MarxanやSeaSketchのような意思決定支援システム（DSS）や分析ツールは、しばしば効果的な海洋空間計画の前提条件として推進され、計画問題に対する迅速かつ信頼性の高い解決策を提供する。DSSの利用者が、DSSを使えば「答え」が得られる、つまり計画問題の解決策が得られると期待するのは自然なことである。多くの場合、DSSは単純化された結果を出すので、他の計画手法を使って修正する必要があります。すべてのDSSツールには限界があり、データの欠落や不完全さを補うことはできない。意図しない副作用を生むこともあり、現実の計画問題の複雑さに対応できないことも多い。計画の成果は、社会的、文化的、経済的価値が考慮されなければ、実用的な価値はほとんどない。しかし、そのようなデータが、DSSに適した形で、あるいは適切な空間分解能で、容易に入手できることはめったにない。GBRでは、DSSはさまざまな「禁漁区」オプションの「フットプリント」を作成したが、8つのゾーンタイプには対応できなかったため、他の計画手法を適用する必要があった。しかし、本当に有益だったのは、最良の禁漁区ネットワークを開発するための指標を生成できたことである。

GBRの新たな禁漁区ネットワーク（NTZ）は、保護区設計の一般原則とGBR生態系に関す る入手可能な最善の知識を用いて策定された11の生物物理学的運用原則（「資源」 を参照）によって導かれた。これらの原則には以下が含まれる：

• 多数の小規模な保護区ではなく、少数の大規模な保護区を設定する。
• 負の影響を防ぐために、NTZを十分に複製する。
• サンゴ礁がNTZ内にある場合は、サンゴ礁全体を含める。
• 各生物域の少なくとも20％をNTZに含める。
• NTZのネットワークにおいて、沿岸と緯度方向の多様性を表現する。
• 実行可能なネットワークを形成するために、連結性などの環境情報を最大限に利用する。
• 生物物理学的に特別な場所やユニークな場所を含める。
• NTZを選定する際には、隣接する海の利用と土地利用を考慮する。

社会的、経済的、文化的、管理的実現可能性の4つの運営原則も適用された：

• NTZと人間の価値観、活動、機会を最大限に補完する；
• 社会的コストと便益を認識した上で、NTZ を最終的に選定する；
• 現在および将来の管理・保有体制を補完し、それを含む場所に NTZ を最大限配置する。
• NTZに対する国民の理解と受け入れを最大化し、NTZの施行を促進する。

重要なのは、そのようなプロセスの完了近くまで待つのではなく、計画プロセスの開始時点から主要な政治関係者を関与させることである。GBR計画プロセスの開始直後、正式な「指導者の手引き」がGBR沿岸のすべての州および連邦の政治家に配布され、可能な限り、GBRMPAの上級スタッフによる個人的なブリーフィングが行われた。これにより、すべての政治家が正しい情報を入手し、有権者に渡すための追加資料を持ち、さらに情報が必要な場合にはGBRMPA内に連絡先を持つことができた。意思決定者のなかには、すべての計画決定がコンセンサスに基づくものであること、あるいは関係者全員にとって「ウィンウィン」になることを望む者もいるが、ほとんどのMPA計画プロセスのような大規模で複雑な問題を扱う利害関係者のプロセスでは、コンセンサスも「ウィンウィン」も達成可能な目標ではない。GBRでは、計画プロセスの初期段階で、妥協が期待される結果であることを政治家に説明することが重要だった。GBRの区画整理が終了した時点で、どのステークホルダー・グループも、自分たちが望んでいたものを手に入れたとは思っていなかった。しかし、どのグループも、自分たちが関与し、意見を提供する十分な機会があったことを知っており、ほとんどのステークホルダーは、すべてのセクターが行った妥協について理解していた。

