Dependiendo de su ubicación, las rutas de peregrinación son propiedad de particulares, gobiernos locales o nacionales que se encargan de su mantenimiento. En la restauración, conservación y mantenimiento de algunas de las rutas de peregrinaje participan habitantes locales y organizaciones sin fines de lucro. Por ejemplo, muchas sociedades de preservación están activas en la ruta de peregrinaje de Iseji, donde realizan actividades diarias de limpieza en los pasos de montaña donde quedan caminos antiguos. También colaboran con las patrullas después de los tifones y las fuertes lluvias. Estas actividades se registran en un informe y se presentan a la respectiva Junta de Educación de la Prefectura a través de la respectiva Junta Municipal de Educación.

La mayoría de las áreas boscosas de las montañas Kii se han plantado porque esta área ha sido tradicionalmente un lugar para la tala. Los árboles se talan cada 50 a 100 años y, después de la tala, la gente planta árboles pequeños. Esta estrategia de tala tradicional se realiza desde el siglo XVI bajo una técnica tradicional como la recolección de semillas, la siembra, la densidad de siembra, el aclareo y la tala, especialmente en el condado de Yoshino, prefectura de Nara, donde los cerezos son característicos. La prefectura de Nara también ha introducido un impuesto para la conservación del medio ambiente forestal y está trabajando con voluntarios y organizaciones privadas a través de sus municipios para talar bosques abandonados. Los bosques abandonados se han replantado con árboles latifoliados en lugar de coníferos como el cedro y el ciprés, aptos para la silvicultura, y los bosques mixtos de coníferos y latifoliados se están convirtiendo en bosques libres de intervención humana. Paralelamente a la plantación y cosecha de árboles tradicionales, se trata de mantener los bosques y el paisaje forestal de las montañas Kii de una manera sostenible.

Duranto todo el proceso a través del cual lugares sagrados en las montañas Kii fueron designados como patrimonio cultural y patrimonio natural (como parte de un parque nacional), y luego incluidos en la Reserva de la Biosfera, para finalmente formar parte del bien de Patrimonio Mundial, se concedió a los cuerpos religiosos oficialmente su protección y gestión siguiendo los conocimientos tradicionales transmitidos durante siglos, basados ​​en creencias religiosas y valores sagrados. Por ejemplo, debido a su carácter sagrado, los bosques primitivos se han conservado bajo estrictas prohibiciones de tala por parte de las diferentes comunidades religiosas. Los paisajes montañosos son interpretados como "mandalas" materializados por los budistas Shingon, y los practicantes de Shugendo reproducen los "mandalas" haciendo peregrinaciones y realizando sus prácticas ascéticas en estos entornos naturales. Para los peregrinos, las montañas Kii representan el paraíso en la tierra. Otro ejemplo es el bosque sagrado de Nachi que ha sido designado como “monumento natural” por la Ley de Protección de los Bienes Culturales, y el manejo lo ha hecho el santuario sintoísta Kumano Nachi, como parte de su lugar sagrado. La cascada de Nachi se considera sagrada. Esto significa que las aguas sagradas no se pueden tocar ni desviar.

Además de contener el patrimonio cultural designado en virtud de la Ley para la Protección de los Bienes Culturales ejecutada por la Agencia de Asuntos Culturales, el bien contiene áreas que conforman el Parque Nacional Yoshino-Kumano cuya administración está a cargo del Ministerio de Medio Ambiente y las 3 prefecturas relacionadas: Wakayama, Nara y Mie, y sus autoridades locales. El Consejo de las Tres Prefecturas para los Sitios Sagrados del Patrimonio Mundial y las Rutas de Peregrinación en las Montañas Kii, se estableció para la nominación a la Lista del Patrimonio Mundial, y después de la inscripción, está a cargo de coordinar las acciones de conservación y desarrollar el plan de gestión. Los gobernadores de las 3 prefecturas actúan como presidentes y vicepresidentes, mientras que los alcaldes y jefes de educación de los municipios actúan como miembros del consejo. La Agencia de Asuntos Culturales participa como observadora. La protección de los bienes culturales se lleva a cabo en cooperación con el departamento de protección de los bienes culturales y desarrollo regional de cada prefectura y el responsable del municipio. Además, el Consejo cuenta con el asesoramiento de un comité científico formado por expertos de varios campos.

Las partes del Proceso Laponia vislumbraron crear un nuevo plan de manejo para el bien utilizando los valores dentro de tres áreas: el medio ambiente natural y sus altos valores; la cultura viva sámi y la industria de los renos; y el patrimonio histórico derivado del uso anterior de la tierra. Este plan de gestión participativo se basa en un entendimiento compartido del Patrimonio Mundial por parte de todas las partes interesadas involucradas en el proceso y la implementación del plan. Además de las instituciones de gobierno (municipios, condado, agencias gubernamentales a cargo de la conservación del patrimonio), los actores importantes a ser considerados e integrados en este proceso participativo son las aldeas sámi, que son organizaciones responsables de la cría de renos dentro de un área específica. Es una entidad legal y se organizan a través de reuniones de aldea.

