Die partizipative Erhaltung ist ein Grundsatz, auf dem die im PNCAZ angewandte Schutz- und Erhaltungsstrategie aufbaut. Dies ist notwendig, weil eine der Herausforderungen darin besteht, eine wirksame Kontrolle und Überwachung des Schutzgebiets mit nur 45 Parkwächtern auf 1,35 Millionen Hektar und einem Umkreis von fast 1.000 km zu gewährleisten. Diese Bedingungen erforderten eine partizipative Strategie mit der Einbeziehung kommunaler Parkwächter. Dies ermöglichte die Einbeziehung der Verteidigungsfronten der Bevölkerung, der Bauernrunden und sogar der lokalen Behörden selbst in die Kontroll- und Überwachungsstrategien im Rahmen des Masterplans des Parks. Sie alle haben sich verpflichtet, an der Erhaltung und dem Schutz des Parks mitzuwirken oder die Siedlungen der Bevölkerung zu definieren und zu planen, um ihr Vordringen und die Veränderung der Bodennutzung zu verhindern.

Die Verwaltung eines Schutzgebiets mit einer Fläche von über 1,35 Millionen Hektar und einem hohen Maß an menschlicher Aktivität in der Pufferzone (2,3 Millionen Hektar) erforderte die Entwicklung innovativer Verwaltungsinstrumente, die sich auf die soziale Beteiligung konzentrieren. Die CIMA setzt ein Interventionsmodell mit der Bezeichnung FOCAL um, das derzeit in anderen Schutzgebieten des Landes eingeführt wird. FOCAL umfasst Instrumente wie:

• Strengths and Uses Mapping (MUF): Es werden sozioökonomische Informationen aus den Gemeinden und Bevölkerungszentren, ihre Bedürfnisse und Wahrnehmungen über das Gebiet und die Nutzung der natürlichen Ressourcen gesammelt, um lokale Organisationen zu identifizieren, mit denen Allianzen zur Umsetzung von Schutzmaßnahmen gebildet werden müssen.
• Partizipative kommunale Zonierung (ZPC): Sie leitet den Entwicklungsprozess der ökologisch-ökonomischen Zonierung auf Gemeindeebene, um einen Konsens unter der Bevölkerung über die nachhaltige Nutzung des Gebiets und seiner natürlichen Ressourcen zu erreichen.
• Koexistenz-Regeln: Sie ermöglichen es, Vereinbarungen auf der Ebene des besiedelten Zentrums oder der Gemeinde zu treffen, Verhaltensregeln festzulegen und dem Planungsprozess und den daraus resultierenden Plänen für Lebensqualität Stabilität zu verleihen.

Obwohl der PNCA im Zeitraum 2008-2013 finanzielle Unterstützung erhielt, werden diese Quellen langfristig nicht als nachhaltig angesehen. Aus diesem Grund suchte die CIMA nach Mechanismen, um die finanzielle Nachhaltigkeit des Parks zu verbessern. Einer dieser Mechanismen war die Entwicklung des Cordillera Azul REDD+ Projekts. Im Rahmen dieses Projekts entwickelten die CIMA und das Field Museum of Chicago als strategischer Partner ein technisches Dokument, in dem nachgewiesen wurde, dass der PNCAZ die Emission von mehr als 1,6 Millionen Tonnen CO2 pro Jahr aus der Entwaldung und von fast 13 Millionen Tonnen CO2 im Zeitraum 2008-2015 vermieden hat. Dies führte dazu, dass es als REDD+-Megaprojekt angesehen wurde, das durch internationale Standards wie den Voluntary Carbon Standard (VCS) und die Climate, Community and Biodiversity Standards (CCB) validiert wurde. Diese Standards verliehen den freiwilligen Märkten Legitimität und Glaubwürdigkeit durch die nicht ausgestellten Zertifikate über die Reduzierung der Treibhausgasemissionen. Dank dieser Zertifikate konnte sich das Projekt bei Markit registrieren lassen, einem Instrument für die internationale Verwaltung globaler Kohlenstoffgutschriften, was wiederum die CIMA dazu veranlasste, an den Verhandlungen über Kohlenstoffgutschriften auf internationaler Ebene mitzuwirken.

Der rechtliche Rahmen für Schutzgebiete in Peru begünstigt ein Co-Management und einen partizipativen Ansatz und ermöglicht die Einrichtung von Managementverträgen zwischen der peruanischen Regierung und privaten gemeinnützigen Organisationen als wirksamen Mechanismus zur Unterstützung des Managements. In diesem Zusammenhang erhielt der Nationalpark Cordillera Azul (PNCA) seit seiner Gründung technische Unterstützung von der Nichtregierungsorganisation Center for Conservation, Research and Management of Natural Areas - Cordillera Azul (CIMA - Cordillera Azul). Jahre später, im Jahr 2008, unterzeichnete der Staat ein Abkommen mit CIMA über die gesamte Verwaltung des Parks für einen Zeitraum von 20 Jahren. In diesem Rahmen wurde ein Global Development Agreement (GDA) mit der United States Agency for International Development (USAID), der Moore Foundation, der MacArthur Foundation, dem Field Museum of Chicago und der CIMA unterzeichnet, um die Bemühungen um die Erhaltung des PNCAZ zu bündeln und für den Zeitraum 2008-2013 finanzielle Unterstützung zu erhalten. Auf diese Weise konnte eine langfristige Vision für das anpassungsfähige Management des Parks entwickelt, ein partizipatives Managementmodell eingeführt und eine größere finanzielle Nachhaltigkeit durch die Hebelwirkung von Mitteln für den PNCAZ erreicht werden.

