Marxan ya da SeaSketch gibi karar destek sistemleri (KDS) ya da analitik araçlar, bir planlama sorununa hızlı ve güvenilir bir çözüm sağlayarak etkili bir deniz mekansal planlaması için genellikle bir ön koşul olarak tanıtılmaktadır. KDS kullanıcılarının, KDS'yi kullanmanın 'cevabı' üreteceğini ve dolayısıyla planlama sorunlarına çözüm sağlayacağını ummaları doğaldır. Çoğu zaman, KDS'ler diğer planlama yöntemleri kullanılarak değiştirilmesi gereken basit sonuçlar üretir. Tüm KDS araçlarının sınırlamaları vardır ve eksik ya da yetersiz verileri telafi edemezler. İstenmeyen yan etkiler üretebilirler ve genellikle gerçek dünyadaki planlama sorunlarının karmaşıklığıyla eşleşemezler. Sosyal, kültürel ve ekonomik değerler dikkate alınmadığı takdirde planlama sonuçlarının pratik değeri çok azdır - ancak bu tür veriler DSS'ye uygun bir biçimde veya uygun bir mekansal çözünürlükte nadiren mevcuttur. GBR'de, DSS çeşitli 'alım yapılamaz' bölge seçeneklerinin bir 'ayak izini' oluşturdu, ancak sekiz bölge türünü karşılayamadı, bu nedenle diğer planlama yöntemlerinin uygulanması gerekiyordu. Ancak asıl fayda, mümkün olan en iyi ava kapalı bölge ağının geliştirilmesini sağlayacak metriklerin üretilebilmesiydi.

GBR'deki yeni ava kapalı bölgeler (NTZ) ağına, rezerv tasarımının genel ilkeleri ve GBR ekosistemi hakkındaki mevcut en iyi bilgiler kullanılarak geliştirilen 11 Biyofiziksel Operasyonel İlke rehberlik etmiştir (bkz. Kaynaklar). Bunlar şunları içeriyordu:

• Birkaç büyük (çok sayıda küçük yerine) NTZ'ye sahip olun
• Olumsuz etkilere karşı güvence sağlamak için NTZ'lerin yeterli sayıda çoğaltılması
• Bir resifin NTZ içinde olduğu durumlarda, resifin tamamı dahil edilmelidir
• NTZ'lerde her bir biyolojik bölgenin en az %20'sinin temsil edilmesi
• NTZ ağında sahanlıklar arası ve enlemsel çeşitliliği temsil eder
• Uygulanabilir ağlar oluşturmak için bağlanabilirlik gibi çevresel bilgilerin kullanımını en üst düzeye çıkarmak
• Biyofiziksel olarak özel/eşsiz yerleri dahil edin
• NTZ'leri seçerken bitişik deniz kullanımlarını ve arazi kullanımlarını göz önünde bulundurun

Dört Sosyal, Ekonomik, Kültürel ve Yönetim Fizibilitesi Operasyonel İlkesi de uygulanmıştır:

• NTZ'lerin insani değerler, faaliyetler ve fırsatlarla tamamlayıcılığının en üst düzeye çıkarılması;
• NTZ'lerin nihai seçiminde sosyal maliyet ve faydaların dikkate alınmasını sağlamak;
• NTZ'lerin mevcut ve gelecekteki yönetim ve kullanım düzenlemelerini tamamlayan ve içeren yerlere yerleştirilmesini azami düzeye çıkarmak; ve
• NTZ'lerin kamuoyu tarafından anlaşılmasını ve kabul edilmesini en üst düzeye çıkarmak ve NTZ'lerin uygulanmasını kolaylaştırmak.

