Von einer Doppelzählung spricht man, wenn eine Emissionsgutschrift von mehr als einem Unternehmen in Anspruch genommen wird, ohne dass dadurch ein zusätzlicher Nutzen entsteht. Vereinfacht ausgedrückt, handelt es sich um eine Situation, in der zwei Parteien denselben Nutzen aus der Kohlenstoffreduzierung oder Emissionsverringerung beanspruchen. Die Doppelzählung untergräbt die Integrität von Klimaschutzprogrammen und den Kampf gegen den Klimawandel, da sie die tatsächlich erzielten Emissionsreduzierungen oder -verringerungen verfälscht. Sie verwässert im Wesentlichen den Wert und die Wirksamkeit von Emissionsgutschriften.
Doppelzählungen können vermieden werden, wenn alle Arbeiten von einer Stelle durchgeführt und nach einer Standardmethode wie der in diesem Pilotprojekt getesteten GLS+-Methode angekündigt werden.
In der konkreten Situation mit einer einzigen Einrichtung und einem bestimmten Wald, in dem keine anderen Maßnahmen als Maßnahmen zur Erhaltung der biologischen Vielfalt rechtlich zulässig sind, war die Doppelzählung kein großes Problem.