Mercan Üçgeni Merkezi, 'ödeme istekliliği' anketine dayalı olarak Bölge Yönetmeliği ile resmileştirilen bir giriş ücreti sistemi geliştirmiştir. Anket, Nusa Penida'yı ziyaret eden turistlerin giriş başına 5 ila 10 USD arasında bir ücret ödeyeceğini göstermiştir. Ancak Bölge Hükümeti, turist sayısının azalmasını önlemek için ziyaret başına sadece 1 USD tahsil edilmesini onaylamıştır. İlk yıl toplanan ücret 140.000 USD'ye ulaşmıştır. Ancak MPA için hazırlanan 20 yıllık iş planı, yılda 600.000 USD (minimum senaryo) ve 800.000 USD (maksimum senaryo) gerektiğini göstermektedir. Dolayısıyla, şu anda giriş ücreti MPA yönetim maliyetinin yaklaşık %25'ini karşılamaktadır (minimum senaryo). Bölge Hükümeti 10 yıl içinde ücretsiz giriş ücretini kademeli olarak 5 USD'ye çıkaracaktır. Yılda 200.000 ziyaretçi olduğu varsayılırsa, giriş ücreti yılda 1 milyon USD'ye ulaşacak ve maksimum senaryo maliyetlerinden bile daha yüksek olacaktır. Yönetim maliyetinin %20'sini karşılayacak bir diğer gelir kaynağı da Hükümet bütçesi, hediyelik eşya ve ticari ürünler, eğitim gezileri ve STK'lar ve diğer bağışçılarla işbirliğinden gelmektedir. Artan yönetim maliyetlerine ek olarak, mevcut zorluk, değişen ulusal yasa nedeniyle giriş ücretlerinin toplanması gibi yetki ve görevlerin Bölge Hükümetinden Bali İl Hükümetine devredilmesini de içermektedir.