ほとんどの管理計画は、海洋環境の直接管理、監視と取締り、生物多様性管理の直接介入を通じて、健全で機能的な生態系の維持を確保することに重点を置いている。これを達成するため、このイニシアティブの4つの保護区では、監視と取締りのプログラムが支援され、強化されてきた。基本的には、パトロールを継続的に展開できるよう、経済的な支援に重点を置いている。定期的なパトロールに資金を提供することで、保護地域は他の組織とのマッチング資金を確保し、機関間のパトロールを展開することができる。また、保護区はその地域での存在感を高める一方で、地元の活動家や漁業者の間でより大きな信頼と信用を得ることに成功しており、その結果、彼らはコミュニティ・レンジャーの役割を引き受け、乱獲、違法漁業、違法漁法に関する情報を提供することで協力するようになった。

モニタリングプログラムは、海洋資源の状態に関する継続的な情報を提供し、順応的な管理に役立てたり、モニタリングや調査活動の優先順位付けに役立てたり、管理の意思決定に役立てたりする。例えば、サンゴ礁魚類の幼生は、MARの保護地域間の連結性を判断するためにモニタリングされている。また、4つの保護区でマングローブと海草の被度のベースラインを確立した。その結果得られたデータセットとその後の分析は、適応的管理戦略に情報を提供し、海洋保護区の管理効果を評価するために不可欠な情報を提供する。モニタリング・プログラムでは、スタッフやレンジャー、地域住民を対象に、調査やモニタリングを実施するための能力開発活動や、保護活動への支援を向上させるための活動も行われた。

沿岸のコミュニティが自分たちを取り巻く水産資源の保全に協力する場合、彼らが生きていけるような代替手段を提供する必要がある。資源を採取せず、共有財産として尊重することで、彼らが行っている努力を何らかの形で認めてもらう必要がある。このような経済的な代替案は、その地域の活力、コミュニティの技術、コミュニティを訪れる人々のニーズによって異なる。このプロジェクトでは、いくつかのタイプの代替案が支援されている。そのいくつかを紹介しよう：

• 私たちの誇りを守るこのイニシアティブは、ロアタン島の地元の若者を訓練し、観光客にとって一番のアクティビティである島のダイビング・サービス・プロバイダーになる資格を与えた。
• 地元商店。グアテマラでは、3つの漁業復興地の設立を支援し参加した3つのコミュニティが、地元での収入を生み出すために、それぞれのコミュニティに1つずつ、地元商店を建設する支援を要請した。
• 文化的キッチン。ベリーズでは、プンタ・ネグラ村の女性グループが、この美しい場所を訪れるすべての観光客に食事を提供するコミュニティ・レストランの建設と設備の支援を受けた。

つのプロジェクト地域の保護地域管理者の強化は、このアプローチの基本である。今後の課題に備えるため、特にキャパシティビルディングに重点を置いた。キャパシティビルディング活動では、特定の技術的なトピックだけでなく、戦略的パートナーへのアプローチや協力の仕方も取り上げた。この活動は、当局と利害関係者との数回の会合を通じて行われ、その結果、各保護区において、管理者と協力し、専門知識を提供し、自然資源の管理と持続可能な利用を支援する地元のパートナーを推進することになった。これらの主体には、自治体、NGO、漁業コミュニティ、その他の当局が含まれる。

コーラル・トライアングル・センターは、「支払い意思」調査に基づき、地区規則によって正式な入場料システムを開発した。調査の結果、ヌサペニダを訪れる観光客は、1回の入場につきUSD5～USD10を支払うことがわかった。しかし、地区政府は観光客の減少を避けるため、1回の訪問につきUSD1を徴収することのみを承認した。初年度の徴収額はUSD140.000であった。しかし、MPAの20年事業計画では、年間600,000米ドル（最小シナリオ）、800,000米ドル（最大シナリオ）が必要とされている。したがって、現在のところ、入園料でMPA管理費の約25％を賄っている（最小シナリオ）。同地区政府は、10年後に入場料を段階的に5米ドルに引き上げる予定である。年間200,000人が訪れると仮定すると、入場料は年間100万米ドルに達し、最大シナリオのコストよりもさらに高くなる。管理費の20％を賄うためのもう一つの収入源は、政府予算、記念品やグッズ、教育旅行、NGOや他のドナーとの協力から得られる。管理コストの上昇に加え、現在の課題としては、国の法律の変更により、入園料の徴収などの権限や業務が地区政府からバリ州政府に移管されたことが挙げられる。

最初のエコツーリズム・ツアーに漁師を同行させることで、さらなるトレーニングを行い、観光客からのフィードバックを定期的に得ることができる。マンタが観察された場合は、シュノーケリングとフリーダイビングを行う。遭遇した場所と時間が記録され、可能であれば、写真識別のために腹面の写真が収集される。マンタの目撃情報はデータベースに記録される。こうしてエコツアー客は、ボートトリップ中の調査をサポートすることができ、地元の種の個体数に関する継続的な情報を提供する市民科学者の役割を果たす。エコツアー客が支払う料金は、漁師に副収入をもたらすと同時に、マンタの保護を促している。

エコツーリズム・サービスのマーケティング戦略を定めるため、職人漁師とともに簡単な市場分析が行われた。また、これらのサービスを促進するために、地元の観光機関や地方政府とのパートナーシップも築かれた。旅行の宣伝やマンタ保護を紹介するチラシをデザインし、配布した。地元の学校でのワークショップや地元の新聞を通じての普及活動も、マンタ保護を推進し、観光の代替案を提示した。さらに、この貴重な観光資源の保護に貢献する、ジャイアントマンタの国家的保護に関する提案が国家当局に提出された。

2つの漁師グループが選ばれ、エコツーリズム・サービスを開発するための資金援助を受け、必要な観光許可証を取得するための支援を受けた。ボートの改装、ライフジャケット、シュノーケル、マスクなど、必要なインフラは、職人漁師と地元の沿岸警備隊によって確認された。漁師と協定が結ばれ、ゼロ金利の小口融資を通じて必要な設備が提供された。漁師たちとの定期的なミーティングでは、エコツーリズムの発展と環境リーダーシップに関するフォローアップと個別指導が行われた。

保護区の概念生態モデル（CEM）は、保護区とその周辺環境との相互作用、特に保護区内の生態系、種、保全価値を結びつけるプロセスを理解し、それらのプロセスが変化して保護区内の保全価値に影響を与えうる条件を認識することを目的とした参加型アプローチによって作成された。

資源利用の制限や利害の対立による悪影響を相殺するために、LLCTCは、特に保全によって発生する機会費用が明らかな場合、実行可能であれば、代替収入を開発する選択肢を探る。その選択肢には、エコロッジの建設や、産業伐採の代替としてのエコ木材事業の開発など、エコツーリズムと自然保護の統合が含まれる。