社内訓練と認定は、タンザニアのモロゴロにあるソコイネ農業大学のキャンパス内にあるAPOPOの訓練本部で行われる。ここでは、アフリカのジャイアントパウチド・ラットが飼育され、匂いを探知する目的で訓練されている。それぞれのネズミは厳格なプロトコルに沿って特定のプログラムのために訓練され、そこで目的の匂いを探知して示すことを学び、配備に必要な捜索戦略を完成させる。訓練が完了し、社内で認定されたネズミは、作戦のために世界中に配備される。APOPOは、可能な限り最良の結果を達成するために、実施およびサポートパートナーと協力する。ラットが活動を開始する前のこの段階で、独立した情報源からの追加認定を受けることもできる。
厳格なトレーニング・プロトコルと標準業務手順。定期的なモニタリングと評価。ソコイネ農科大学にあるAPOPOの研修施設は、大学と政府から継続的な運営支援を受けている。
スタッフの雇用とラットの維持管理（住居、餌、獣医療）に対する十分な財政支援。
ラットはAPOPOによって繁殖されるが、訓練には時間を要するため、次の世代の訓練や新しい場所でのプロジェクト開始のためには、十分な派遣前の期間を考慮しなければならない。
APOPOは25年にわたり、嗅覚ネズミの訓練を行ってきました。私たちの成功の中心は、トレーニング方法の継続的なモニタリング、評価、改良にあります。陽性強化トレーニングのみを使用し、匂い探知ラットはあらかじめ定義されたトレーニングの段階を進んでいきます。それぞれのプログラムには、関連する標準作業手順がある。さらに、継続的な研究により、私たちの訓練と配備をさらに改善する方法を探っています。野生動物の探知など、新たな可能性を秘めたプログラムについては、優秀な研究者とトレーナーのチームがトレーニング方法を考案し、それを評価・適応させています。APOPOの研究の詳細については、査読を受けた科学的な出版物が幅広く出版されている。