A maioria dos planos de gestão concentra-se em garantir a manutenção de ecossistemas saudáveis e funcionais, por meio da gestão direta do ambiente marinho, da vigilância e da fiscalização e de intervenções diretas de gestão da biodiversidade. Para alcançar esse objetivo, os programas de vigilância e fiscalização foram apoiados e fortalecidos nas quatro áreas protegidas da iniciativa. Basicamente, o apoio se concentrou na provisão econômica para que as patrulhas possam ser desenvolvidas continuamente. Ao fornecer fundos para um número regular de patrulhas, as Áreas Protegidas podem garantir fundos equivalentes com outras organizações e desenvolver patrulhas entre agências. Além disso, ao aumentar a presença em suas áreas, as Áreas Protegidas conseguiram adquirir maior credibilidade e confiança entre os atores/pescadores locais, o que resultou na colaboração deles, que assumiram a função de guardas comunitários e forneceram informações sobre a pesca excessiva, a pesca ilegal e os métodos de pesca ilegais.

Os programas de monitoramento fornecem informações contínuas sobre o estado dos recursos marinhos que podem ser usadas para o gerenciamento adaptativo, para auxiliar na priorização das atividades de monitoramento e pesquisa e para informar as decisões de gerenciamento. As populações das principais espécies de conservação foram monitoradas para avaliar o sucesso das MPAs, por exemplo, as larvas de peixes de recife de coral foram monitoradas para determinar a conectividade entre as áreas protegidas da MAR. Além disso, a linha de base para a cobertura de mangue e grama marinha foi estabelecida nas quatro áreas protegidas. Os conjuntos de dados resultantes e as análises subsequentes fornecem informações essenciais para informar as estratégias de gerenciamento adaptativo e avaliar a eficácia do gerenciamento da área marinha protegida. Os programas de monitoramento também incluíram atividades de capacitação para funcionários, guardas florestais e membros da comunidade para a realização de pesquisas e monitoramento, bem como para melhorar o apoio às atividades de conservação.

Quando as comunidades costeiras estão colaborando para a conservação dos recursos pesqueiros que as cercam, é necessário oferecer a elas uma alternativa para que possam viver. De alguma forma, elas precisam ser reconhecidas pelo esforço que estão fazendo ao não extrair os recursos e respeitá-los como propriedade comum. Essas alternativas econômicas dependem da dinâmica da área, das habilidades das comunidades e das necessidades das pessoas que visitam essas comunidades. Vários tipos de alternativas foram apoiados pelo projeto. Algumas delas são:

• Protect our Pride (Proteja nosso orgulho). Essa iniciativa treinou e certificou jovens locais de Roatan para se tornarem prestadores de serviços de mergulho na ilha, que é a atividade número um para os turistas.
• Lojas locais. Na Guatemala, três comunidades que apoiaram e participaram do estabelecimento de três locais de recuperação de pesca solicitaram apoio para construir lojas locais, uma em cada comunidade, para criar uma renda local.
• Cozinha cultural. Em Belize, o grupo de mulheres da vila de Punta Negra recebeu apoio para a construção e o equipamento de um restaurante comunitário que fornece refeições a todos os turistas que visitam esse belo local.

O fortalecimento dos gerentes de áreas protegidas das quatro áreas do projeto é fundamental para essa abordagem. Houve um foco especial na capacitação para prepará-los melhor para os desafios futuros. As atividades de capacitação abordaram não apenas tópicos técnicos específicos, mas também como abordar e trabalhar com parceiros estratégicos. Isso foi feito por meio de várias reuniões entre autoridades e partes interessadas e resultou na promoção de parceiros locais em cada uma das áreas protegidas que cooperam com o administrador, fornecendo sua experiência e apoiando o gerenciamento e o uso sustentável dos recursos naturais. Entre esses atores estão municípios, ONGs, comunidades pesqueiras e outras autoridades.

