La mayoría de las áreas boscosas de las montañas Kii se han plantado porque esta área ha sido tradicionalmente un lugar para la tala. Los árboles se talan cada 50 a 100 años y, después de la tala, la gente planta árboles pequeños. Esta estrategia de tala tradicional se realiza desde el siglo XVI bajo una técnica tradicional como la recolección de semillas, la siembra, la densidad de siembra, el aclareo y la tala, especialmente en el condado de Yoshino, prefectura de Nara, donde los cerezos son característicos. La prefectura de Nara también ha introducido un impuesto para la conservación del medio ambiente forestal y está trabajando con voluntarios y organizaciones privadas a través de sus municipios para talar bosques abandonados. Los bosques abandonados se han replantado con árboles latifoliados en lugar de coníferos como el cedro y el ciprés, aptos para la silvicultura, y los bosques mixtos de coníferos y latifoliados se están convirtiendo en bosques libres de intervención humana. Paralelamente a la plantación y cosecha de árboles tradicionales, se trata de mantener los bosques y el paisaje forestal de las montañas Kii de una manera sostenible.

Duranto todo el proceso a través del cual lugares sagrados en las montañas Kii fueron designados como patrimonio cultural y patrimonio natural (como parte de un parque nacional), y luego incluidos en la Reserva de la Biosfera, para finalmente formar parte del bien de Patrimonio Mundial, se concedió a los cuerpos religiosos oficialmente su protección y gestión siguiendo los conocimientos tradicionales transmitidos durante siglos, basados ​​en creencias religiosas y valores sagrados. Por ejemplo, debido a su carácter sagrado, los bosques primitivos se han conservado bajo estrictas prohibiciones de tala por parte de las diferentes comunidades religiosas. Los paisajes montañosos son interpretados como "mandalas" materializados por los budistas Shingon, y los practicantes de Shugendo reproducen los "mandalas" haciendo peregrinaciones y realizando sus prácticas ascéticas en estos entornos naturales. Para los peregrinos, las montañas Kii representan el paraíso en la tierra. Otro ejemplo es el bosque sagrado de Nachi que ha sido designado como “monumento natural” por la Ley de Protección de los Bienes Culturales, y el manejo lo ha hecho el santuario sintoísta Kumano Nachi, como parte de su lugar sagrado. La cascada de Nachi se considera sagrada. Esto significa que las aguas sagradas no se pueden tocar ni desviar.

El Proceso de Laponia utiliza varios métodos tradicionales de gobernanza. Por ejemplo, Rádedibme o los ayuntamientos tienen una función central. Son reuniones abiertas sobre temas importantes que se realizan con la población local y diversos actores, donde se expresan y se toman en consideración los puntos de vista y conocimientos locales para la gestión. Searvelatnja significa "campo de aprendizaje" y se basa en diálogo y aprendizaje. A nivel conceptual esto significa que Laponia debe ser un espacio donde todos puedan participar, un lugar de encuentro para varias generaciones, culturas, idiomas y perspectivas. Al trabajar juntos, aprendemos unos de otros y compartimos el conocimiento de los demás. La gestión de Laponia es un proceso continuo, en el que se adopta un enfoque sin pretensiones, con el fin de crear una gestión local que integre los intereses de todas las partes interesadas. Oassebielráde o Consejo de las Partes es la reunión anual de todas las entidades que gestionan el Patrimonio Mundial. Esta reunión no designa un comité: las propias partes deciden quién las representará en Laponiatjuottjudus. Sin embargo, se requiere consenso al elegir al presidente. El consenso se busca como un proceso de toma de decisiones conjunta en el que todos deben estar de acuerdo antes de tomar cualquier decisión.

La creación de espacios de trabajo que involucren a todos los sectores de la sociedad (privados, organizaciones gubernamentales y organizaciones de la sociedad civil) contribuye a fortalecer y legitimar los esfuerzos realizados en el marco del Programa. Esto además facilita la generación de espacios de diálogo que permitan conducir o resolver conflictos derivados de la actividad productiva en un marco de respeto y tolerancia, reconociendo que en un territorio existen diferentes visiones e intereses y todos deben ser justamente considerados. Las alianzas promueven sinergias que potencian los esfuerzos individuales y facilitan una participación activa de todos los sectores de la sociedad. Son las que permiten construir un ideario de territorio, base de las sinergias, de la planificación colaborativa, de fomentar relaciones de poder más justas y de la generación de una visión común entre actores que tradicionalmente han estado desvinculados entre sí o que incluso han sido antagónicos, aunque han compartido las mismas limitaciones y potencialidades. En el marco del programa, las alianzas ponen el foco en los aspectos socio-ambientales del territorio, que suelen ser desatendidos desde una mirada centrada exclusivamente en lo productivo.
 

