Entscheidungsunterstützungssysteme (DSS) oder Analysewerkzeuge wie Marxan oder SeaSketch werden oft als Voraussetzung für eine effektive marine Raumplanung angepriesen, da sie eine schnelle und zuverlässige Lösung für ein Planungsproblem bieten. Es liegt in der Natur der Sache, dass die Nutzer von DSS hoffen, dass die Verwendung des DSS "die Antwort" und damit die Lösung für ihr Planungsproblem liefert. In den meisten Fällen liefern DSS vereinfachte Ergebnisse, die mit anderen Planungsmethoden geändert werden müssen. Alle DSS-Tools haben ihre Grenzen und können fehlende oder unvollständige Daten nicht kompensieren. Sie können unbeabsichtigte Nebeneffekte erzeugen und sind oft nicht in der Lage, der Komplexität realer Planungsprobleme gerecht zu werden. Planungsergebnisse sind von geringem praktischem Wert, wenn soziale, kulturelle und wirtschaftliche Werte nicht berücksichtigt werden - allerdings sind solche Daten selten in einer für ein DSS geeigneten Form oder in einer angemessenen räumlichen Auflösung verfügbar. Im GBR erzeugte das DSS einen "Fußabdruck" verschiedener Optionen für "No-take"-Zonen, konnte aber die acht Zonentypen nicht berücksichtigen, so dass andere Planungsmethoden angewandt werden mussten. Der eigentliche Vorteil bestand jedoch darin, dass Metriken für die Entwicklung des bestmöglichen Netzes von Nichtentnahmezonen erstellt werden konnten.

Das neue Netz von Nicht-Entnahme-Zonen (NTZ) im GBR orientiert sich an 11 biophysikalischen Grundsätzen, die auf der Grundlage allgemeiner Prinzipien der Schutzgebietsgestaltung und der besten verfügbaren Kenntnisse über das GBR-Ökosystem entwickelt wurden (siehe Ressourcen). Diese beinhalten:

• Wenige größere (statt vieler kleiner) NTZs
• Ausreichende Anzahl von NTZs, um sich gegen negative Auswirkungen abzusichern
• Wenn ein Riff innerhalb einer NTZ liegt, sollte das gesamte Riff einbezogen werden
• mindestens 20 % jeder Bioregion in den NTZ repräsentieren
• Repräsentation der schelf- und breitenübergreifenden Vielfalt im Netzwerk der NTZs
• Maximale Nutzung von Umweltinformationen wie Konnektivität zur Bildung tragfähiger Netzwerke
• Einbeziehung von biophysikalisch besonderen/einzigartigen Orten
• Berücksichtigung der angrenzenden Meeres- und Landnutzungen bei der Auswahl von NTZs

Die vier operativen Grundsätze der sozialen, wirtschaftlichen, kulturellen und verwaltungstechnischen Durchführbarkeit wurden ebenfalls angewandt:

• Maximale Komplementarität der nichttarifären Schutzzonen mit menschlichen Werten, Aktivitäten und Möglichkeiten;
• Sicherstellen, dass bei der endgültigen Auswahl der nichttarifären Schutzgebiete die sozialen Kosten und Vorteile berücksichtigt werden;
• Maximale Platzierung von NTZs an Orten, die gegenwärtige und zukünftige Management- und Besitzverhältnisse ergänzen und einbeziehen; und
• Maximierung des Verständnisses und der Akzeptanz der NTZs in der Öffentlichkeit und Erleichterung der Durchsetzung der NTZs.

