Yönetim planlarının çoğu, deniz çevresinin doğrudan yönetimi, gözetim ve uygulama ve doğrudan biyolojik çeşitlilik yönetimi müdahaleleri yoluyla sağlıklı, işlevsel ekosistemlerin sürdürülmesini sağlamaya odaklanmaktadır. Bunu başarmak için, girişimin dört koruma alanında gözetim ve uygulama programları desteklenmiş ve güçlendirilmiştir. Temel olarak destek, devriyelerin sürekli olarak geliştirilebilmesi için ekonomik tedarik üzerine odaklanmıştır. Korunan Alanlar, düzenli sayıda devriyeye fon sağlayarak diğer kuruluşlarla eşleştirme fonları temin edebilir ve kurumlar arası devriyeler geliştirebilir. Ayrıca, Korunan Alanlar kendi bölgelerindeki varlıklarını artırırken, yerel aktörler/balıkçılar arasında daha fazla güvenilirlik ve güven kazanmayı başarmış, bu da onların toplum bekçileri rolünü üstlenmeleri ve aşırı avlanma, yasadışı balıkçılık ve yasadışı balıkçılık yöntemleri hakkında bilgi sağlamaları ile sonuçlanmıştır.

İzleme programları, uyarlanabilir yönetim için kullanılabilecek, izleme ve araştırma faaliyetlerinin önceliklendirilmesine yardımcı olacak ve yönetim kararlarını bilgilendirecek deniz kaynaklarının durumu hakkında sürekli bilgi sağlar. Önemli koruma türlerinin popülasyonları, MPA'ların başarısını değerlendirmek için izlenmiştir, örneğin mercan resifi balık larvaları, MAR'ın korunan alanları arasındaki bağlantıyı belirlemek için izlenmiştir. Ayrıca, dört koruma alanında mangrov ve deniz otu örtüsü için taban çizgisi oluşturulmuştur. Elde edilen veri setleri ve müteakip analizler, uyarlanabilir yönetim stratejilerini bilgilendirmek ve deniz koruma alanının yönetim etkinliğini değerlendirmek için gerekli bilgileri sağlamaktadır. İzleme programları aynı zamanda personel, korucular ve toplum üyelerinin araştırma ve izleme yapmaları ve koruma faaliyetlerine desteği artırmaları için kapasite geliştirme faaliyetlerini de içermektedir.

Kıyı toplulukları kendilerini çevreleyen balıkçılık kaynaklarının korunması için işbirliği yaparken, onlara yaşayabilecekleri bir alternatif sunmak gerekir. Kaynakları çıkarmayarak ve ortak mülkiyete saygı göstererek gösterdikleri çabanın bir şekilde takdir edilmesi gerekir. Bu tür ekonomik alternatifler bölgenin dinamiklerine, toplulukların becerilerine ve bu toplulukları ziyaret eden insanların ihtiyaçlarına bağlıdır. Proje ile çeşitli alternatifler desteklenmiştir. Bunlardan bazıları şunlardır:

• Gururumuzu Koruyalım. Bu girişim, Roatan'ın yerel gençlerini, adada turistler için bir numaralı aktivite olan dalış hizmeti sağlayıcıları olmaları için eğitmiş ve sertifikalandırmıştır.
• Yerel mağazalar. Guatemala'da üç balıkçılık kurtarma sahasının kurulmasına destek veren ve katılan üç topluluk, yerel bir gelir yaratmak amacıyla her toplulukta bir tane olmak üzere yerel mağazalar inşa etmek için destek talep etti.
• Kültürel mutfak. Belize'de Punta Negra köyünden bir grup kadın, bu güzel bölgeyi ziyaret eden her turiste yemek sağlayan bir topluluk restoranının inşası ve donanımı konusunda desteklendi.

Dört proje alanındaki korunan alan yöneticilerinin güçlendirilmesi bu yaklaşımın temelini oluşturmaktadır. Gelecekte karşılaşacakları zorluklara daha iyi hazırlanabilmeleri için kapasite geliştirmeye özel bir önem verilmiştir. Kapasite geliştirme faaliyetleri sadece belirli teknik konuları değil, aynı zamanda stratejik ortaklara nasıl yaklaşılacağını ve onlarla nasıl çalışılacağını da ele almıştır. Bu, yetkililer ve paydaşlar arasında yapılan çeşitli toplantılar aracılığıyla gerçekleştirilmiş ve korunan alanların her birinde, uzmanlıklarını sunarak ve doğal kaynakların yönetimini ve sürdürülebilir kullanımını destekleyerek yöneticiyle işbirliği yapan yerel ortakların teşvik edilmesiyle sonuçlanmıştır. Bu aktörler arasında belediyeler, STK'lar, balıkçı toplulukları ve diğer yetkililer bulunmaktadır.

