تتكون عملية التفاوض من ثلاثة جوانب رئيسية:

• التنظيم من أجل الشراكة: يبدأ ذلك بالتشاور مع جميع أصحاب المصلحة حول مفهوم الإدارة المشتركة. عندما يتفهمون ويرون الحاجة إلى إنشاء شراكة الإدارة المشتركة بين الجهات الفاعلة، يجب تنظيمهم ليكونوا مستعدين للتفاوض على الاتفاقية. إن الجانب التنظيمي ضروري لتحويل الأفراد السلبيين في المجتمع إلى مجموعة منظمة ذات رؤية مشتركة ولضمان مستوى عالٍ من المشاركة.
• التفاوض على اتفاقية الإدارة المشتركة ومؤسسة الحوكمة المشتركة: هذه هي ممارسة تقاسم السلطة بين الجهات الفاعلة. من خلال التفاوض، تعبر الجهات الفاعلة المختلفة عن مخاوفها وتساهم بأفكارها حول كيفية إدارة الموارد الطبيعية والحفاظ عليها. كما يتم التفاوض على قضايا الحوكمة مثل من يمكنه اتخاذ القرارات وما هي المسؤوليات والمساءلة لكل جهة فاعلة.
• التعلّم بالممارسة: عملية التفاوض ليست عملية خطية بل هي حلقات لولبية لتنفيذ الاتفاقية، واستدامة عمل مؤسسة الحوكمة المشتركة، ومواصلة رصد ومراجعة نتائجها وآثارها عبر الزمن، وتوفير مدخلات لتجديد الاتفاقية.

إن التعلم الجماعي وتعليقات الأقران وتبادل الآراء بين الأقران جزء لا يتجزأ من تصميم برنامج قيادة MAR-Leadership. يقترن ذلك بفرص التواصل الافتراضي المستمر لتمكين الزملاء من تطوير مجموعة دعم لمشاريعهم الحالية وشغفهم المستمر للحفاظ على الشعاب المرجانية في أمريكا الوسطى. تسعى قيادة MAR Leadership إلى إنشاء شبكة موحدة وفعالة لقيادة MAR حيث يتعاون الزملاء فيما بينهم ومع الخبراء والمجتمعات والحكومات والمؤسسات الأكاديمية، بغض النظر عن الحدود. وقد كان إقامة الروابط عبر التخصصات والمنظمات والحدود الجغرافية أمرًا محوريًا في مهمة برنامج قيادة MAR-Leadership.

يتم تعزيز قدرات قادة الحفاظ على البيئة المحليين بحيث يصبحون أكثر فعالية في تصميم وتنفيذ مشاريعهم الخاصة بالحفاظ على البيئة بطريقة تخدم زملاء هذا البرنامج طوال حياتهم.

يقدم برنامج القيادة في برنامج MAR للقيادة تدريباً جماعياً وفردياً:

خلال ورش العمل الجماعية يتم تدريب الزملاء على تصميم المشاريع وصقل قدراتهم القيادية. وتشمل الكفاءات المستهدفة تطوير استراتيجيات التواصل الفعال والخطابة والتفاوض وحل النزاعات وإدارة الوقت والقيادة في إدارة الفريق.

أما بالنسبة للتدريب الفردي، فيحصل الزملاء على ميزانية صغيرة يمكن استخدامها للمشاركة في دورات أو برامج دبلوم تقني، ودروس مكثفة في اللغة الإنجليزية أو الإسبانية، وزيارات للمرشدين، وزيارات لمشاريع تجريبية، والتدريب في المنظمات الدولية التي تتعامل مع مواضيع مرتبطة بمشروع الزميل أو الزميلة، بالإضافة إلى إنتاج دراسات السوق وتوليد البيانات لتعزيز جدوى مشروع الزميل أو الزميلة. ويتم إنفاق هذه الأموال وفقاً لخطة تدريب مصممة بمساهمات من موظفي البرنامج والخبراء الدوليين.

