De meeste beheerplannen zijn gericht op het behoud van gezonde, functionele ecosystemen, door middel van direct beheer van het mariene milieu, bewaking en handhaving en directe interventies voor biodiversiteitsbeheer. Om dit te bereiken zijn bewakings- en handhavingsprogramma's ondersteund en versterkt in de vier beschermde gebieden van het initiatief. De steun is vooral gericht op de economische voorziening, zodat er continu patrouilles kunnen worden ontwikkeld. Door fondsen te verstrekken voor een regelmatig aantal patrouilles, kunnen de beschermde gebieden zorgen voor matching met andere organisaties en patrouilles tussen agentschappen ontwikkelen. Terwijl ze hun aanwezigheid in hun gebieden hebben vergroot, zijn de beschermde gebieden er ook in geslaagd om meer geloofwaardigheid en vertrouwen te winnen bij de lokale actoren/vissers, wat heeft geresulteerd in hun medewerking door de rol van gemeenschapswachters op zich te nemen en informatie te verstrekken over overbevissing, illegale visserij en illegale vismethoden.

Bewakingsprogramma's leveren doorlopende informatie over de toestand van de mariene hulpbronnen die kan worden gebruikt voor adaptief beheer, om te helpen bij het prioriteren van bewakings- en onderzoeksactiviteiten en om te informeren bij beslissingen over beheer. Populaties van belangrijke instandhoudingssoorten werden gemonitord om het succes van MPA's te beoordelen, bijv. larven van koraalrifvissen werden gemonitord om de connectiviteit tussen beschermde gebieden van het MAR te bepalen. Ook werd de basislijn voor mangrove- en zeegrasbedekking vastgesteld in de vier beschermde gebieden. De resulterende datasets en daaropvolgende analyses leveren essentiële informatie voor adaptieve beheerstrategieën en de beoordeling van de effectiviteit van het beheer van het beschermde mariene gebied. De monitoringprogramma's omvatten ook capaciteitsopbouwactiviteiten voor personeel, rangers en leden van de gemeenschap om onderzoek en monitoring uit te voeren en om de steun voor beschermingsactiviteiten te verbeteren.

Als kustgemeenschappen meewerken aan het behoud van de visbestanden die hen omringen, is het noodzakelijk om hen een alternatief te bieden waarvan ze kunnen leven. Op de een of andere manier moeten ze erkenning krijgen voor de moeite die ze doen door de hulpbronnen niet te ontginnen en te respecteren als gemeenschappelijk bezit. Zulke economische alternatieven zijn afhankelijk van de dynamiek van het gebied, de vaardigheden van de gemeenschappen en de behoeften van de mensen die deze gemeenschappen bezoeken. Het project ondersteunt verschillende soorten alternatieven. Enkele daarvan zijn:

• Bescherm onze trots. Dit initiatief heeft lokale jongeren van Roatan opgeleid en gecertificeerd tot aanbieders van duikdiensten op het eiland, de belangrijkste activiteit voor toeristen.
• Lokale winkels. In Guatemala vroegen drie gemeenschappen die steunden en deelnamen aan de oprichting van drie visserijherstellocaties om steun om lokale winkels te bouwen, één in elke gemeenschap, om een lokaal inkomen te creëren.
• Culturele keuken. In Belize werd de vrouwengroep van het dorp Punta Negra ondersteund bij de bouw en uitrusting van een gemeenschapsrestaurant dat maaltijden verstrekt aan elke toerist die deze prachtige plek bezoekt.

De versterking van de beheerders van de beschermde gebieden in de vier projectgebieden is van fundamenteel belang voor deze aanpak. Er is speciale aandacht besteed aan capaciteitsopbouw om hen beter voor te bereiden op toekomstige uitdagingen. De capaciteitsopbouwactiviteiten waren niet alleen gericht op specifieke technische onderwerpen, maar ook op het benaderen van en samenwerken met strategische partners. Dit werd gedaan door middel van verschillende bijeenkomsten tussen autoriteiten en belanghebbenden en resulteerde in de bevordering van lokale partners in elk van de beschermde gebieden die samenwerken met de beheerder door hun expertise ter beschikking te stellen en het beheer en duurzaam gebruik van natuurlijke hulpbronnen te ondersteunen. Tot deze actoren behoren gemeenten, NGO's, vissersgemeenschappen en andere autoriteiten.