Mercan Üçgeni Merkezi, 'ödeme istekliliği' anketine dayalı olarak Bölge Yönetmeliği ile resmileştirilen bir giriş ücreti sistemi geliştirmiştir. Anket, Nusa Penida'yı ziyaret eden turistlerin giriş başına 5 ila 10 USD arasında bir ücret ödeyeceğini göstermiştir. Ancak Bölge Hükümeti, turist sayısının azalmasını önlemek için ziyaret başına sadece 1 USD tahsil edilmesini onaylamıştır. İlk yıl toplanan ücret 140.000 USD'ye ulaşmıştır. Ancak MPA için hazırlanan 20 yıllık iş planı, yılda 600.000 USD (minimum senaryo) ve 800.000 USD (maksimum senaryo) gerektiğini göstermektedir. Dolayısıyla, şu anda giriş ücreti MPA yönetim maliyetinin yaklaşık %25'ini karşılamaktadır (minimum senaryo). Bölge Hükümeti 10 yıl içinde ücretsiz giriş ücretini kademeli olarak 5 USD'ye çıkaracaktır. Yılda 200.000 ziyaretçi olduğu varsayılırsa, giriş ücreti yılda 1 milyon USD'ye ulaşacak ve maksimum senaryo maliyetlerinden bile daha yüksek olacaktır. Yönetim maliyetinin %20'sini karşılayacak bir diğer gelir kaynağı da Hükümet bütçesi, hediyelik eşya ve ticari ürünler, eğitim gezileri ve STK'lar ve diğer bağışçılarla işbirliğinden gelmektedir. Artan yönetim maliyetlerine ek olarak, mevcut zorluk, değişen ulusal yasa nedeniyle giriş ücretlerinin toplanması gibi yetki ve görevlerin Bölge Hükümetinden Bali İl Hükümetine devredilmesini de içermektedir.

İlk ekoturizm gezilerinde balıkçılara eşlik etmek daha fazla eğitim sağlar ve turistlerden düzenli geri bildirim alınmasına olanak tanır. Manta vatozlarının gözlemlenmesi durumunda, şnorkel ve serbest dalış gerçekleştirilir. Karşılaşmanın yeri ve zamanı kaydedilir ve mümkünse fotoğrafla tanımlama için ventral yüzeyin bir fotoğrafı toplanır. Manta gözlemleri bir veri tabanına kaydedilir. Ekoturistler böylece tekne gezileri sırasında araştırmaları destekleyebilmekte ve yerel tür popülasyonu hakkında sürekli bilgi sağlayan vatandaş bilim insanları olarak hizmet verebilmektedir. Ekoturistler tarafından ödenen ücretler balıkçılara ek bir gelir sağlarken, manta vatozlarının korunmasını da teşvik ediyor.

Ekoturizm hizmetlerine yönelik pazarlama stratejilerini belirlemek için zanaatkâr balıkçılarla birlikte basit bir pazar analizi yapılmıştır. Bu hizmetleri tanıtmak için yerel turizm acenteleri ve bölgesel hükümetle de ortaklıklar kuruldu. Gezilerin reklamını yapmak ve manta vatozlarının korunmasını göstermek için el ilanları tasarlandı ve dağıtıldı. Yerel okullarda düzenlenen atölye çalışmaları ve yerel basın aracılığıyla yapılan yayınlar da manta vatozlarının korunmasını teşvik etmiş ve turizm alternatiflerini sunmuştur. Ayrıca, bu değerli turizm kaynağının korunmasına katkıda bulunacak olan Dev Manta Vatozlarının ulusal düzeyde korunmasına yönelik bir öneri ulusal makamlara sunulmuştur.

İki balıkçı grubu, ekoturizm hizmetleri geliştirmek üzere fon almak ve gerekli turizm izinlerini almak için destek almak üzere seçildi. Teknelerin yenilenmesi, can yelekleri, şnorkeller ve maskeler de dahil olmak üzere gerekli altyapı, zanaatkar balıkçılar ve yerel Sahil Güvenlik tarafından belirlendi. Balıkçılarla anlaşmalar imzalandı ve gerekli ekipman sıfır faizli mikro krediler aracılığıyla sağlandı. Balıkçılarla yapılan düzenli toplantılar, ekoturizmin geliştirilmesi ve çevresel liderlik konularında takip ve kişiselleştirilmiş mentorluk sağladı.

Rezervin Kavramsal Ekolojik Modeli (CEM), Rezerv ve çevresi arasındaki etkileşimleri, özellikle de Rezerv içindeki ekosistemleri, türleri ve koruma değerlerini birbirine bağlayan süreçleri anlamayı ve bu süreçlerin hangi koşullar altında değişebileceğini ve Rezerv içindeki koruma değerlerini etkileyebileceğini tanımayı amaçlayan katılımcı bir yaklaşımla oluşturulmuştur.

LLCTC, kaynak kullanımındaki sınırlamaların ya da çatışan çıkarların olumsuz etkilerini dengelemeye yardımcı olmak amacıyla ve mümkün olduğu durumlarda, özellikle de koruma nedeniyle açık bir fırsat maliyetinin ortaya çıktığı durumlarda, alternatif gelirler geliştirme seçeneklerini araştırmaktadır. Seçenekler arasında eko-turizmin koruma ile bütünleştirilmesi, örneğin eko-konaklar inşa edilmesi veya endüstriyel ağaç kesimine alternatif olarak eko-kereste işletmeciliğinin geliştirilmesi yer almaktadır.