Es ist wichtig, die wichtigsten politischen Akteure von Anfang an in den Planungsprozess einzubeziehen und nicht bis zum Abschluss eines solchen Prozesses zu warten. Schon bald nach Beginn des GBR-Planungsprozesses wurde allen Landes- und Bundespolitikern entlang der GBR-Küste ein formeller "Leader's Guide" zugestellt, und wo immer möglich, wurden persönliche Briefings durch leitende GBRMPA-Mitarbeiter durchgeführt. Auf diese Weise konnte sichergestellt werden, dass alle Politiker über die richtigen Informationen verfügten, zusätzliches Material zur Weitergabe an ihre Wähler hatten und einen Ansprechpartner im GBRMPA hatten, falls weitere Informationen benötigt wurden. Während einige Entscheidungsträger es vorziehen würden, dass alle Planungsentscheidungen auf einem Konsens beruhen oder eine "Win-Win-Situation" für alle Beteiligten erreicht wird, sind weder ein Konsens noch eine "Win-Win-Situation" erreichbare Ziele für Stakeholder-Prozesse, die sich mit Themen von solcher Größenordnung und Komplexität befassen wie die meisten MPA-Planungsprozesse. Im GBR war es wichtig, den Politikern schon früh im Planungsprozess zu erklären, dass Kompromisse die zu erwartenden Ergebnisse sind. Am Ende der Umzonung des GBR hatte keine Interessengruppe das Gefühl, genau das bekommen zu haben, was sie wollte; aber jede Gruppe wusste, dass sie reichlich Gelegenheit hatte, sich zu engagieren und Beiträge zu leisten - und die meisten verstanden die Kompromisse, die alle Sektoren eingegangen waren.

Während des gesamten GBR-Planungsprogramms wurde gezieltes Bildungsmaterial erstellt und weit verbreitet. So war zum Beispiel die Karte der 70 Bioregionen im GBR ein wichtiges Grundlagendokument, auf dem ein Großteil der anschließenden öffentlichen Beteiligung beruhte. Die Erstellung von technischen Informationsblättern (siehe unten) trug dazu bei, Begriffe wie "biologische Vielfalt" in Laiensprache zu erklären, da viele Menschen nicht wussten, was das ist und welche Bedeutung es hat. In ähnlicher Weise wurde die Bedeutung der Vernetzung in der Meeresumwelt durch ein Poster mit dem Titel 'Crossing the Blue Highway' (siehe Fotos unten) deutlich verbessert. Es verwendete eine Kombination aus digitaler Kunst, Fotos und Worten, um die Bedeutung der Vernetzung zwischen Land und Meer und innerhalb der Lebensräume des GBR zu erklären - dies unterstrich die Notwendigkeit eines "repräsentativen" Ansatzes für die Zonierung. Die verschiedenen Interessengruppen haben unterschiedliche Interessen, so dass die Kommunikationsbotschaften von Experten, die sich in den jeweiligen Sektoren auskennen, entsprechend angepasst wurden, z. B. wurde Fischern eine andere Botschaft präsentiert als Forschern oder Politikern.

Die GBR-Gesetzgebung schreibt zwei formale Phasen der Öffentlichkeitsbeteiligung bei der Planung vor - eine, in der vor der Ausarbeitung eines Planentwurfs Anregungen eingeholt werden, und eine zweite, in der Kommentare zu diesem Planentwurf abgegeben werden. Frühere Planungsprozesse im GBR haben jedoch gezeigt, dass die Beteiligung der Öffentlichkeit effektiver ist, wenn sie während des gesamten Prozesses erfolgt. Dazu gehörten die Erstellung verschiedener Broschüren, technischer Informationsblätter (einige davon auf verschiedene Zielgruppen zugeschnitten), regelmäßige Aktualisierungen (siehe Ressourcen unten) und Grafiken zur Erläuterung von Konzepten wie Konnektivität. Während des gesamten Planungsprozesses (1999-2003) wurde die Öffentlichkeit durch eine Vielzahl von Methoden einbezogen, z. B. durch Zeitungen, Radio, Fernsehen und die Website (siehe Ressourcen unten). Die Planer wussten, dass ein überarbeiteter Plan erforderlich war. Kommunikationsexperten wiesen jedoch darauf hin, dass die breite Öffentlichkeit nicht verstand, warum ein neuer Flächennutzungsplan erforderlich war, wenn es bereits einen bestehenden Plan gab. Anstatt den neuen Planentwurf voranzutreiben, rieten die Kommunikationsexperten den Planern, sich für einige Monate zurückzuziehen und eine Sensibilisierungskampagne unter dem Titel "Under Pressure" durchzuführen. Sobald sich die Öffentlichkeit der Probleme des GBR bewusst war, akzeptierte sie eher die Notwendigkeit eines neuen Plans, verstand aber auch, dass sie ein Mitspracherecht hatte.