Het Coral Triangle Center heeft een inkomsysteem ontwikkeld dat formeel is vastgelegd in een districtsverordening op basis van een onderzoek naar de betalingsbereidheid. Uit de enquête bleek dat toeristen die Nusa Penida bezoeken tussen de USD5 en USD10 per entree zouden betalen. Het districtsbestuur gaf echter toestemming om slechts USD1 per bezoek te innen om te voorkomen dat het aantal toeristen zou afnemen. In het eerste jaar bedroeg het geïnde bedrag USD140.000. Het 20-jarige businessplan voor de MPA geeft echter aan dat er USD600.000 per jaar (minimum scenario) en USD800.000 per jaar (maximum scenario) nodig is. Op dit moment dekt de toegangsprijs dus ongeveer 25% van de kosten van het beheer van de MPA (minimum scenario). De districtsregering zal de toegangsprijs geleidelijk verhogen tot USD5 in 10 jaar. Uitgaande van 200.000 bezoekers per jaar, zal het entreegeld oplopen tot USD 1 miljoen per jaar, zelfs hoger dan de kosten in het maximumscenario. Een andere bron van inkomsten om 20% van de beheerkosten te dekken komt uit het overheidsbudget, souvenirs en merchandise, educatieve reizen en samenwerking met NGO's en andere donoren. Naast de stijgende beheerkosten bestaat de huidige uitdaging uit de overdracht van bevoegdheden en taken, zoals het innen van de entreegelden, van de districtsregering naar de provinciale regering van Bali als gevolg van een gewijzigde nationale wet.

Het begeleiden van vissers op de eerste ecotoeristische tochten zorgt voor verdere training en maakt regelmatige feedback van toeristen mogelijk. Als er mantaroggen worden waargenomen, wordt er gesnorkeld en vrij gedoken. Locatie en tijd van de ontmoeting worden geregistreerd en indien mogelijk wordt een foto van het buikoppervlak verzameld voor foto-identificatie. Manta-waarnemingen worden geregistreerd in een database. Ecotoeristen zijn zo in staat om onderzoek te ondersteunen tijdens hun boottochten en fungeren zo als 'burgerwetenschappers' die voortdurende informatie verschaffen over de lokale soortenpopulatie. De vergoedingen die ecotoeristen betalen, zorgen voor een extra inkomen voor de vissers, terwijl het behoud van de manta's wordt gestimuleerd.

Er werd een eenvoudige marktanalyse uitgevoerd om marketingstrategieën te definiëren voor ecotoeristische diensten, samen met ambachtelijke vissers. Er werden ook partnerschappen aangegaan met lokale bureaus voor toerisme en de regionale overheid om deze diensten te promoten. Er werden flyers ontworpen en uitgedeeld om reclame te maken voor uitstapjes en het behoud van de mantaroggen onder de aandacht te brengen. Workshops op lokale scholen en verspreiding via de lokale pers promootten ook het behoud van de manta en presenteerden toeristische alternatieven. Daarnaast werd een voorstel voor nationale bescherming van de reuzenmanta ingediend bij de nationale autoriteiten, wat zal bijdragen aan de bescherming van deze waardevolle toeristische bron.

Twee vissersgroepen werden geselecteerd voor financiering om ecotoeristische diensten te ontwikkelen en steun te krijgen om de vereiste toeristische vergunningen te verkrijgen. De benodigde infrastructuur, waaronder het opknappen van boten, reddingsvesten, snorkels en maskers, werd geïdentificeerd door de ambachtelijke vissers en de lokale kustwacht. Er werden overeenkomsten gesloten met de vissers en de benodigde uitrusting werd verstrekt via renteloze microleningen. Regelmatige bijeenkomsten met de vissers zorgden voor follow-up en persoonlijk mentorschap met betrekking tot de ontwikkeling van ecotoerisme en milieuleiderschap.

Het Conceptueel Ecologisch Model (CEM) van het reservaat werd gecreëerd via een participatieve aanpak met als doel de interacties tussen het reservaat en zijn omgeving te begrijpen, in het bijzonder de processen die ecosystemen, soorten en behoudswaarden in het reservaat met elkaar verbinden, en de voorwaarden te herkennen waaronder deze processen zouden kunnen veranderen en de behoudswaarden in het reservaat zouden kunnen beïnvloeden.

Om de nadelige effecten van beperkingen in het gebruik van hulpbronnen of conflicterende belangen te helpen compenseren, onderzoekt LLCTC waar mogelijk de mogelijkheden om alternatieve inkomsten te ontwikkelen, vooral wanneer er een duidelijke opportuniteitskost is voor natuurbehoud. Opties zijn onder andere de integratie van ecotoerisme met natuurbehoud, zoals het bouwen van ecodorpen of het ontwikkelen van ecotimmerwerk als alternatief voor industriële houtkap.