O Coral Triangle Center desenvolveu um sistema de taxas de entrada formalizado pelo Regulamento Distrital com base em uma pesquisa de "disposição a pagar". A pesquisa indicou que os turistas que visitam Nusa Penida pagariam entre US$ 5 e US$ 10 por entrada. No entanto, o governo do distrito aprovou a cobrança de apenas US$ 1 por visita para evitar a diminuição do número de turistas. No primeiro ano, a taxa cobrada chegou a USD 140.000. O plano de negócios de 20 anos para a MPA, no entanto, indica a necessidade de US$ 600.000 por ano (cenário mínimo) e US$ 800.000 por ano (cenário máximo). Assim, atualmente a taxa de entrada está cobrindo cerca de 25% do custo de gestão da MPA (cenário mínimo). O Governo Distrital aumentará a gratuidade gradualmente para US$ 5 em 10 anos. Supondo que haja 200.000 visitantes por ano, a taxa de entrada chegará a US$ 1 milhão por ano, ainda mais alta do que os custos do cenário máximo. Outra fonte de renda para cobrir 20% do custo de gerenciamento vem do orçamento do governo, souvenirs e mercadorias, viagens educacionais e colaboração com ONGs e outros doadores. Além do aumento dos custos de administração, o desafio atual inclui a transferência de autoridade e tarefas, como a cobrança de taxas de entrada do governo distrital para o governo provincial de Bali, devido à mudança na legislação nacional.

Acompanhar os pescadores nas viagens iniciais de ecoturismo proporciona mais treinamento e permite um feedback regular dos turistas. Caso sejam observadas arraias-manta, são realizados mergulho com snorkel e mergulho livre. O local e a hora do encontro são registrados e, se possível, uma fotografia da superfície ventral é coletada para identificação fotográfica. Os avistamentos de manta são registrados em um banco de dados. Assim, os ecoturistas podem apoiar a pesquisa durante seus passeios de barco, atuando como cientistas cidadãos que fornecem informações contínuas sobre a população local de espécies. As taxas pagas pelos ecoturistas proporcionam uma renda adicional aos pescadores e, ao mesmo tempo, incentivam a conservação das arraias-manta.

Foi realizada uma análise de mercado simples para definir estratégias de marketing para os serviços de ecoturismo, juntamente com os pescadores artesanais. Também foram estabelecidas parcerias com agências de turismo locais e com o governo regional para promover esses serviços. Foram criados e distribuídos folhetos para divulgar as viagens e mostrar a conservação das arraias-manta. Workshops em escolas locais e divulgação na imprensa local também promoveram a conservação das arraias-manta e apresentaram alternativas de turismo. Além disso, foi apresentada às autoridades nacionais uma proposta para a proteção nacional das raias-manta gigantes, o que contribuirá para a proteção desse valioso recurso turístico.

Dois grupos de pescadores foram selecionados para receber financiamento para desenvolver serviços de ecoturismo e receber apoio para adquirir as licenças de turismo necessárias. A infraestrutura necessária, incluindo reforma de barcos, coletes salva-vidas, snorkels e máscaras, foi identificada pelos pescadores artesanais e pela Guarda Costeira local. Foram assinados acordos com os pescadores e os equipamentos necessários foram fornecidos por meio de microempréstimos a juros zero. Reuniões regulares com os pescadores proporcionaram acompanhamento e orientação personalizada com relação ao desenvolvimento do ecoturismo e à liderança ambiental.

O Modelo Ecológico Conceitual (MCE) da Reserva foi criado por meio de uma abordagem participativa com o objetivo de entender as interações entre a Reserva e seus arredores, especificamente os processos que ligam ecossistemas, espécies e valores de conservação dentro da Reserva, e reconhecer as condições sob as quais esses processos poderiam mudar e afetar os valores de conservação dentro da Reserva.

Para ajudar a compensar os efeitos adversos das limitações de uso dos recursos ou dos interesses conflitantes, e quando viável, o LLCTC explora opções de desenvolvimento de rendas alternativas, especialmente quando há um claro custo de oportunidade incorrido por meio da conservação. As opções incluem a integração do ecoturismo com a conservação, como a construção de pousadas ecológicas ou o desenvolvimento de operações de madeira ecológica como uma alternativa à extração industrial de madeira.