Sistem pendukung keputusan (DSS) atau alat bantu analisis, seperti Marxan atau SeaSketch, sering kali dipromosikan sebagai prasyarat untuk perencanaan tata ruang laut yang efektif, yang memberikan solusi cepat dan andal untuk masalah perencanaan. Wajar jika pengguna DSS berharap bahwa dengan menggunakan DSS akan menghasilkan 'jawaban' dan dengan demikian memberikan solusi untuk masalah perencanaan mereka. Lebih sering daripada tidak, DSS memberikan hasil yang sederhana yang perlu dimodifikasi dengan menggunakan metode perencanaan lainnya. Semua alat bantu DSS memiliki keterbatasan dan tidak dapat mengkompensasi data yang hilang atau tidak lengkap. Mereka dapat menghasilkan efek samping yang tidak diinginkan dan sering kali tidak dapat menyamai kompleksitas masalah perencanaan di dunia nyata. Hasil perencanaan hanya memiliki nilai praktis yang kecil jika nilai sosial, budaya dan ekonomi tidak dipertimbangkan - namun jarang sekali data tersebut tersedia dalam bentuk yang dapat diubah menjadi DSS atau pada resolusi spasial yang sesuai. Di GBR, DSS menghasilkan 'jejak' berbagai pilihan zona 'larang tangkap', tetapi tidak dapat memenuhi delapan jenis zona, sehingga metode perencanaan lain perlu diterapkan. Namun, manfaat yang sesungguhnya adalah kemampuan untuk menghasilkan metrik untuk menginformasikan pengembangan jaringan zonasi larang tangkap yang terbaik.

Jaringan baru zona larang tangkap (NTZ) di GBR dipandu oleh 11 Prinsip Operasional Biofisik yang dikembangkan dengan menggunakan prinsip-prinsip umum desain cagar alam dan pengetahuan terbaik yang tersedia mengenai ekosistem GBR (lihat Sumber Daya). Prinsip-prinsip tersebut antara lain:

• Memiliki beberapa NTZ yang lebih besar (daripada banyak NTZ yang lebih kecil)
• Memiliki replikasi NTZ yang cukup untuk memastikan terhadap dampak negatif
• Jika terumbu karang berada di dalam NTZ, seluruh terumbu karang harus dimasukkan
• Mewakili setidaknya 20% dari setiap bioregion dalam NTZ
• Mewakili keanekaragaman lintas rumpun dan lintang dalam jaringan NTZ
• Memaksimalkan penggunaan informasi lingkungan seperti konektivitas untuk membentuk jaringan yang layak
• Memasukkan tempat-tempat yang secara biofisik istimewa/unik
• Mempertimbangkan penggunaan laut dan penggunaan lahan yang berdekatan ketika memilih NTZ

Empat Prinsip Operasional Kelayakan Sosial, Ekonomi, Budaya, dan Pengelolaan juga diterapkan:

• Memaksimalkan saling melengkapi antara NTZ dengan nilai-nilai, kegiatan, dan peluang manusia;
• Memastikan bahwa pemilihan akhir NTZ mengakui biaya dan manfaat sosial;
• Memaksimalkan penempatan NTZ di lokasi-lokasi yang saling melengkapi dan mencakup pengaturan pengelolaan dan penguasaan lahan di masa kini dan masa depan; dan
• Memaksimalkan pemahaman dan penerimaan publik terhadap NTZ, dan memfasilitasi penegakan NTZ.

Penting untuk melibatkan para pemain politik utama sejak awal proses perencanaan daripada menunggu hingga proses tersebut selesai. Segera setelah dimulainya proses perencanaan GBR, 'Panduan Pemimpin' resmi disampaikan kepada semua politisi negara bagian dan federal di sepanjang pesisir GBR dan sedapat mungkin, pengarahan pribadi dilakukan oleh staf senior GBRMPA. Hal ini membantu memastikan bahwa semua politisi memiliki informasi yang benar, memiliki bahan tambahan untuk diberikan kepada konstituen mereka dan memiliki kontak di dalam GBRMPA jika informasi lebih lanjut diperlukan. Sementara beberapa pengambil keputusan lebih suka semua keputusan perencanaan didasarkan pada konsensus, atau mencapai 'menang-menang' untuk semua pihak, baik konsensus maupun 'menang-menang' bukanlah tujuan yang dapat dicapai untuk proses pemangku kepentingan yang berurusan dengan masalah-masalah sebesar dan serumit sebagian besar proses perencanaan KKL. Dalam GBR, penting untuk menjelaskan kepada para politisi di awal proses perencanaan bahwa kompromi adalah hasil yang diharapkan. Pada akhir rezonasi GBR, tidak ada kelompok pemangku kepentingan yang merasa mendapatkan apa yang mereka inginkan; tetapi setiap kelompok tahu bahwa mereka memiliki banyak kesempatan untuk terlibat dan memberikan masukan - dan sebagian besar memahami kompromi yang telah dilakukan oleh semua sektor.