Para otorgar la responsabilidad de la gestión a una entidad local, fue necesario crear un nuevo marco legal. La Ordenanza Laponia es la única legislación que se aplica a un sitio del Patrimonio Mundial en Suecia. Permite que la Junta Administrativa del Condado y la Agencia de Protección Ambiental cedan responsabilidades a Laponiatjuottjudus. En casos normales, son los municipios o el Consejo de Administración Provincial los que administran un nuevo sitio del Patrimonio Mundial.

El Proceso de Laponia fue un enfoque de diálogo creado y desarrollado por una diversidad de partes interesadas en la propiedad del Patrimonio Mundial del Área de Laponia. Dado que Laponia es un área grande que consta de varias áreas protegidas, establecer un sistema de gestión coordinado en su conjunto ha sido un gran desafío desde su inscripción en la Lista. La Junta Administrativa del Condado de Norbotten y las comunidades y municipios sámi de Jokkmokk y Gällivare comenzaron a preparar sus programas de conservación de forma independiente. El Proceso de Laponia se inició por iniciativa del Gobernador de Norrbotten en 2005 incluyendo a todos los interesados ​​en un proceso de diálogo basado en un conjunto de valores comunes, que llevaría a las partes a ponerse de acuerdo en temas cruciales y los términos en los que el Área Laponia debería ser administrada. Se determinó que todas las decisiones se tomarían por consenso y se solicitaron nuevas regulaciones para los parques nacionales y reservas naturales. En 2006, las partes firmaron un acuerdo común que remitieron al Gobierno, que contenía:

• Un conjunto de valores básicos comunes
• Intenciones comunes para varios esfuerzos
• El establecimiento de una delegación temporal de Laponia
• Preparativos para el inicio de un grupo de gestión del Patrimonio Mundial con mayoría sámi en el comité.

Para promover una conectividad operativa entre las diversas subcuencas, incluyendo ecosistemas y prácticas productivas, se buscó un hilo conductor que vinculara la dinámica de los diversos territorios y actores de la parte alta y de la parte baja de cada cuenca. El modelado de la provisión superficial de agua y del potencial de retención de sedimentos en las diversas subcuencas permitió identificar las relaciones emisor-receptor-acumulación, y de ahí empezar a conectar las dinámicas entre las zonas que demanda los SE (ej, poblaciones, zonas turísticas y hoteleras) y aquellos que los producen (zonas montañosas con cobertura forestal). A partir de ello, se reunió a los diversos actores para enseñarles las características de los territorios donde estos dos servicios estaban presentes y, sobre todo fomentar, a través de la generación de información clave, a nivel productivo y de servicios hidrológicos, que los actores de gobierno y de asociaciones civiles, se vieran en el territorio y se preguntaran qué se hace, cómo se hace, y por qué.

Para la creación y desarrollo de los PAMIC, diversas instancias de gobierno pertenecientes al sector ambiental unieron esfuerzos y diseñaron un proyecto muy vanguardista e innovador que surge de la sincronía de tres instituciones de gobierno federal y de un fondo privado. El INECC coordina la construcción de los planes (PAMIC); la CONANP consolida la gestión y operación en ANPs, y la CONAFOR implementa el esquema de Pago por Servicios Ambientales (PSA) del fondo de biodiversidad. Por su parte, el FMCN contribuye con su experiencia en el manejo de esquemas de financiamiento; mediante dichos arreglos interinstitucionales, se formaron dos fondos más para detonar efectos. Además, el diseño de gobernanza y coordinación interinstitucional incluye un Comité Técnico del Proyecto que supervisa y dirige la operación del C6; una Unidad Coordinadora del Proyecto y dos Unidades Regionales de Proyecto, las cuales tienen la responsabilidad de la coordinación diaria en temas técnicos y logísticos. Este diseño de coordinación interinstitucional es parte esencial para generar mayores alcances en el ordenamiento del territorio buscando impactos colectivos.

Por su naturaleza, las pesquerías en pequeña escala suelen contar con datos limitados, poco sistematizados y de escalas de tiempo cortas. Esta escasez de información representa un reto para conocer, por ejemplo, la interacción que tiene el arte de pesca con el ecosistema y su impacto en el hábitat; dicha información es fundamental en la implementación de un proyecto de mejora pesquera. Alrededor del mundo, se han desarrollado diferentes metodologías que permiten generar información sobre los impactos de la pesquería en el ecosistema; una de ellas, es la modelación a partir del programa Ecopath con Ecosim.             
COBI utilizó esta herramienta incluyendo información generada por las pescadoras y los pescadores mediante las bitácoras de pesca, así como información biológica y ecológica para las especies que habitan las zonas de pesca. Además, para robustecer el modelo, se integró el conocimiento ecológico tradicional de las comunidades pesqueras mediante la aplicación de entrevistas, de las cuales se obtuvo información relevante sobre la alimentación de las especies, su distribución geográfica, temporada reproductiva, etc.