Bölgesel hükümet şu anda STK ve hayırsever topluluklarla birlikte çalışarak uluslararası STK güdümlü ve bağışçı finansmanlı bir girişimden, tamamen yerel kurumlar tarafından etkin bir şekilde yönetilen ve sürdürülebilir bir şekilde finanse edilen bir girişime geçiş yapmaktadır. Başarılı olduğunda, Endonezya'nın tamamen sürdürülebilir bir şekilde finanse edilen ilk MPA ağı olacak ve ülke ve bölge genelinde bir model olarak hizmet edecektir. MPA ağının finansal sürdürülebilirliği, devlet tahsisleri, ziyaretçi ücretleri ve diğer yerel finansman mekanizmaları, yerel bağış toplama ve özel bir koruma vakıf fonu dahil olmak üzere çeşitlendirilmiş gelir kaynakları yoluyla sağlanacaktır. BHS koalisyonu, 2017 yılına kadar yürürlüğe girmesi beklenen "istikrarlı durum" yönetim sistemi kapsamında deniz manzarası maliyetlerini, gelirleri ve boşlukları öngören kapsamlı bir maliyet modeli ve iş planı geliştirmiştir. Yerel maliyetlerin %70'inden fazlası halihazırda yerel kaynaklardan sağlanmakta olup, en büyük katkı hükümetten gelmektedir. Bu yerel taahhütler emsalsiz olsa da, tamamen sürdürülebilir kaynaklara sahip bir deniz manzarası sağlamak için ek yatırıma ihtiyaç vardır. Koalisyon, bu boşluğu doldurmak üzere Mavi Abadi Fonu adında özel bir güven fonu geliştirmek için eyalet hükümetiyle birlikte çalışmaktadır.

Cagayancillo'daki yerel topluluklar, avlanmaya izin vermeyen politikaların neden olduğu ekonomik kayıplar için tazmin edilmektedir. Koruma ücretinin bir kısmı, kalkınma için kredi sağlayan bir geçim fonuna aktarılmaktadır.

Tubbataha Resifleri Doğal Parkı (TRNP) çeşitli kaynaklardan gelen mali yardımlarla yönetilmektedir. Ziyaretçiler tarafından ödenen koruma ücretleri, yıllık bütçenin %74'ünü sağlayan ana finansman kaynağıdır. STK'lar ve özel sektörden alınan hibeler ise diğer %26'lık kısmı oluşturmaktadır. Bu fonlar Tubbataha Korunan Alan Yönetim Kurulu tarafından yönetilen yerel bir güven fonuna yatırılmakta ve yalnızca Parkın idaresi için kullanılmaktadır.

Yerel kurumlar ve topluluklar, belediye ve ulusal yönetim temsilcileri, STK'lar, akademi ve özel sektör yerel tabanlı bir park yönetimi ve kolluk kuvvetlerinde temsil edilmektedir. Kolluk kuvvetleri, Filipin Donanması ve Sahil Güvenlik ile ortaklıklar ve derinlemesine eğitim ve uygun gözetim ekipmanı alan yerel olarak işe alınmış park korucuları aracılığıyla sağlanmaktadır. Parktaki çevresel durum düzenli olarak izlenirken, yönetişimin etkinliği katılımcı mekanizmalar kullanılarak yıllık olarak ölçülmektedir.

Bu biyolojik çeşitlilik sıcak noktasının küresel önemine ilişkin farkındalığı ve genel bir anlayışı teşvik etmek için, geliştirilen Yasa ve politikalar, radyo yayınları ve yerel gazeteler gibi çeşitli sosyal yardım faaliyetleri yoluyla halka duyurulmaktadır.

Ekolojik sürdürülebilirlik için gerekli olan 4:1 mangrov-gölet oranına ulaşmak için, terk edilmiş göletlerin mangrovlara dönüştürülmesine odaklanılması gerekmektedir. Uydu görüntülerine ve tüm balık havuzlarının teknik incelemelerine dayanan bir havuz envanteri yapılır ve merkezi bir veri tabanına aktarılır. Kiracılık durumu belirlendikten sonra, göletlerin mangrova dönüştürülmesine ilişkin politika önerilerinde bulunulur. Dikim denemelerinin sonuçlarıyla birlikte bir Mangrov Rehabilitasyon Planı hazırlanır. Bu plan, balık havuzlarının fiziksel (doğal hidrolojinin yeniden sağlanması) ve biyolojik olarak (uygun türlerin aktif olarak dikilmesi) mangrov alanlarına dönüştürülmesi için metodolojiler sunmaktadır.

44 hektarlık Kantunggan It Ibajay (KII) Eko-Parkının kurulması CMRP'nin mangrov koruma projelerinin bir parçasıdır. Eko-park yerel topluluk grupları (Bugtongbato Fisherfolk Association (BFA) ve Naisud Mangrove and Aquatic Organization (NMAO)) tarafından yönetilmekte ve mangrovların önemi konusunda farkındalık yaratılmasına yardımcı olurken, parkı yöneten yerel topluluklar için değerli ek gelir sağlamaktadır. Eko-park, ziyaretçilerin mangrov ormanını ve ilgili yaban hayatını keşfetmeleri için 1 km'den fazla tahta kaldırıma sahiptir. Giriş ücretleri parkın bakımı için kullanılmaktadır.