Kilit siyasi aktörleri, bu tür bir sürecin tamamlanmasına yakın bir zamana kadar beklemek yerine planlama sürecinin başından itibaren sürece dahil etmek önemlidir. GBR planlama sürecinin başlamasından kısa bir süre sonra, GBR kıyısındaki tüm Eyalet ve federal politikacılara resmi bir 'Lider Rehberi' ulaştırılmış ve mümkün olan her yerde üst düzey GBRMPA personeli tarafından kişisel bilgilendirmeler yapılmıştır. Bu sayede tüm politikacıların doğru bilgiye sahip olmaları, seçmenlerine verebilecekleri ekstra materyallere sahip olmaları ve daha fazla bilgi gerektiğinde GBRMPA içinde bir irtibat kişisine sahip olmaları sağlanmıştır. Bazı karar alıcılar tüm planlama kararlarının uzlaşmaya dayalı olmasını veya ilgili herkes için bir 'kazan-kazan' elde edilmesini tercih etse de, çoğu MPA planlama süreci gibi büyüklük ve karmaşıklık içeren konularla ilgilenen paydaş süreçleri için ne uzlaşma ne de 'kazan-kazan' ulaşılabilir hedeflerdir. GBR'de, planlama sürecinin başlarında politikacılara uzlaşmanın beklenen sonuçlar olduğunu açıklamak önemliydi. GBR'nin yeniden düzenlenmesinin sonunda, hiçbir paydaş grubu tam olarak istediklerini elde ettiklerini düşünmedi; ancak her grup, sürece dahil olmak ve girdi sağlamak için geniş fırsatlara sahip olduklarını biliyordu ve çoğu, tüm sektörlerin verdiği tavizleri anladı.

GBR planlama programı boyunca hedefe yönelik eğitim materyalleri hazırlanmış ve yaygın bir şekilde dağıtılmıştır. Örneğin GBR'deki 70 biyo-bölgenin haritası, daha sonraki pek çok kamu katılımının dayandığı temel bir belgeydi. Teknik Bilgi Formlarının hazırlanması (aşağıya bakınız) 'biyoçeşitlilik' gibi kavramların halk dilinde açıklanmasına yardımcı olmuştur, çünkü birçok kişi bunun ne olduğunu ve önemini anlamamıştır. Benzer şekilde, deniz ortamında 'bağlanabilirliğin' önemini anlatmaya çalışmak, 'Mavi Otoyolu Geçmek' başlıklı bir poster ile büyük ölçüde geliştirilmiştir (aşağıdaki Fotoğraflara bakınız). Kara ve deniz arasındaki ve GBR'nin habitatları içindeki bağlantının önemini açıklamak için dijital sanat, fotoğraf ve kelimelerin bir kombinasyonunu kullandı - bu, bölgelendirmeye yönelik 'temsili' yaklaşıma olan ihtiyacı güçlendirdi. Farklı paydaş gruplarının farklı çıkarları vardır, bu nedenle iletişim mesajları sektörleri anlayan uzmanlar tarafından uygun şekilde uyarlanmıştır; örneğin balıkçılara sunulan mesaj, araştırmacılara veya politikacılara sunulan çok benzer bir mesajdan farklıydı.

GBR mevzuatı, planlama sırasında halkın katılımının 2 resmi aşamasını zorunlu kılmaktadır - birincisi taslak bir plan geliştirmeden önce girdi aramak ve ikincisi bu taslak plan hakkında yorum sağlamak. Ancak GBR'deki önceki planlama süreçleri, halkın katılımının süreç boyunca gerçekleştirilmesi halinde daha etkili olduğunu göstermiştir. Bu kapsamda çeşitli broşürler, teknik bilgi formları (bazıları farklı hedef kitleler için uyarlanmıştır), periyodik güncellemeler (aşağıdaki Kaynaklara bakınız) ve bağlanabilirlik gibi kavramları açıklayan grafikler hazırlanmıştır. Planlama süreci boyunca (1999-2003) gazeteler, radyo, TV, web sitesi gibi çeşitli yöntemlerle halkın katılımı sağlanmıştır (aşağıdaki Kaynaklara bakınız). Planlamacılar revize edilmiş bir plana ihtiyaç olduğunu biliyorlardı. Ancak iletişim uzmanları, mevcut bir plan varken neden yeni bir imar planına ihtiyaç duyulduğunun geniş halk kitleleri tarafından anlaşılamadığını belirtmişlerdir. İletişim uzmanları, yeni taslak planı ilerletmek yerine, planlamacılara "Baskı Altında" adlı bir farkındalık kampanyası yürütmek için birkaç ay geri çekilmelerini tavsiye etti. Halk GBR'nin karşı karşıya olduğu sorunların daha fazla farkına vardığında, yeni bir planın gerekliliğini daha fazla kabul etti ancak aynı zamanda söz sahibi olabileceklerini de anladı.

