Il processo di negoziazione si articola in tre aspetti chiave:

• Organizzazione del partenariato: inizia con la consultazione di tutte le parti interessate sul concetto di cogestione. Quando capiscono e vedono la necessità di creare un partenariato di cogestione tra gli attori, devono organizzarsi per essere pronti a negoziare l'accordo. L'aspetto organizzativo è essenziale per trasformare gli individui passivi della comunità in un gruppo organizzato con una visione comune e per garantire un alto livello di partecipazione.
• Negoziare l'accordo di cogestione e l'istituzione di una governance condivisa: Si tratta della pratica di condivisione del potere tra gli attori. Attraverso la negoziazione, i diversi attori esprimono le loro preoccupazioni e contribuiscono con le loro idee su come le risorse naturali dovrebbero essere gestite e conservate. Si negoziano anche questioni di governance, come chi può prendere decisioni e quali sono le responsabilità di ciascun attore.
• Imparare facendo: il processo di negoziazione non è un processo lineare, ma un ciclo a spirale che prevede l'attuazione dell'accordo, il sostegno al funzionamento dell'istituzione di governance condivisa, il monitoraggio e la revisione dei risultati e degli impatti nel tempo e la fornitura di input per il rinnovo dell'accordo.

L'apprendimento di gruppo, il feedback tra pari e gli scambi tra pari sono parte integrante del programma MAR-Leadership, insieme alle opportunità di networking virtuale per consentire ai borsisti di sviluppare un gruppo di supporto per i loro progetti in corso e la loro passione per la conservazione della barriera corallina mesoamericana. MAR Leadership mira a creare una rete consolidata e attiva di MAR Leadership in cui i borsisti collaborino tra loro e con esperti, comunità, governi e istituzioni accademiche, indipendentemente dai confini. Creare connessioni attraverso le discipline, le organizzazioni e i confini geografici è stato fondamentale per la missione di MAR-Leadership.

La capacità dei leader locali della conservazione viene rafforzata in modo che diventino più efficaci nella progettazione e nell'attuazione dei loro progetti di conservazione, in modo da servire i partecipanti a questo programma per tutta la vita.

Il programma MAR Leadership offre formazione di gruppo e individuale:

Durante i workshop di gruppo, i borsisti vengono istruiti sulla progettazione e le loro capacità di leadership vengono affinate. Le competenze mirate comprendono lo sviluppo di strategie di comunicazione efficace, il parlare in pubblico, la negoziazione e la risoluzione dei conflitti, la gestione del tempo e la leadership nella gestione dei team.

Per la formazione individuale i borsisti hanno accesso a un piccolo budget che può essere utilizzato per partecipare a corsi o programmi di diploma tecnico, corsi intensivi di inglese o spagnolo, visite a mentori, visite a progetti pilota, stage in organizzazioni internazionali che si occupano di argomenti associati al progetto del borsista, nonché la produzione di studi di mercato e la generazione di dati per sostenere la fattibilità di un determinato progetto del borsista. I fondi vengono spesi in base a un piano di formazione progettato con il contributo dello staff del programma e di esperti internazionali.

L'esistenza di quadri politici solidi facilita la progettazione e l'attuazione di iniziative locali e nazionali sul carbonio blu. Queste politiche promuovono il sostegno ufficiale del governo e le basi per i ruoli istituzionali, e offrono collegamenti con altre politiche, meccanismi e strategie nazionali e internazionali (come NDC, REDD+ e NAMA). Il processo di costruzione delle politiche inizia con consultazioni informali con le autorità nazionali per mappare gli attori, valutare il loro interesse e ottenere il loro sostegno. Trattandosi di costruzioni su scala nazionale, è importante la consulenza strategica e la facilitazione del processo.

Nel 2015 la pesca del dentice di Bejuco è stata sottoposta a una valutazione completa da parte del Marine Stewardship Council (MSC). Il processo di certificazione è stato però interrotto nel 2016 a causa di gravi carenze nella governance nazionale. Data la difficoltà per molte attività di pesca su piccola scala di soddisfare i rigorosi requisiti del MSC, Fair Trade USA ha sviluppato un programma di cattura della pesca che combina gli standard ambientali del MSC con solidi requisiti sociali. Il processo di certificazione è graduale e consente alle attività di pesca di sviluppare gli strumenti necessari per soddisfare i requisiti dello standard nell'arco di 6 anni, anziché tutto in una volta al momento della valutazione, come richiesto dall'MSC. Il processo del commercio equo e solidale risponde meglio alle realtà sociali e gestionali in cui opera la maggior parte delle attività di pesca artigianale. Per questo motivo, i pescatori e le parti interessate della catena del valore hanno avviato una prima valutazione preliminare del commercio equo e solidale della pesca. L'elemento costitutivo di questa soluzione di certificazione ha subito molti cambiamenti nel corso degli anni, ma i membri del progetto ritengono che si stiano facendo passi avanti verso miglioramenti socio-economici praticabili e a lungo termine che, fin dall'inizio del processo MSC, sono stati la forza trainante dell'iniziativa di certificazione.

Per sviluppare e gestire un'attività di pesca sostenibile dal punto di vista ambientale, è necessario stabilire una serie di indicatori di performance per le specie bersaglio, le specie comuni catturate in via accessoria, i fattori ambientali e i regimi di gestione. Per la pesca artigianale del dentice con palangari di fondo di Bejuco, ad esempio, sono stati presi in considerazione lo stato dello stock, i tassi di catture accessorie e di rigetti, i tassi di cattura di specie minacciate e/o protette, l'impatto degli attrezzi sul fondale marino e sugli organismi bentonici associati, il piano di gestione locale e la capacità di gestione della pesca a livello nazionale. Dal 2007, la composizione delle catture della pesca con palangari di fondo di Bejuco è stata costantemente monitorata da osservatori e ricercatori che accompagnano i pescatori nelle loro uscite notturne. Queste informazioni, insieme alla raccolta delle conoscenze ecologiche dei pescatori, hanno permesso ai ricercatori di identificare molti di questi indicatori. In stretta collaborazione con il governo nazionale, stanno prendendo forma anche iniziative di sviluppo di aree protette e piani di gestione.

Le valutazioni rurali partecipative aiutano a tracciare un quadro della situazione socio-economica e ambientale e delle principali preoccupazioni. Le valutazioni geografiche e l'uso di sistemi informativi geografici aiutano a identificare l'area del progetto e le zone a rischio che sono maggiormente colpite dagli impatti del cambiamento climatico, come l'innalzamento del livello del mare e la salinità.