Mit dem im Juli 2000 verabschiedeten Gesetz über das nationale Schutzgebietssystem wurde der Mosaikansatz für die Erhaltung eingeführt. Mosaike sind "eine Reihe von Schutzgebieten (UC) gleicher oder unterschiedlicher Kategorie, die nahe beieinander liegen, aneinander grenzen oder sich überschneiden, sowie andere öffentliche oder private Schutzgebiete", die entsprechend den Zielen der einzelnen UC auf integrierte Weise verwaltet werden.

Um der Herausforderung zu begegnen, sozio-ökologische Konflikte zu bewältigen und die menschlichen, finanziellen und materiellen Ressourcen zu optimieren, wurde 2010 das Bajo Río Negro Conservation Mosaic mit einer Gesamtfläche von 7.329.220 Hektar eingerichtet, das von 11 UC, darunter der Jaú National Park und das Unini RESEX, integriert wird. Bei der Umsetzung dieses Ansatzes werden Schutzprozesse für größere Gebiete priorisiert, was ein landschaftlich integriertes Management der Gebiete entlang der Flüsse Jaú und Unini im Norden und des Bajo Río Negro im Süden des Mosaiks ermöglicht. Durch die Betrachtung der Schutzgebiete als Teile einer größeren Einheit, die funktional und miteinander verbunden sind, war es notwendig, eine partizipatorische Methodik in die Gestaltung der Bewirtschaftungspläne einzubeziehen, die die Beteiligung zahlreicher Akteure an den Entscheidungsprozessen im Zusammenhang mit der Verwaltung des Gebiets und seiner natürlichen Ressourcen fördert.

Der Jaú-Nationalpark stellt eine der größten Ausdehnungen geschützter tropischer Regenwälder der Welt dar und schützt einen großen Teil des Aguas Negras-Flussbeckens. Aufgrund seiner Bedeutung wurde dieses Schutzgebiet vom Amazonas-Schutzgebiet-Programm (ARPA), einem 2002 von der brasilianischen Regierung ins Leben gerufenen und vom brasilianischen Biodiversitätsfonds (Funbio) verwalteten Programm, als vorrangig eingestuft.

Das ARPA-Programm wird von der Globalen Umweltfazilität (GEF), der deutschen Regierung, dem World Wildlife Fund (WWF), dem Amazonas-Fonds, der Nationalen Bank für wirtschaftliche und soziale Entwicklung (BNDES), der Moore-Stiftung und derzeit auch von privaten Unternehmen, die als Spender für das Programm auftreten, finanziell unterstützt. Das Programm ist auf 13 Jahre angelegt und zielt darauf ab, das brasilianische Nationale System der Schutzgebiete im Amazonasgebiet zu erweitern und zu stärken, indem 60 Millionen Hektar an Schutzgebieten im Amazonasbiom geschützt werden und die finanziellen Mittel für die Verwaltung dieser Gebiete kurz- und langfristig gesichert werden. Es wird in drei unabhängigen und kontinuierlichen Phasen umgesetzt: Phase I zwischen 2003 und 2010, Phase II zwischen 2010 und 2015 und Phase III mit einer Frist von 25 Jahren.

Im Zuge der Schaffung des Rohstoffreservats am Unini-Fluss (RESEX) und im Rahmen des Vertrags über die gemeinsame Verwaltung des Jaú-Nationalparks hat die FVA innovative und partizipative Kartierungsmethoden für die Nutzung natürlicher Ressourcen eingeführt und in einen Prozess zur Stärkung der organisatorischen und lokalen Kapazitäten für eine nachhaltige Nutzung der natürlichen Ressourcen investiert. Dazu gehört die Entwicklung und Umsetzung einer Methodik für die Nutzung natürlicher Ressourcen (SIMUR) im Unini-Fluss. Diese diente als Grundlage für einen Prozess im Jahr 2008, nach der Gründung des RESEX, mit der Entwicklung und Umsetzung von "Terms of Commitment" mit den lokalen Gemeinden des Unini-Flusses. Diese Dokumente stellen eine Reihe von Vereinbarungen zwischen den sechs Gemeinden entlang des Unini-Flusses im Jaú-Nationalpark und der brasilianischen Regierung dar. Ziel dieser Vereinbarungen war es, ihren Verbleib im Park zu regeln und einen Co-Management-Prozess mit der lokalen Bevölkerung und der Parkverwaltung zu etablieren. Infolgedessen war und ist die Beteiligung der Gemeinden an den Entscheidungsprozessen in beiden Schutzgebieten (Jaú-Nationalpark und Unini-Fluss-RESEX) von grundlegender Bedeutung für die effiziente Verwaltung beider Gebiete.

