A conservação participativa é um princípio pelo qual se inicia a estratégia de proteção e conservação aplicada no PNCAZ. Isso é necessário porque um de seus desafios é garantir um controle e uma vigilância eficazes da área protegida com apenas 45 guarda-parques que cobrem 1,35 milhão de hectares e um perímetro de quase 1.000 km. Essas condições exigiram uma estratégia participativa com a incorporação de guarda-parques comunitários. Isso permitiu a inclusão das frentes de defesa das populações, rondas camponesas e até mesmo das próprias autoridades locais nas estratégias de controle e vigilância, dentro da estrutura do Plano Diretor do Parque. Todos eles adquiriram o compromisso de ajudar na conservação e na proteção do parque, ou de definir e planejar os assentamentos das populações para impedir seu avanço e a mudança no uso da terra.

O gerenciamento de uma área protegida de mais de 1,35 milhão de hectares com um alto nível de atividade humana em sua zona de amortecimento (2,3 milhões de hectares) exigiu a geração de ferramentas de gerenciamento inovadoras, com foco na participação social. O CIMA implementa um Modelo de Intervenção conhecido como FOCAL, que atualmente está sendo incorporado a outras áreas protegidas do país. O FOCAL inclui ferramentas como:

• Mapeamento de forças e usos (MUF): Reúne informações socioeconômicas das comunidades e dos centros populacionais, suas necessidades e percepções sobre a área e o uso dos recursos naturais, para identificar as organizações locais com as quais é necessário criar alianças para implementar ações de preservação.
• Zoneamento Comunitário Participativo (ZPC): Orienta o processo de desenvolvimento do zoneamento ecológico-econômico em nível comunitário para obter consenso entre a população em relação ao uso sustentável do território e de seus recursos naturais.
• Regras de coexistência: Permitem chegar a acordos no nível do centro populacional ou da comunidade, definem códigos de comportamento e proporcionam estabilidade ao processo de planejamento e aos Planos de Qualidade de Vida que são criados como resultado.

Embora o PNCA tenha recebido apoio financeiro durante o período de 2008 a 2013, essas fontes não são consideradas sustentáveis a longo prazo. Por esse motivo, o CIMA buscou mecanismos para melhorar a sustentabilidade financeira do Parque, um dos quais foi a elaboração do Projeto REDD+ Cordillera Azul. Como parte desse projeto, o CIMA e o The Field Museum of Chicago, como parceiro estratégico, desenvolveram um documento técnico para verificar como o PNCAZ evitou a emissão de mais de 1,6 milhão de toneladas de CO2 por ano provenientes do desmatamento e quase 13 milhões de toneladas de CO2 durante o período de 2008 a 2015. Isso o levou a ser considerado um megaprojeto de REDD+, validado por padrões internacionais, como o Voluntary Carbon Standard (VCS) e o Climate, Community, and Biodiversity Standards (CCB). Esses padrões conferiram legitimidade e credibilidade aos mercados voluntários por meio de certificados de redução de emissões de gases de efeito estufa não emitidos. Graças a esses certificados, o projeto conseguiu obter seu registro no Markit, uma ferramenta para gerenciar créditos globais de carbono internacionalmente, o que, por sua vez, levou o CIMA a trabalhar em processos de negociação de créditos de carbono na arena internacional.

A estrutura legal para áreas protegidas no Peru favorece uma abordagem participativa e de cogestão e permite o estabelecimento de contratos de gestão entre o governo peruano e organizações privadas sem fins lucrativos, como um mecanismo eficaz de apoio à gestão. Nesse contexto, desde sua criação, o Parque Nacional Cordillera Azul (PNCA) conta com o apoio técnico da ONG Centro de Conservação, Pesquisa e Manejo de Áreas Naturais - Cordillera Azul (CIMA - Cordillera Azul). Anos depois, em 2008, o Estado assinou um acordo com o CIMA para a administração total das operações do Parque por um período de 20 anos. Sob essa estrutura, foi assinado um Acordo de Desenvolvimento Global (GDA) com a Agência dos Estados Unidos para o Desenvolvimento Internacional (USAID), a Fundação Moore, a Fundação MacArthur, o Field Museum of Chicago e o CIMA, para combinar esforços para a conservação do PNCAZ e obter apoio financeiro durante o período de 2008-2013. Isso permitiu o estabelecimento de uma visão de longo prazo para o gerenciamento adaptativo do parque, a implementação de um modelo de gerenciamento participativo e a obtenção de maior sustentabilidade financeira por meio da alavancagem de fundos para o PNCAZ.

