O governo regional está agora trabalhando com as comunidades filantrópicas e de ONGs para fazer a transição de uma iniciativa internacional orientada por ONGs e financiada por doadores para uma iniciativa gerenciada de forma eficaz e inteiramente por instituições locais e financiada de forma sustentável. Uma vez bem-sucedida, essa será a primeira rede MPA da Indonésia financiada de forma totalmente sustentável e servirá como modelo em todo o país e na região. A sustentabilidade financeira da rede MPA será alcançada por meio de fontes de receita diversificadas, incluindo alocações do governo, taxas de visitantes e outros mecanismos de financiamento locais, arrecadação de fundos locais e um fundo fiduciário dedicado à conservação. A coalizão do BHS desenvolveu um modelo de custos e um plano de negócios abrangentes que projetam os custos, as receitas e as lacunas da paisagem marítima sob o sistema de gerenciamento de "estado estável" que deverá estar em vigor até 2017. Mais de 70% dos custos locais já estão garantidos por fontes locais, sendo que o maior contribuinte é o próprio governo. Embora esses compromissos locais não tenham precedentes, é necessário um investimento adicional para garantir uma paisagem marítima com recursos totalmente sustentáveis. A coalizão está trabalhando com o governo da província para desenvolver um fundo fiduciário dedicado, o Blue Abadi Fund, para preencher essa lacuna.

As comunidades locais de Cagayancillo são compensadas pelas perdas econômicas causadas pelas políticas de não captura. Uma parte da taxa de conservação é canalizada para um fundo de subsistência que oferece empréstimos para o desenvolvimento.

O Parque Natural dos Recifes de Tubbataha (TRNP) é administrado com assistência financeira de diversas fontes. As taxas de conservação pagas pelos visitantes são a principal fonte de financiamento, fornecendo 74% do orçamento anual. As doações de ONGs e do setor privado representam os outros 26%. Esses recursos são depositados em um fundo fiduciário local gerenciado pelo Conselho de Administração da Área Protegida de Tubbataha e usados exclusivamente para a administração do parque.

As instituições e comunidades locais, os representantes do governo municipal e nacional, as ONGs, o meio acadêmico e o setor privado estão todos representados em um órgão local de gestão do parque e de aplicação da lei. A aplicação da lei é garantida por meio de parcerias com a Marinha e a Guarda Costeira das Filipinas e com guardas florestais recrutados localmente, que recebem treinamento aprofundado e equipamentos de vigilância adequados. A situação ambiental do parque é monitorada regularmente, enquanto a eficácia da governança é medida anualmente por meio de mecanismos participativos.

Para promover a conscientização e o entendimento geral da importância global desse hotspot de biodiversidade, a lei e as políticas desenvolvidas são comunicadas ao público por meio de várias atividades de divulgação, por exemplo, por meio de programas de rádio e jornais locais.

Para atingir a proporção de 4:1 entre manguezais e viveiros, necessária para a sustentabilidade ecológica, é necessário concentrar-se na reversão de viveiros abandonados para manguezais. Um inventário dos lagos, baseado em imagens de satélite e levantamentos técnicos de todos os lagos de pesca, é realizado e inserido em um banco de dados central. Após determinar o status de posse, são feitas recomendações de políticas com relação à reversão dos tanques em manguezais. Em conjunto com o resultado dos testes de plantio, é elaborado um Plano de Reabilitação de Manguezais. Esse plano fornece metodologias para a reversão física (restauração da hidrologia natural) e biológica (plantio ativo de espécies adequadas) de tanques de peixes em áreas de mangue.

A criação do parque ecológico Kantunggan It Ibajay (KII), com 44 hectares, faz parte dos projetos de conservação de mangues do CMRP. O parque ecológico é gerenciado por grupos da comunidade local (Bugtongbato Fisherfolk Association (BFA) e Naisud Mangrove and Aquatic Organization (NMAO)) e ajuda a aumentar a conscientização sobre a importância dos manguezais, além de proporcionar uma valiosa renda adicional para as comunidades locais que administram o parque. O parque ecológico tem mais de 1 km de calçadões para os visitantes explorarem a floresta de mangue e a vida selvagem associada. As taxas de entrada são usadas para a manutenção do parque.