Sebagian besar rencana pengelolaan berfokus pada memastikan pemeliharaan ekosistem yang sehat dan fungsional, melalui pengelolaan langsung lingkungan laut, pengawasan dan penegakan hukum, serta intervensi pengelolaan keanekaragaman hayati secara langsung. Untuk mencapai hal ini, program pengawasan dan penegakan hukum telah didukung dan diperkuat di empat kawasan lindung dalam inisiatif ini. Pada dasarnya, dukungan difokuskan pada penyediaan ekonomi sehingga patroli dapat dikembangkan secara berkelanjutan. Dengan menyediakan dana untuk sejumlah patroli rutin, Kawasan Lindung dapat memperoleh dana yang sesuai dengan organisasi lain dan mengembangkan patroli antar lembaga. Selain itu, sambil meningkatkan kehadiran di wilayah mereka, Kawasan Konservasi telah berhasil memperoleh kredibilitas dan kepercayaan yang lebih besar di antara para pelaku/nelayan lokal, yang menghasilkan kolaborasi dari mereka yang mengambil peran sebagai penjaga masyarakat dan memberikan informasi mengenai penangkapan ikan yang berlebihan, penangkapan ikan ilegal, dan metode penangkapan ikan ilegal.

Program pemantauan memberikan informasi berkelanjutan tentang keadaan sumber daya laut yang dapat digunakan untuk pengelolaan adaptif, untuk membantu memprioritaskan kegiatan pemantauan dan penelitian, dan untuk menginformasikan keputusan pengelolaan. Populasi spesies konservasi utama dipantau untuk menilai keberhasilan KKL, misalnya larva ikan terumbu karang telah dipantau untuk menentukan konektivitas di antara kawasan lindung di KKP. Selain itu, data dasar untuk tutupan bakau dan lamun telah ditetapkan di empat kawasan lindung. Kumpulan data yang dihasilkan dan analisis selanjutnya memberikan informasi penting untuk menginformasikan strategi pengelolaan adaptif dan menilai efektivitas pengelolaan kawasan konservasi perairan. Program pemantauan juga mencakup kegiatan peningkatan kapasitas bagi staf, penjaga hutan dan anggota masyarakat untuk melakukan penelitian dan pemantauan serta untuk meningkatkan dukungan bagi kegiatan konservasi.

Ketika masyarakat pesisir berkolaborasi untuk melestarikan sumber daya perikanan di sekitar mereka, maka mereka perlu diberikan alternatif lain yang dapat mereka jalani. Bagaimanapun juga, mereka perlu diakui atas upaya yang mereka lakukan dengan tidak mengekstraksi sumber daya dan menghargainya sebagai milik bersama. Alternatif ekonomi tersebut bergantung pada dinamika daerah, keterampilan masyarakat dan kebutuhan orang-orang yang mengunjungi masyarakat tersebut. Beberapa jenis alternatif telah didukung oleh proyek ini. Beberapa di antaranya adalah:

• Lindungi Kebanggaan Kita. Inisiatif ini telah melatih dan mensertifikasi pemuda lokal Roatan untuk menjadi penyedia layanan menyelam di pulau itu, yang merupakan kegiatan nomor satu bagi para wisatawan.
• Toko-toko lokal. Di Guatemala, tiga komunitas yang mendukung dan berpartisipasi dalam pendirian tiga lokasi pemulihan perikanan meminta dukungan untuk membangun toko lokal, satu di setiap komunitas, untuk menciptakan pendapatan lokal.
• Dapur budaya. Di Belize, kelompok perempuan di desa Punta Negra didukung dengan pembangunan dan peralatan restoran komunitas yang menyediakan makanan untuk setiap wisatawan yang mengunjungi situs yang indah ini.

Penguatan pengelola kawasan lindung di empat wilayah proyek merupakan hal yang mendasar dalam pendekatan ini. Terdapat fokus khusus pada peningkatan kapasitas untuk mempersiapkan mereka menghadapi tantangan yang akan datang. Kegiatan peningkatan kapasitas tidak hanya membahas topik-topik teknis yang spesifik, tetapi juga bagaimana melakukan pendekatan dan bekerja sama dengan mitra strategis. Hal ini dilakukan melalui beberapa pertemuan antara pihak berwenang dan pemangku kepentingan dan menghasilkan promosi mitra lokal di setiap kawasan lindung yang bekerja sama dengan administrator untuk memberikan keahlian mereka dan mendukung pengelolaan dan pemanfaatan sumber daya alam yang berkelanjutan. Di antara para aktor ini adalah pemerintah kota, LSM, komunitas nelayan, dan pihak berwenang lainnya.