Sepanjang program perencanaan GBR, materi pendidikan yang ditargetkan disiapkan dan didistribusikan secara luas. Sebagai contoh, peta 70 bioregion di seluruh GBR merupakan dokumen dasar utama yang menjadi dasar bagi banyak keterlibatan publik selanjutnya. Penyusunan Lembar Informasi Teknis (lihat di bawah) membantu menjelaskan konsep-konsep seperti 'keanekaragaman hayati' dalam istilah awam karena banyak orang yang tidak memahami apa itu keanekaragaman hayati dan apa pentingnya. Demikian pula, upaya untuk menjelaskan pentingnya 'konektivitas' di lingkungan laut sangat ditingkatkan dengan poster berjudul 'Menyeberangi Jalan Raya Biru' (lihat Foto di bawah). Poster ini menggunakan kombinasi seni digital, foto dan kata-kata untuk menjelaskan pentingnya konektivitas antara daratan dan lautan, dan di dalam habitat GBR - hal ini memperkuat perlunya pendekatan 'representatif' terhadap zonasi. Kelompok pemangku kepentingan yang berbeda memiliki kepentingan yang berbeda sehingga pesan komunikasi dirancang dengan tepat oleh para ahli yang memahami sektor-sektor tersebut, misalnya, apa yang disajikan kepada nelayan berbeda dengan bagaimana pesan yang sangat mirip disajikan kepada para peneliti atau politisi.

Undang-undang GBR mengamanatkan 2 tahap formal pelibatan publik dalam perencanaan - satu tahap untuk mencari masukan sebelum menyusun draf rencana, dan tahap kedua untuk memberikan komentar atas draf rencana tersebut. Namun, proses perencanaan sebelumnya di GBR menunjukkan bahwa pelibatan publik akan lebih efektif jika dilakukan di sepanjang proses. Hal ini mencakup persiapan berbagai brosur, lembar informasi teknis (beberapa di antaranya disesuaikan dengan target audiens yang berbeda), pembaruan secara berkala (lihat Sumber Daya di bawah ini), dan grafik yang menjelaskan konsep-konsep seperti konektivitas. Selama proses perencanaan (1999-2003), masyarakat dilibatkan melalui berbagai metode, misalnya surat kabar, radio, TV, dan situs web (lihat Sumber Daya di bawah). Para perencana tahu bahwa rencana yang telah direvisi diperlukan. Namun, para ahli komunikasi menunjukkan bahwa masyarakat luas tidak memahami mengapa rencana zonasi baru diperlukan ketika sudah ada rencana yang sudah ada. Daripada memajukan rancangan rencana yang baru, para ahli komunikasi menyarankan para perencana untuk mundur selama beberapa bulan untuk melakukan kampanye kesadaran yang disebut "Di Bawah Tekanan". Setelah masyarakat lebih sadar akan masalah yang dihadapi GBR, mereka lebih menerima perlunya rencana baru tetapi juga memahami bahwa mereka dapat menyampaikan pendapat mereka.

Dalam setiap kegiatan perencanaan, beberapa pesan atau informasi penting dapat secara sengaja (atau tidak sengaja) terdistorsi atau disalahartikan oleh pihak-pihak yang menentang proses tersebut. Banyak orang yang mempercayai semua yang mereka dengar (tanpa selalu memeriksa keakuratannya) dan juga mencurigai setiap perubahan yang diusulkan oleh para birokrat. Setiap kali kekhawatiran ini disampaikan kepada orang lain, kekhawatiran tersebut dibumbui, yang mengarah pada distorsi dari fakta-fakta aslinya. Selain itu, beberapa pemangku kepentingan secara selektif mengutip dari 'penelitian' yang sesuai dengan kekhawatiran mereka dan mengabaikan bukti-bukti yang bertentangan. Beberapa pemangku kepentingan memiliki ekspektasi yang tidak realistis dan tidak memahami apa yang mungkin atau tidak mungkin dilakukan sebagai bagian dari proses perencanaan. Kecuali jika informasi yang salah ini diatasi, publik hanya akan mendengar pesan yang terdistorsi atau tidak jelas yang kemudian dapat diperkuat oleh pihak-pihak lain yang memiliki perspektif yang sama. Informasi yang salah tersebut, serta ketakutan dan ketidakpastian yang diakibatkannya, menghasilkan beberapa pertemuan publik terbesar selama proses perencanaan GBR. Untuk mengatasi beberapa masalah ini dan mengatasi harapan yang tidak realistis, GBRMPA membuat lembar fakta berjudul 'Mengoreksi informasi yang salah' - yang disebarkan secara luas, terutama pada pertemuan-pertemuan publik yang besar.

Jangan diasumsikan bahwa semua orang yang memiliki kepentingan di suatu daerah atau proses perencanaan akan memberikan pengajuan tertulis. Sekitar 1 juta orang tinggal berdekatan dengan GBR dan jutaan orang di tempat lain di Australia dan di dunia internasional juga mengkhawatirkan masa depan GBR. Namun, 31.600 pengajuan tertulis dari masyarakat hanya mewakili sebagian kecil dari seluruh warga negara yang peduli (perlu dicatat bahwa banyak pengajuan individu disiapkan atas nama kelompok yang mewakili ratusan anggota). Di banyak acara publik selama perencanaan atau di media, 'minoritas yang berisik' yang mendominasi diskusi. Oleh karena itu, berbagai teknik digunakan untuk menentukan pandangan 'mayoritas yang diam', yang banyak di antaranya tertarik atau prihatin namun tidak mau repot-repot menulis surat terbuka. Hal ini termasuk melakukan jajak pendapat melalui telepon di pusat-pusat populasi utama di berbagai tempat di Australia untuk menentukan tingkat pemahaman dan dukungan publik yang lebih luas. Selain itu, sikap dan kesadaran masyarakat juga dipantau melalui survei publik. Hasil survei menunjukkan bahwa banyak pemangku kepentingan yang tidak mendapatkan informasi yang cukup mengenai isu-isu/tekanan utama dan apa yang dapat, atau harus, dilakukan untuk mengatasi kekhawatiran mereka.