certificeringsproces verloopt geleidelijk en stelt visserijen in staat om over een periode van 6 jaar de middelen te ontwikkelen die nodig zijn om aan de eisen van de standaard te voldoen in plaats van alles in één keer op het moment van beoordeling, zoals de MSC vereist. Het Fair Trade proces sluit beter aan bij de sociale en beheertechnische realiteit waarbinnen de meeste ambachtelijke visserijen opereren. Daarom zijn vissers en belanghebbenden in de waardeketen begonnen met een eerste Fair Trade pre-evaluatie van de visserij. De certificeringsbouwsteen van deze oplossing heeft in de loop der jaren veel veranderingen ondergaan, maar de projectleden hebben het gevoel dat ze vooruitgang boeken in de richting van levensvatbare sociaaleconomische verbeteringen voor de lange termijn, die sinds het begin van het MSC proces de drijvende kracht achter het certificeringsinitiatief zijn geweest.

Om een ecologisch duurzame visserij te ontwikkelen en te beheren, moet er een aantal prestatie-indicatoren worden vastgesteld voor de doelsoorten, veelvoorkomende bijvangstsoorten, milieufactoren en beheersregimes. Voorbeelden hiervan voor de ambachtelijke beugvisserij op Bejuco zijn de status van het bestand, bijvangst- en teruggooipercentages, vangstpercentages van bedreigde en/of beschermde soorten, de impact van het vistuig op de zeebodem en bijbehorende benthische organismen, het lokale beheerplan en de nationale visserijbeheercapaciteit. Sinds 2007 wordt de vangstsamenstelling van de beugvisserij in Bejuco continu gecontroleerd door waarnemers aan de kade en onderzoekers die de vissers vergezellen op hun nachtelijke tochten. Deze informatie, samen met de verzameling van ecologische kennis van de vissers, heeft de onderzoekers in staat gesteld om veel van deze indicatoren te identificeren. In nauwe samenwerking met de nationale overheid krijgen initiatieven voor de ontwikkeling van beschermde gebieden en beheerplannen ook vorm.

Participatieve plattelandsbeoordelingen helpen om een beeld te schetsen van zowel de sociaaleconomische als de milieusituatie en de grootste zorgen. Geografische beoordelingen en het gebruik van geografische informatiesystemen helpen bij het identificeren van het projectgebied en de risicozones die het meest worden getroffen door de gevolgen van klimaatverandering, zoals zeespiegelstijging en verzilting.