Herhangi bir planlama çalışması sırasında, bazı kilit mesajlar veya bilgiler, sürece karşı olanlar tarafından kasıtlı olarak (veya kasıtsız olarak) çarpıtılabilir veya yanlış sunulabilir. Birçok insan duydukları her şeye inanır (doğruluğunu her zaman kontrol etmeden) ve bürokratlar tarafından önerilen değişikliklere de şüpheyle yaklaşır. Bu endişeler ne zaman başkalarına aktarılsa, süslenerek asıl gerçeklerin çarpıtılmasına yol açmaktadır. Ayrıca bazı paydaşlar, kendi endişelerine uygun olduğunda 'araştırmalardan' seçici bir şekilde alıntı yaparken, aksi yöndeki kanıtları görmezden gelmektedir. Bazı paydaşların gerçekçi olmayan beklentileri vardır ve planlama sürecinin bir parçası olarak neyin mümkün ya da imkansız olduğunu anlamamaktadırlar. Bu yanlış bilgi ele alınmadığı sürece, kamuoyu sadece çarpıtılmış veya net olmayan mesajları duyabilir ve bunlar daha sonra benzer bakış açılarına sahip başkaları tarafından pekiştirilebilir. Bu tür yanlış bilgilendirme ve bunun sonucunda ortaya çıkan korku ve belirsizlik, GBR planlama sürecinde en büyük halk toplantılarından bazılarının yapılmasına neden olmuştur. Bu sorunların bazılarına karşı koymak ve gerçekçi olmayan beklentileri ele almak için GBRMPA 'Yanlış bilgilerin düzeltilmesi' başlıklı bir bilgi notu hazırladı - bu özellikle büyük halk toplantılarında yaygın olarak dağıtıldı.

Bir bölge veya planlama süreci ile ilgilenen herkesin mutlaka yazılı bir görüş bildireceği varsayılmamalıdır. GBR'ye komşu yaklaşık 1 milyon insan yaşamaktadır ve Avustralya'nın başka yerlerinde ve uluslararası düzeyde milyonlarca insan GBR'nin geleceğinden endişe duymaktadır. Ancak 31.600 yazılı kamuoyu başvurusu, tüm bu endişeli vatandaşların yalnızca küçük bir bölümünü temsil etmektedir (birçok bireysel başvurunun yüzlerce üyeyi temsil eden gruplar adına hazırlandığını belirtmek gerekir). Planlama sırasında veya medyada yer alan birçok kamuya açık etkinlikte, tartışmalara hakim olan küçük bir 'gürültülü azınlık' olmuştur. Bu nedenle, birçoğu konuyla ilgilenen veya endişe duyan ancak kamuya açık bir görüş bildirme zahmetine katlanmayan 'sessiz çoğunluğun' görüşlerini belirlemek için farklı teknikler uygulanmıştır. Bu kapsamda, Avustralya'nın başka yerlerindeki büyük nüfus merkezlerinde telefonla anketler yaptırılarak daha geniş halk kitlelerinin anlayış ve desteğinin 'gerçek' düzeyi belirlenmiştir. Buna ek olarak, toplumun tutumları ve farkındalığı kamuoyu anketleri yoluyla izlenmiştir. Bunlar, birçok paydaşın temel sorunlar/baskılar ve endişelerini gidermek için neler yapılabileceği veya yapılması gerektiği konusunda yanlış bilgilendirildiğini göstermiştir.