Coral Triangle Center mengembangkan sistem biaya masuk yang diformalkan oleh Peraturan Daerah berdasarkan survei 'kemauan untuk membayar'. Survei tersebut mengindikasikan bahwa wisatawan yang berkunjung ke Nusa Penida akan membayar antara USD5 - USD10 per kunjungan. Namun, Pemerintah Kabupaten hanya menyetujui untuk memungut USD1 per kunjungan untuk menghindari penurunan jumlah wisatawan. Pada tahun pertama, biaya yang terkumpul mencapai USD140.000. Namun, rencana bisnis 20 tahun untuk KKP, menunjukkan kebutuhan USD600.000 per tahun (skenario minimum) dan USD800.000 per tahun (skenario maksimum). Dengan demikian, saat ini biaya masuk mencakup sekitar 25% dari biaya pengelolaan KKP (skenario minimum). Pemerintah Kabupaten akan meningkatkan biaya masuk secara bertahap menjadi USD5 dalam 10 tahun. Dengan asumsi 200.000 pengunjung per tahun, biaya masuk akan mencapai USD1 juta per tahun, bahkan lebih tinggi dari biaya skenario maksimum. Sumber pendapatan lain untuk menutupi 20% dari biaya pengelolaan berasal dari anggaran Pemerintah, cinderamata dan barang dagangan, perjalanan pendidikan dan kolaborasi dengan LSM dan donor lainnya. Selain meningkatnya biaya pengelolaan, tantangan saat ini termasuk pengalihan wewenang dan tugas seperti memungut biaya masuk dari Pemerintah Kabupaten ke Pemerintah Provinsi Bali karena adanya perubahan hukum nasional.

Mendampingi nelayan dalam perjalanan ekowisata awal memberikan pelatihan lebih lanjut dan memungkinkan adanya umpan balik secara teratur dari para wisatawan. Jika pari manta terlihat, snorkeling dan penyelaman bebas dilakukan. Lokasi dan waktu perjumpaan dicatat, dan, jika memungkinkan, foto permukaan perut dikumpulkan untuk identifikasi foto. Penampakan manta dicatat dalam database. Dengan demikian, para ekowisatawan dapat mendukung penelitian selama perjalanan mereka dengan berperan sebagai ilmuwan warga yang memberikan informasi berkelanjutan tentang populasi spesies lokal. Biaya yang dibayarkan oleh para ekowisatawan memberikan penghasilan tambahan bagi para nelayan, sekaligus mendorong konservasi pari manta.

Analisis pasar sederhana dilakukan untuk menentukan strategi pemasaran layanan ekowisata, bersama dengan para nelayan tradisional. Kemitraan juga dibangun dengan agen pariwisata lokal dan pemerintah daerah untuk mempromosikan layanan ini. Selebaran dirancang dan dibagikan untuk mengiklankan perjalanan dan menampilkan konservasi pari manta. Lokakarya di sekolah-sekolah lokal dan penyebaran melalui media lokal juga mempromosikan konservasi pari manta dan menyajikan alternatif pariwisata. Selain itu, sebuah proposal untuk perlindungan nasional pari manta raksasa diajukan kepada pemerintah pusat, yang akan berkontribusi untuk melindungi sumber daya pariwisata yang berharga ini.

Dua kelompok nelayan dipilih untuk menerima dana untuk mengembangkan layanan ekowisata, dan menerima dukungan untuk memperoleh izin pariwisata yang diperlukan. Infrastruktur yang diperlukan, termasuk perbaikan perahu, jaket pelampung, snorkel dan masker, diidentifikasi oleh nelayan tradisional dan Penjaga Pantai setempat. Perjanjian ditandatangani dengan para nelayan dan peralatan yang diperlukan disediakan melalui pinjaman mikro tanpa bunga. Pertemuan rutin dengan para nelayan memberikan tindak lanjut dan bimbingan secara personal mengenai pengembangan ekowisata dan kepemimpinan lingkungan.

Model Ekologi Konseptual (Conceptual Ecological Model/CEM) Suaka Margasatwa dibuat melalui pendekatan partisipatif yang bertujuan untuk memahami interaksi antara Suaka Margasatwa dengan kawasan di sekitarnya, khususnya proses-proses yang menghubungkan ekosistem, spesies, dan nilai-nilai konservasi di dalam Suaka Margasatwa, serta mengenali kondisi-kondisi di mana proses-proses tersebut dapat berubah dan mempengaruhi nilai-nilai konservasi di dalam Suaka Margasatwa.

Untuk membantu mengimbangi dampak buruk dari keterbatasan penggunaan sumber daya atau kepentingan yang saling bertentangan, dan jika memungkinkan, LLCTC mengeksplorasi opsi-opsi untuk mengembangkan pendapatan alternatif, terutama jika terdapat biaya peluang yang jelas yang timbul melalui konservasi. Opsi-opsi tersebut meliputi integrasi ekowisata dengan konservasi, seperti membangun pondok-pondok ramah lingkungan atau mengembangkan operasi kayu ramah lingkungan sebagai alternatif dari penebangan industri.