Coral Triangle Center mengembangkan sistem biaya masuk yang diformalkan oleh Peraturan Daerah berdasarkan survei 'kemauan untuk membayar'. Survei tersebut mengindikasikan bahwa wisatawan yang berkunjung ke Nusa Penida akan membayar antara USD5 - USD10 per kunjungan. Namun, Pemerintah Kabupaten hanya menyetujui untuk memungut USD1 per kunjungan untuk menghindari penurunan jumlah wisatawan. Pada tahun pertama, biaya yang terkumpul mencapai USD140.000. Namun, rencana bisnis 20 tahun untuk KKP, menunjukkan kebutuhan USD600.000 per tahun (skenario minimum) dan USD800.000 per tahun (skenario maksimum). Dengan demikian, saat ini biaya masuk mencakup sekitar 25% dari biaya pengelolaan KKP (skenario minimum). Pemerintah Kabupaten akan meningkatkan biaya masuk secara bertahap menjadi USD5 dalam 10 tahun. Dengan asumsi 200.000 pengunjung per tahun, biaya masuk akan mencapai USD1 juta per tahun, bahkan lebih tinggi dari biaya skenario maksimum. Sumber pendapatan lain untuk menutupi 20% dari biaya pengelolaan berasal dari anggaran Pemerintah, cinderamata dan barang dagangan, perjalanan pendidikan dan kolaborasi dengan LSM dan donor lainnya. Selain meningkatnya biaya pengelolaan, tantangan saat ini termasuk pengalihan wewenang dan tugas seperti memungut biaya masuk dari Pemerintah Kabupaten ke Pemerintah Provinsi Bali karena adanya perubahan hukum nasional.