A Lei do Sistema Nacional de Áreas Protegidas, promulgada em julho de 2000, estabeleceu a Abordagem de Mosaico de Conservação. Mosaicos são um "conjunto de Unidades de Conservação (UC) de categoria igual ou diferente, próximas, contíguas ou sobrepostas, e outras áreas protegidas públicas ou privadas" que são gerenciadas de forma integrada, de acordo com os objetivos de cada UC.

Para enfrentar o desafio de gerenciar conflitos socioambientais e otimizar recursos humanos, financeiros e materiais, foi criado em 2010 o Mosaico de Conservação do Baixo Rio Negro, com uma área total de 7.329.220 hectares, integrado por 11 UCs, entre elas o Parque Nacional do Jaú e a RESEX Unini. A implementação dessa abordagem prioriza processos de conservação para áreas maiores, o que permite o gerenciamento integrado da paisagem de áreas ao longo dos rios Jaú e Unini, ao norte, e do Baixo Rio Negro, ao sul do mosaico. Ao considerar as áreas protegidas como partes de uma unidade maior, funcional e interconectada, foi necessário incluir uma metodologia participativa na elaboração dos planos de manejo, que incentivou a participação de vários atores no processo de tomada de decisões relacionadas à administração do território e de seus recursos naturais.

O Parque Nacional do Jaú representa uma das maiores extensões de florestas tropicais protegidas do mundo, protegendo uma grande extensão da bacia do rio Águas Negras. Devido à sua importância, essa área protegida foi priorizada pelo Programa Áreas Protegidas da Amazônia (ARPA), um programa criado em 2002 pelo governo brasileiro e gerenciado pelo Fundo Brasileiro para a Biodiversidade (Funbio).

O programa ARPA conta com o apoio financeiro do Global Environment Facility (GEF), do governo alemão, do World Wildlife Fund (WWF), do Fundo Amazônia, por meio do Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social (BNDES), da Fundação Moore e, atualmente, de empresas privadas que atuam como doadoras do programa. O programa foi concebido para durar 13 anos e tem como objetivo ampliar e fortalecer o Sistema Nacional de Unidades de Conservação da Amazônia, por meio da proteção de 60 milhões de hectares de unidades de conservação no bioma amazônico e da garantia de recursos financeiros para a gestão dessas áreas no curto e no longo prazo. Ele é implementado em três fases independentes e contínuas: Fase I, entre 2003 e 2010, Fase II, entre 2010 e 2015, e Fase III, com prazo de 25 anos.

Por meio do processo de criação da Reserva Extrativista do Rio Unini (RESEX) e no âmbito do contrato de cogestão do Parque Nacional do Jaú, a FVA implementou metodologias inovadoras e participativas de mapeamento para o uso dos recursos naturais e vem investindo em um processo de fortalecimento da capacidade organizacional e local para o uso sustentável dos recursos naturais. Entre eles está o desenvolvimento e a implementação de uma metodologia para o uso de recursos naturais (SIMUR) no rio Unini. Isso serviu de insumo para um processo em 2008, após a criação da RESEX, com o desenvolvimento e a implementação de "Termos de Compromisso" com as comunidades locais do Rio Unini. Esses documentos representam uma série de acordos entre as seis comunidades que vivem ao longo do Rio Unini no Parque Nacional do Jaú e o Governo do Brasil. O objetivo desses acordos era regulamentar sua permanência no Parque e estabelecer um processo de cogestão com a população local e a administração do Parque. Como resultado, a participação da comunidade nos processos de tomada de decisão em ambas as unidades de conservação (Parque Nacional do Jaú e RESEX do Rio Unini) foi e é fundamental para o gerenciamento eficiente das duas áreas.