1979 wurde das Gebiet, in dem sich heute der Jaú-Nationalpark befindet, als biologisches Reservat vorgeschlagen, eine Verwaltungskategorie, die die Nutzung der natürlichen Ressourcen in Brasilien einschränkt. Im Jahr 1980 wurde der Jaú-Nationalpark gegründet und steht seitdem vor der Herausforderung, das hohe Maß an sozio-ökologischen Konflikten in diesem Gebiet zu bewältigen.

Die Stiftung Vitória Amazônica (FVA), die seit 1991 in dem Gebiet tätig ist, hat innovative und partizipatorische Kartierungsmethoden für die Nutzung der natürlichen Ressourcen angewandt, die zwischen 1996 und 1998 im Rahmen eines Co-Management-Vertrags mit der brasilianischen Bundesregierung die Grundlage für die Entwicklung des Zonierungs- und Managementplans bildeten. Jahre später schuf Brasilien das Nationale System der Schutzgebiete (SNUC) und entwickelte Instrumente für den Aufbau partizipativer Prozesse. Infolgedessen unterstützte die FVA als technische Partnerinstitution des brasilianischen Instituts für Umwelt und erneuerbare natürliche Ressourcen (IBAMA) die lokalen Gemeinschaften bei der Schaffung des Fördergebiets am Unini-Fluss (RESEX) in einem Prozess, der bis 2006 andauerte, um der Bevölkerung an den Flüssen Jaú und Unini den Zugang zu natürlichen Ressourcen und Landbesitz zu sichern.

Das Noel Kempff Mercado Climate Action Project (PAC-NKM) wurde 1996 unter Beteiligung der bolivianischen Regierung, der Stiftung Friends of Nature (FAN), der Nature Conservancy (TNC) und dreier ausländischer Unternehmen aus dem Energiesektor konzipiert. Ziel des Projekts war es, die Emission von bis zu 5,8 Millionen Tonnen CO2 über einen Zeitraum von 30 Jahren (1997-2026) auf einer Fläche von 600.000 Hektar zu vermeiden oder abzuschwächen. Dieses Projekt war weltweit das erste Projekt zur Kohlenstoffbindung durch Wälder und soll in anderen Ländern nachgeahmt werden, da in den ersten neun Jahren der Durchführung (1997-2005) fast eine Million Tonnen CO2 zertifiziert werden konnten. Da es sich um eine Maßnahme handelt, die im Einklang mit dem Rahmenübereinkommen der Vereinten Nationen über Klimaänderungen (UNFCCC) durchgeführt wird, wurde ein Treuhandfonds in Höhe von 2,5 Millionen Dollar eingerichtet, um die Nachhaltigkeit des Parks in den Bereichen Schutz, Entwicklung der Gemeinden, Überwachung und Überprüfung der Kohlenstoffbindung sowie langfristige Finanzierungsprogramme zu gewährleisten. Obwohl der PAC-NKM bis zum Jahr 2026 laufen sollte, wurde seine Umsetzung 2013 mit der Absicht gestoppt, ihn an den neuen politischen Rahmen Boliviens in Verbindung mit dem Gemeinsamen Mechanismus Mutter Erde anzupassen.

Der bolivianische Rechtsrahmen legt das legitime Recht von Gruppen lokaler Akteure fest, über die Verwaltung von Schutzgebieten und deren natürliche Ressourcen zu entscheiden. Seit 1996 hat der Nationalpark Noel Kempff Mercado mit der Einrichtung eines Verwaltungsausschusses ein Governance-Modell entwickelt, das schrittweise aufgebaut wurde und heute bei der Planung, Entscheidungsfindung und Erreichung der Verwaltungsziele für das Gebiet hilft. Die Akteure des Komitees sind Mitglieder der nationalen, departementalen und lokalen Regierung sowie Mitglieder des Nichtregierungssektors, wobei die Stiftung Friends of Nature (FAN) während der Zeit der gemeinsamen Verwaltung des Parks (1995-2005) beteiligt war. Dem Gremium gehören auch Vertreter der sieben indigenen Gemeinden und der bolivianischen Indigenenvereinigung von Bajo Paraguá an. Darüber hinaus nehmen seit 2013 zwei weitere staatliche Institutionen nur mit Stimmrecht teil. Beide sind wichtig für den Grenzschutz und die Förderung der Entwicklung des Schutzgebiets und der angrenzenden Gemeinden. Seit der Gründung des Verwaltungsausschusses hat dieser als starkes Führungsgremium für das Schutzgebiet gearbeitet, ohne dass seine Sitzungen unterbrochen wurden.