L'Accordo di Programma definisce e delinea i ruoli e le responsabilità degli attori istituzionali coinvolti nella gestione del sito. Questo accordo è completato da un protocollo di attuazione, firmato il 3 agosto 2018, che delinea gli elementi chiave dell'Accordo di Programma per l'istituzione di un Ufficio del Sito UNESCO supportato da una Segreteria Tecnica (guidata Regione Liguria per 2 anni) composta da personale tecnico e amministrativo. Il piano di attuazione identifica l'Ufficio del Sito UNESCO come responsabile tecnico e amministrativo per i beni del Patrimonio Mondiale di Porto Venere, delle Cinque Terre e delle Isole. L'Ufficio ha il ruolo centrale di fornire supporto e coordinamento operativo al gruppo di lavoro tecnico-amministrativo permanente, supportare l'implementazione delle azioni territoriali e il monitoraggio del Piano di Gestione, e funge da punto di contatto con il Centro del Patrimonio Mondiale, il Ministero italiano e l'Ufficio nazionale UNESCO. Il Segretario coordina tutte le attività dei comitati direttivi e dei gruppi di lavoro esistenti (BB4).
L'Ufficio del Sito UNESCO si dedica anche al miglioramento dei servizi forniti agli utenti all'interno del sito, secondo le linee guida dell'UNESCO, al fine di incrementare una risposta efficace ai bisogni emergenti del territorio.
La creazione, l'esistenza e il mandato dell'Ufficio del Sito UNESCO e del Segretario Tecnico sono definiti nell'accordo di programma congiunto firmato il 1° agosto 2016 e nel protocollo di attuazione firmato il 3 agosto 2018. Per essere operativo, l'aspetto del finanziamento dell'ufficio è affrontato direttamente nell'Accordo di programma e prevede una prospettiva di contributi da parte degli stakeholder firmatari.
L'istituzione dell'Ufficio del Sito UNESCO e della Segreteria Tecnica ha permesso di applicare un approccio più efficiente alla gestione di "Portovenere, Cinque Terre e Isole (Palmaria, Tino e Tinetto)" e di creare una struttura permanente a supporto di tutti gli organi di governo istituiti (Building Block 4): il Comitato di Coordinamento, la Comunità dei Comuni della Buffer Zone, il Gruppo di lavoro tecnico-amministrativo e il Comitato di Consulenza.
La Segreteria Tecnica offre supporto alle attività del Comitato di Coordinamento, del Gruppo di Lavoro e dell'Ufficio del sito UNESCO, che è responsabile della conformità tecnica e amministrativa ai requisiti del Patrimonio Mondiale e dell'implementazione territoriale, oltre ad essere un'occasione di dialogo diretto con e tra gli stakeholder istituzionali, le comunità locali e i visitatori del sito.