Em 1979, a área atualmente ocupada pelo Parque Nacional do Jaú foi proposta como Reserva Biológica, uma categoria de manejo restritiva à exploração de recursos naturais no Brasil. Em 1980, o Parque Nacional do Jaú foi criado e, desde então, tem o desafio de administrar o alto nível de conflito socioambiental na área.

A Fundação Vitória Amazônica (FVA), presente na área desde 1991, aplicou metodologias inovadoras e participativas de mapeamento do uso dos recursos naturais, que serviram de base para o desenvolvimento de seu zoneamento e Plano de Manejo, entre 1996 e 1998, dentro de um contrato de cogestão com o Governo Federal do Brasil. Anos depois, o Brasil criou o Sistema Nacional de Unidades de Conservação (SNUC) e desenvolveu ferramentas para a construção de processos participativos. Como resultado, a FVA, como instituição colaboradora técnica do Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA), prestou apoio às comunidades locais durante a criação da Reserva Extrativista do Rio Unini (RESEX), em um processo que durou até 2006, com a intenção de garantir o acesso aos recursos naturais e à posse da terra para as populações dos rios Jaú e Unini.

O Projeto de Ação Climática Noel Kempff Mercado (PAC-NKM) foi concebido em 1996, com a participação do Governo Nacional da Bolívia, da Fundação Amigos da Natureza (FAN), da The Nature Conservancy (TNC) e de três empresas estrangeiras do setor de energia. Seu objetivo era evitar ou mitigar a emissão de até 5,8 milhões de toneladas de CO2 durante 30 anos (1997-2026) em uma superfície de 600.000 hectares. Esse projeto foi posicionado como o primeiro projeto de sequestro de carbono com base em florestas no mundo e pretende ser replicado em outros países, pois permitiu certificar quase um milhão de toneladas de CO2 durante seus primeiros nove anos de implementação (1997-2005). Por se tratar de uma ação implementada de acordo com a Convenção-Quadro das Nações Unidas sobre Mudança do Clima (UNFCCC), foi criado um fundo fiduciário de US$ 2,5 milhões para contribuir com a sustentabilidade do Parque nos Programas de Proteção, Desenvolvimento Comunitário, Monitoramento e Verificação do Sequestro de Carbono e Financiamento de longo prazo. Apesar de ter sido projetado para funcionar até o ano de 2026, a execução do PAC-NKM foi interrompida em 2013 com a intenção de adaptá-lo à nova estrutura política da Bolívia, em conexão com o Mecanismo Conjunto da Mãe Terra.

A estrutura jurídica boliviana estabelece o direito legítimo de grupos de atores locais de decidir sobre a gestão de áreas protegidas e seus recursos naturais. Desde 1996, o Parque Nacional Noel Kempff Mercado desenvolveu um modelo de governança por meio da criação de um Comitê de Gestão que foi construído gradualmente e que hoje ajuda no planejamento, na tomada de decisões e no cumprimento das metas de gestão da área. Os atores do Comitê são membros do governo nacional, departamental e local, bem como membros do setor não governamental, com a participação da Friends of Nature Foundation (FAN) durante o período de cogestão do Parque (1995-2005). Também inclui representantes das sete comunidades indígenas e da União Indígena Boliviana de Bajo Paraguá. Além disso, desde 2013, duas outras instituições governamentais participam com apenas o direito de voto. Ambas são importantes na proteção da fronteira e no apoio ao desenvolvimento da área protegida e das comunidades vizinhas. Desde a criação do Comitê de Gestão, ele tem funcionado como um forte órgão de governo para a área protegida, sem interrupção em suas reuniões.