تعمل الحكومة الإقليمية الآن مع المنظمات غير الحكومية والمجتمعات الخيرية للانتقال من مبادرة دولية تقودها المنظمات غير الحكومية وتمولها الجهات المانحة إلى مبادرة تدار بشكل فعال بالكامل من قبل المؤسسات المحلية وتمول بشكل مستدام. وبمجرد نجاحها، ستكون أول شبكة للمناطق البحرية المحمية في إندونيسيا ممولة بالكامل بشكل مستدام، وستكون بمثابة نموذج يحتذى به في جميع أنحاء البلاد والمنطقة. سيتم تحقيق الاستدامة المالية لشبكة المحميات البحرية من خلال مصادر إيرادات متنوعة بما في ذلك المخصصات الحكومية ورسوم الزوار وآليات التمويل المحلية الأخرى وجمع التبرعات المحلية وصندوق استئماني مخصص للمحافظة على البيئة. وقد وضع تحالف المحمية البحرية نموذج تكلفة شامل وخطة عمل شاملة تتوقع تكاليف وإيرادات وثغرات في ظل نظام إدارة "الحالة المستقرة" المتوقع أن يكون قائماً بحلول عام 2017. وقد تم بالفعل تأمين أكثر من 70% من التكاليف المحلية من خلال مصادر محلية، حيث أن المساهم الأكبر هو الحكومة نفسها. وعلى الرغم من أن هذه الالتزامات المحلية غير مسبوقة، إلا أن هناك حاجة إلى استثمارات إضافية لضمان توفير الموارد البحرية المستدامة بالكامل. يعمل التحالف مع حكومة المقاطعة على تطوير صندوق ائتماني مخصص، صندوق عبادي الأزرق، لسد الفجوة.

يتم تعويض المجتمعات المحلية في كاغايانكيلو عن الخسائر الاقتصادية الناجمة عن سياسات حظر الصيد. يتم توجيه حصة من رسوم الحفظ إلى صندوق سبل العيش الذي يوفر قروضاً للتنمية.

تدار حديقة توباتاها للشعاب المرجانية الطبيعية (TRNP) بمساعدة مالية من مجموعة من المصادر. رسوم الحفظ التي يدفعها الزوار هي المصدر الرئيسي للتمويل، حيث توفر 74% من الميزانية السنوية. وتشكل المنح المقدمة من المنظمات غير الحكومية والقطاع الخاص نسبة 26% الأخرى. يتم إيداع هذه الأموال في صندوق استئماني محلي يديره مجلس إدارة محمية توباتاها ويستخدم فقط لإدارة المتنزه.

يتم تمثيل المؤسسات والمجتمعات المحلية وممثلي الحكومات المحلية والوطنية والمنظمات غير الحكومية والأوساط الأكاديمية والقطاع الخاص في هيئة محلية لإدارة المتنزهات وإنفاذ القانون. يتم ضمان إنفاذ القانون من خلال شراكات مع البحرية الفلبينية وخفر السواحل وحراس المتنزه المعينين محلياً الذين يتلقون تدريباً متعمقاً ومعدات مراقبة مناسبة. يتم رصد الوضع البيئي في المتنزه بانتظام، بينما يتم قياس فعالية الإدارة سنوياً باستخدام آليات تشاركية.

ولتعزيز الوعي والفهم العام للأهمية العالمية لهذه البقعة الحيوية الساخنة على المستوى العالمي، يتم نشر القانون والسياسات المطورة للجمهور من خلال أنشطة التوعية المختلفة، على سبيل المثال من خلال الإعلانات الإذاعية والصحف المحلية.

ولتحقيق نسبة 4:1 بين أشجار المانغروف والبرك المطلوبة للاستدامة البيئية، هناك حاجة إلى التركيز على إعادة البرك المهجورة إلى أشجار المانغروف. يتم إجراء جرد للبرك، استنادًا إلى صور الأقمار الصناعية والمسوحات الفنية لجميع أحواض الأسماك، ويتم إدخالها في قاعدة بيانات مركزية. وبعد تحديد حالة الحيازة، يتم تقديم توصيات بشأن السياسات المتعلقة بتحويل البرك إلى أشجار المانغروف. وإلى جانب نتائج تجارب الزراعة، يتم وضع خطة لإعادة تأهيل أشجار المانغروف. وتوفر هذه الخطة منهجيات للتحويل الفيزيائي (استعادة الهيدرولوجيا الطبيعية) والبيولوجي (الزراعة النشطة للأنواع المناسبة) لبرك الأسماك إلى مناطق مانغروف.

يعد إنشاء حديقة كانتونجان إت إيباجاي البيئية التي تبلغ مساحتها 44 هكتاراً جزءاً من مشاريع برنامج المحافظة على غابات المانغروف التي ينفذها البرنامج. تدار الحديقة البيئية من قبل مجموعات المجتمع المحلي (جمعية بوجتونغباتو لصيادي الأسماك ومنظمة نايسود للمانغروف والأحياء المائية) وتساعد على زيادة الوعي بأهمية أشجار المانغروف، مع توفير دخل إضافي قيّم للمجتمعات المحلية التي تدير الحديقة. تحتوي الحديقة البيئية على أكثر من 1 كم من الممرات الخشبية للزوار لاستكشاف غابات المانغروف والحياة البرية المرتبطة بها. تُستخدم رسوم الدخول لصيانة المتنزه.