Para fortalecer el conocimiento de los actores involucrados en el manejo de las pesquerías e incrementar los recursos de capacitación y de consulta sobre el manejo pesquero, COBI creó el curso de autoaprendizaje “Ordenamiento pesquero con enfoque ecosistémico”. El curso se imparte de manera virtual y gratuita a través de la plataforma de Núcleo de capacitaciones de FAO. Los temas abordados son: 1) los fundamentos de biología pesquera y dinámica poblacional, 2) ordenamiento y manejo pesquero con enfoque ecosistémico, 3) manejo y restauración de pesquerías y ecosistemas marinos y, 4) casos de éxito en Latinoamérica.

A través del curso, se busca que los impactos de la pesca se consideren a través de diferentes ejes (ecológico, social, económico y gubernamental), que el manejo de pesquerías vaya más allá de la sostenibilidad de las poblaciones de especies objetivo, transmitir casos de éxito de pesca responsable a nivel Latinoamérica y lograr la implementación del conocimiento en la toma de decisiones.

Existe un consenso creciente acerca de la necesidad y posibilidad de dirigir los esfuerzos de la investigación e innovación hacia el logro de la conservación utilizando tecnologías eco-amigables.

El Instituto emplea la tecnología para el desarrollo, con la principal función de facilitar procesos clave en las comunidades y hacer frente al cambio climático, sin embargo esto es consultado con las comunidades y pueblos indígenas ya que son ellos los que tienen la última palabra al momento de implementar estos proyectos. 

El Instituto Mamirauá provee insumos de conocimiento científico a las comunidades locales y este se genera a través de las comunidades y los pueblos indígenas, aplicando procesos de gobernanza de Áreas de Conservación. 

Este conocimiento se produce a partir de 4 líneas de actuación; 

1. La educación ambiental
2. La protección ambiental
3. El fortalecimiento comunitario 
4. La comunicación comunitaria 

La producción de conocimiento busca crear soluciones a mediano y largo plazo.

El trabajo cercano a la comunidad respeta la diversidad de tradiciones, asumiendo los elementos de carácter regresivo.

El trabajo comunitario debe partir de los intereses y necesidades de la propia comunidad, debe ser ella la protagonista en la solución de los problemas. 

Los procesos de gobernanza que el Instituto aplica tiene como propósito facilitar los procesos de comunicación entre organización y comunidades, funciona a partir de una metodología basada en talleres de gestión inclusiva.

Un paso fundamental para hacerse cargo de la gestión fue reconocer la cosmovisión del Pueblo Rapa Nui y su comprensión de la naturaleza, así como su relación con su patrimonio cultural en la gestión del área protegida. Esto permite considerar las necesidades y oportunidades específicas del lugar. Este proceso implicó:

• La recuperación de la lengua indígena para la elaboración de documentos y materiales para la gestión del Parque Nacional;
• La consideración del sistema de organización ancestral basado en clanes, a través de la organización Honui que participa en el proceso de toma de decisiones en el Parque Nacional;
• Estudio de los lugares sagrados;
• Posible recuperación del nombre Rapa Nui para nombrar la isla en lugar de Isla de Pascua;
• La reconexión con los conocimientos tradicionales, las festividades y las expresiones culturales de Rapa Nui;
• El desarrollo de un plan de uso público en el que los usos tradicionales de la comunidad dialogan con los usos turísticos y patrimoniales;
• Reconocimiento y promoción del uso ancestral de plantas medicinales a partir de la generación de proyectos y programas de potenciación y recuperación del componente natural y medicina ancestral de Rapa Nui;
• Un plan para el regreso de Tupuna (antepasados) y elementos culturales que se encuentran fuera de la isla.

Para el establecimiento de una institución indígena que tome el cargo de la administración del Parque Nacional, fue necesario desarrollar una serie de instrumentos legales, administrativos y financieros. Este proceso de institucionalización requirió el estudio de referencias y la generación de un marco regulatorio y representativo para las operaciones de la nueva entidad gestora. Este marco se basa en un diálogo con las instituciones gubernamentales para implementar la transferencia administrativa y el establecimiento de instrumentos legales que ratifiquen la nueva entidad administrativa. Los pasos más importantes de este proceso fueron:

• Consulta a la comunidad indígena en octubre del 2015 en cumplimiento al Convenio 169 de la OIT.
• Creación de estatutos para la Comunidad Indígena Ma’u Henua estableciendo su estructura, funcionamiento, composición y Honui (representantes de clanes), entre otros.
• Elaboración de un Plan Operativo con el cual CONAF y Ma’u Henua administraron en conjunto el Parque entre 2016 y 2017.
• Promulgación de un Decreto del Ministerio de Bienes Nacionales que otorgó la administración del parque a Ma’u Henua .
• Marco que regule los procesos internos de auditorías económicas y cuentas de gestión pública para contribuir a una gestión transparente.