La creación de espacios de trabajo que involucren a todos los sectores de la sociedad (privados, organizaciones gubernamentales y organizaciones de la sociedad civil) contribuye a fortalecer y legitimar los esfuerzos realizados en el marco del Programa. Esto además facilita la generación de espacios de diálogo que permitan conducir o resolver conflictos derivados de la actividad productiva en un marco de respeto y tolerancia, reconociendo que en un territorio existen diferentes visiones e intereses y todos deben ser justamente considerados. Las alianzas promueven sinergias que potencian los esfuerzos individuales y facilitan una participación activa de todos los sectores de la sociedad. Son las que permiten construir un ideario de territorio, base de las sinergias, de la planificación colaborativa, de fomentar relaciones de poder más justas y de la generación de una visión común entre actores que tradicionalmente han estado desvinculados entre sí o que incluso han sido antagónicos, aunque han compartido las mismas limitaciones y potencialidades. En el marco del programa, las alianzas ponen el foco en los aspectos socio-ambientales del territorio, que suelen ser desatendidos desde una mirada centrada exclusivamente en lo productivo.
 

Para fortalecer el conocimiento de los actores involucrados en el manejo de las pesquerías e incrementar los recursos de capacitación y de consulta sobre el manejo pesquero, COBI creó el curso de autoaprendizaje “Ordenamiento pesquero con enfoque ecosistémico”. El curso se imparte de manera virtual y gratuita a través de la plataforma de Núcleo de capacitaciones de FAO. Los temas abordados son: 1) los fundamentos de biología pesquera y dinámica poblacional, 2) ordenamiento y manejo pesquero con enfoque ecosistémico, 3) manejo y restauración de pesquerías y ecosistemas marinos y, 4) casos de éxito en Latinoamérica.

A través del curso, se busca que los impactos de la pesca se consideren a través de diferentes ejes (ecológico, social, económico y gubernamental), que el manejo de pesquerías vaya más allá de la sostenibilidad de las poblaciones de especies objetivo, transmitir casos de éxito de pesca responsable a nivel Latinoamérica y lograr la implementación del conocimiento en la toma de decisiones.

Existe un consenso creciente acerca de la necesidad y posibilidad de dirigir los esfuerzos de la investigación e innovación hacia el logro de la conservación utilizando tecnologías eco-amigables.

El Instituto emplea la tecnología para el desarrollo, con la principal función de facilitar procesos clave en las comunidades y hacer frente al cambio climático, sin embargo esto es consultado con las comunidades y pueblos indígenas ya que son ellos los que tienen la última palabra al momento de implementar estos proyectos. 

El Instituto Mamirauá provee insumos de conocimiento científico a las comunidades locales y este se genera a través de las comunidades y los pueblos indígenas, aplicando procesos de gobernanza de Áreas de Conservación. 

Este conocimiento se produce a partir de 4 líneas de actuación; 

1. La educación ambiental
2. La protección ambiental
3. El fortalecimiento comunitario 
4. La comunicación comunitaria 

La producción de conocimiento busca crear soluciones a mediano y largo plazo.

El trabajo cercano a la comunidad respeta la diversidad de tradiciones, asumiendo los elementos de carácter regresivo.

El trabajo comunitario debe partir de los intereses y necesidades de la propia comunidad, debe ser ella la protagonista en la solución de los problemas. 

Los procesos de gobernanza que el Instituto aplica tiene como propósito facilitar los procesos de comunicación entre organización y comunidades, funciona a partir de una metodología basada en talleres de gestión inclusiva.

Un paso fundamental para hacerse cargo de la gestión fue reconocer la cosmovisión del Pueblo Rapa Nui y su comprensión de la naturaleza, así como su relación con su patrimonio cultural en la gestión del área protegida. Esto permite considerar las necesidades y oportunidades específicas del lugar. Este proceso implicó:

• La recuperación de la lengua indígena para la elaboración de documentos y materiales para la gestión del Parque Nacional;
• La consideración del sistema de organización ancestral basado en clanes, a través de la organización Honui que participa en el proceso de toma de decisiones en el Parque Nacional;
• Estudio de los lugares sagrados;
• Posible recuperación del nombre Rapa Nui para nombrar la isla en lugar de Isla de Pascua;
• La reconexión con los conocimientos tradicionales, las festividades y las expresiones culturales de Rapa Nui;
• El desarrollo de un plan de uso público en el que los usos tradicionales de la comunidad dialogan con los usos turísticos y patrimoniales;
• Reconocimiento y promoción del uso ancestral de plantas medicinales a partir de la generación de proyectos y programas de potenciación y recuperación del componente natural y medicina ancestral de Rapa Nui;
• Un plan para el regreso de Tupuna (antepasados) y elementos culturales que se encuentran fuera de la isla.

Para el establecimiento de una institución indígena que tome el cargo de la administración del Parque Nacional, fue necesario desarrollar una serie de instrumentos legales, administrativos y financieros. Este proceso de institucionalización requirió el estudio de referencias y la generación de un marco regulatorio y representativo para las operaciones de la nueva entidad gestora. Este marco se basa en un diálogo con las instituciones gubernamentales para implementar la transferencia administrativa y el establecimiento de instrumentos legales que ratifiquen la nueva entidad administrativa. Los pasos más importantes de este proceso fueron:

• Consulta a la comunidad indígena en octubre del 2015 en cumplimiento al Convenio 169 de la OIT.
• Creación de estatutos para la Comunidad Indígena Ma’u Henua estableciendo su estructura, funcionamiento, composición y Honui (representantes de clanes), entre otros.
• Elaboración de un Plan Operativo con el cual CONAF y Ma’u Henua administraron en conjunto el Parque entre 2016 y 2017.
• Promulgación de un Decreto del Ministerio de Bienes Nacionales que otorgó la administración del parque a Ma’u Henua .
• Marco que regule los procesos internos de auditorías económicas y cuentas de gestión pública para contribuir a una gestión transparente. 

Además de los recursos que los entes territoriales en Colombia deben, por ley, destinar a la conservación de los recursos hídricos, también diferentes actores del gobierno y de la sociedad civil se han constituído en aportantes de otras fuentes de recursos al efecto a través de convenios interadministrativos que dan apoyo tanto en recursos técnicos como con recursos económicos para la sostenibilidad del proyecto en las áreas, los convenios de solidaridad con las Juntas de Acción Comunal o los convenios de colaboración para la Gestión Integral en Microcuencas Hidrográficas Abastecedoras de Acueductos y Áreas de Interés Ambiental, además de los entes rectores ambientales y los municipios.

Destinación de un porcentaje de los presupuestos departamentales y municipales a la conservación de recursos hídricos.

El Plan, que considera un plazo de tiempo de 10 años, fue desarrollada por The Nature Conservancy (TNC) a partir de la implementacion de la herramienta metodológica "Planificación para la Conservación de Áreas" (PCA).

El plan cuenta con cinco programas, a saber:

1. Estrategias de Conservación y Restauración

2. Uso y Manejo sostenible de la biodiversidad con sus servicios ecosistémicos

3. Conocimiento e investigación

4. Empoderamiento

5. Co-gestión articulada y compartida (gobernanza ambiental participativa).