يسهل وجود أطر سياسات قوية تصميم وتنفيذ مبادرات الكربون الأزرق المحلية والوطنية. وتعزز هذه السياسات الدعم الحكومي الرسمي والأساس للأدوار المؤسسية، وتوفر روابط مع السياسات والآليات والاستراتيجيات الوطنية والدولية الأخرى (مثل المساهمات المحددة وطنياً وخفض الانبعاثات الناجمة عن إزالة الغابات وتدهورها وإجراءات التخفيف الملائمة وطنياً). تبدأ عملية بناء السياسات بمشاورات غير رسمية مع السلطات الوطنية لتحديد الجهات الفاعلة وقياس اهتمامها والحصول على دعمها. ونظراً لأن هذه هي بناءات على المستوى الوطني، فإن المشورة الاستراتيجية وتيسير العملية أمر مهم.

في عام 2015 خضعت مصايد أسماك النهاش البيجوكو لتقييم كامل من قبل مجلس الإشراف البحري (MSC). ومع ذلك، تم إيقاف عملية الاعتماد في عام 2016 بسبب أوجه القصور الخطيرة في الإدارة الوطنية. وبسبب صعوبة استيفاء العديد من مصايد الأسماك الصغيرة النطاق للمتطلبات الصارمة لمجلس الإشراف البحري، طورت منظمة التجارة العادلة في الولايات المتحدة الأمريكية برنامج مصايد الأسماك المصيدة الذي يجمع بين المعايير البيئية لمجلس الإشراف البحري والمتطلبات الاجتماعية الصارمة. وتتم عملية الاعتماد بشكل تدريجي وتسمح لمصائد الأسماك بتطوير الأدوات اللازمة للامتثال لمتطلبات المعيار على مدى 6 سنوات بدلاً من أن يتم ذلك دفعة واحدة في وقت التقييم كما تتطلبه لجنة السلامة البحرية. تعالج عملية التجارة العادلة بشكل أفضل الحقائق الاجتماعية والإدارية التي تعمل في إطارها غالبية مصايد الأسماك الحرفية. ولهذا السبب، بدأ الصيادون وأصحاب المصلحة في سلسلة القيمة في إجراء تقييم أولي مسبق للتجارة العادلة لمصايد الأسماك. وقد خضعت هذه اللبنة الأساسية لإصدار الشهادات للعديد من التغييرات على مر السنين، ولكن أعضاء المشروع يشعرون أنهم يحرزون تقدماً نحو تحسينات اجتماعية واقتصادية طويلة الأجل قابلة للتطبيق، والتي كانت منذ بداية عملية مجلس الإشراف على مصايد الأسماك القوة الدافعة وراء مبادرة إصدار الشهادات.

ومن أجل تطوير مصايد الأسماك المستدامة بيئياً وإدارتها، يجب وضع عدد من مؤشرات الأداء للأنواع المستهدفة وأنواع المصيد العرضي الشائعة والعوامل البيئية وأنظمة الإدارة. ومن الأمثلة على هذه المؤشرات بالنسبة لمصايد أسماك النهاش القاعي الحرفي في بيجوكو بالخيوط الطويلة القاعية حالة المخزون، ومعدلات الصيد العرضي والمرتجع، ومعدلات صيد الأنواع المهددة و/أو المحمية، وتأثيرات المعدات على قاع البحر والكائنات القاعية المرتبطة بها، وخطة الإدارة المحلية، والقدرة الوطنية لإدارة مصايد الأسماك. ومنذ عام 2007، يتم رصد تركيبة المصيد في مصايد أسماك القاع بالخيوط الطويلة في بيجوكو بشكل مستمر من قبل المراقبين والباحثين الذين يرافقون الصيادين في رحلاتهم الليلية. وقد أتاحت هذه المعلومات، إلى جانب جمع المعرفة البيئية للصيادين، للباحثين تحديد العديد من هذه المؤشرات. وبالتعاون الوثيق مع الحكومة الوطنية، تتبلور أيضاً مبادرات تطوير المناطق المحمية وخطط الإدارة.

تساعد التقييمات الريفية التشاركية في رسم صورة للوضع الاجتماعي والاقتصادي والبيئي والشواغل الرئيسية. وتساعد التقييمات الجغرافية واستخدام نظم المعلومات الجغرافية على تحديد منطقة المشروع ومناطق الخطر الأكثر تأثراً بتأثيرات تغير المناخ مثل ارتفاع مستوى سطح البحر والملوحة.