Bei jeder Planung kann es vorkommen, dass einige Schlüsselbotschaften oder Informationen von den Gegnern des Prozesses absichtlich (oder unabsichtlich) verzerrt oder falsch dargestellt werden. Viele Menschen glauben alles, was sie hören (ohne die Richtigkeit immer zu überprüfen) und sind auch misstrauisch gegenüber allen von Bürokraten vorgeschlagenen Änderungen. Jedes Mal, wenn diese Bedenken an andere weitergegeben werden, werden sie verschönert, was zu Verzerrungen der ursprünglichen Fakten führt. Darüber hinaus zitieren einige Interessengruppen selektiv aus "Forschungsarbeiten", wenn es ihren Anliegen dient, während sie Beweise für eine gegenteilige Position ignorieren. Einige Interessengruppen haben unrealistische Erwartungen und verstehen nicht, was im Rahmen des Planungsprozesses möglich oder unmöglich ist. Wenn diese Fehlinformationen nicht beseitigt werden, kann es passieren, dass die Öffentlichkeit nur die verzerrten oder unklaren Botschaften hört, die dann von anderen mit ähnlichen Ansichten verstärkt werden können. Solche Fehlinformationen und die daraus resultierenden Ängste und Unsicherheiten führten zu einigen der größten öffentlichen Sitzungen während des GBR-Planungsprozesses. Um einigen dieser Probleme entgegenzuwirken und unrealistischen Erwartungen entgegenzuwirken, erstellte GBRMPA ein Informationsblatt mit dem Titel "Richtigstellung der Fehlinformationen", das insbesondere bei großen öffentlichen Versammlungen weit verbreitet wurde.

Es sollte nicht davon ausgegangen werden, dass alle, die ein Interesse an einem Gebiet oder dem Planungsprozess haben, notwendigerweise einen schriftlichen Beitrag einreichen werden. Etwa 1 Million Menschen leben in der Nähe des GBR, und viele Millionen Menschen in Australien und auf der ganzen Welt machen sich Sorgen um die Zukunft des GBR. Die 31.600 schriftlichen Eingaben der Öffentlichkeit stellen jedoch nur einen kleinen Teil all dieser besorgten Bürger dar (wobei zu beachten ist, dass viele einzelne Eingaben im Namen von Gruppen verfasst wurden, die viele Hunderte von Mitgliedern vertreten). Bei vielen öffentlichen Veranstaltungen während der Planung oder in den Medien dominierte eine kleine "laute Minderheit" die Diskussionen. Daher wurden verschiedene Techniken angewandt, um die Ansichten der "schweigenden Mehrheit" zu ermitteln, von denen viele zwar interessiert oder besorgt waren, sich aber nicht die Mühe machten, einen öffentlichen Beitrag zu verfassen. Dazu gehörte auch die Durchführung von Telefonumfragen in größeren Bevölkerungszentren in anderen Teilen Australiens, um das "wahre" Ausmaß des Verständnisses und der Unterstützung der breiten Öffentlichkeit zu ermitteln. Darüber hinaus wurden die Einstellung und das Bewusstsein der Gemeinschaft durch öffentliche Umfragen überwacht. Dabei zeigte sich, dass viele Beteiligte über die wichtigsten Probleme/Belastungen und darüber, was getan werden könnte oder sollte, um ihre Bedenken auszuräumen, falsch informiert waren.