GBR計画プログラムを通じて、的を絞った教育資料が作成され、広く配布された。例えば、GBR全土に広がる70の生物地域の地図は、その後の多くの一般市民参加の基礎となる重要な文書であった。テクニカル・インフォメーション・シート（下記参照）の作成は、多くの人々が「生物多様性」とは何か、その重要性を理解していなかったため、「生物多様性」といった概念を平易な言葉で説明するのに役立った。同様に、海洋環境における「連結性」の重要性を説明する試みは、「Crossing the Blue Highway」と題されたポスター（下の写真を参照）によって大いに強化された。このポスターは、デジタルアート、写真、言葉を組み合わせて、陸と海、そしてGBRの生息域内における連結性の重要性を説明したもので、ゾーニングに対する「代表的」なアプローチの必要性を強く印象づけた。ステークホルダー・グループによって関心が異なるため、コミュニケーション・メッセージは、各分野を理解する専門家によって適切に調整された。例えば、漁業者に提示されたものと、研究者や政治家に提示されたものとでは、よく似たメッセージが異なっていた。

GBRの法律では、計画策定時に2段階の公式な市民参加を義務付けている。1つは計画案の策定に先立ち意見を求める段階、もう1つはその計画案に対する意見を提供する段階である。しかし、GBRのこれまでの計画策定プロセスでは、市民参加はプロセス全体を通して行われた方が効果的であることが実証されている。これには、様々なパンフレット、技術情報シート（対象者別に作成されたものもある）、定期的な更新情報（以下のリソースを参照）、連結性などの概念を説明する図版の作成などが含まれる。計画策定プロセス（1999年～2003年）を通じて、新聞、ラジオ、テレビ、ウェブサイト（下記リソース参照）など、様々な方法で一般市民の参加が図られた。プランナーは、計画の見直しが必要であることを知っていた。しかし、コミュニケーションの専門家は、すでに既存の計画があるのに、なぜ新しいゾーニング計画が必要なのか、広く一般市民には理解されていないと指摘した。コミュニケーションの専門家は、新たな計画案を進めるよりも、数ヶ月間計画を後退させ、"Under Pressure "と呼ばれる啓蒙キャンペーンを実施するようプランナーに助言した。GBRが直面している問題を一般市民が認識するようになると、彼らは新しい計画の必要性を受け入れるようになったが、同時に自分たちが発言できることも理解した。

どのような計画でも、重要なメッセージや情報が、そのプロセスに反対する人々によって意図的に（あるいは不注意に）歪曲されたり、誤って伝えられたりすることがある。多くの人は、（常に正確さを確認することなく）聞いたことをすべて信じ、また官僚が提案する変更に疑念を抱く。このような懸念が他者に伝えられるたびに、それらは誇張され、本来の事実から歪められることになる。さらに、一部の利害関係者は、自分たちの懸念に都合がいいときに「調査」から選択的に引用する一方で、反対の立場の証拠を無視する。一部の利害関係者は非現実的な期待を抱いており、計画プロセスの一部として何が可能か、あるいは不可能かを理解していない。このような誤った情報に対処しない限り、一般市民は歪曲された、あるいは不明瞭なメッセージだけを耳にすることになり、それが同じような視点を持つ他の人々によって強化されることになりかねない。このような誤った情報、そしてそれに起因する恐怖と不確実性が、GBR計画プロセスにおける最大規模のパブリック・ミーティングを引き起こした。こうした問題のいくつかに対抗し、非現実的な期待に対処するため、GBRMPAは「誤った情報を正す」と題したファクトシートを作成し、特に大規模なパブリックミーティングで広く配布した。

ある地域や計画プロセスに関心を持つすべての人が、必ずしも書面提出を行うと考えるべきではありません。約100万人がGBRに隣接して生活しており、またオーストラリア国内および国際的に、何百万人もの人々がGBRの将来に関心を寄せている。しかし、31,600通の文書による一般提出は、そうした関係者のごく一部に過ぎない（多くの個人提出は、何百人ものメンバーを代表する団体を代表して作成されたものであることに留意されたい）。計画中の多くの公開イベントやメディアにおいて、議論を支配したのは少数の「騒がしい少数派」であった。そこで、興味や関心はあるが、わざわざ意見書を書こうとはしない「サイレント・マジョリティ」の意見を把握するために、さまざまな手法が用いられた。これには、オーストラリア国内の主要な人口集中地区を対象にした電話世論調査も含まれ、より広範な一般市民の理解と支持の「本当の」レベルを明らかにした。さらに、一般市民へのアンケート調査を通じて、地域社会の態度や意識をモニターした。その結果、多くの利害関係者が、主要な問題や圧力について、また彼らの懸念に対処するために何ができるか、あるいは何をすべきかについて、誤った情報を持っていることがわかった。