Katılımcı koruma, PNCAZ'da uygulanan koruma ve muhafaza stratejisinin başladığı bir ilkedir. Bu gereklidir çünkü karşılaşılan zorluklardan biri, 1.35 milyon hektarlık bir alanı ve yaklaşık 1,000 km'lik bir çevreyi kapsayan sadece 45 park korucusu ile korunan alanın etkili bir şekilde kontrol ve gözetimini sağlamaktır. Bu koşullar, ortak park korucularının dahil edildiği katılımcı bir strateji gerektirmiştir. Bu durum, Parkın Ana Planı çerçevesinde halkın savunma cephelerinin, köylü gruplarının ve hatta yerel yetkililerin kontrol ve gözetim stratejilerine dahil edilmesini sağladı. Bunların hepsi parkın korunması ve muhafazasına yardımcı olma ya da ilerlemelerini ve arazi kullanım değişikliğini önlemek için nüfusun yerleşim yerlerini tanımlama ve planlama taahhüdü altına girmiştir.

Tampon bölgesinde (2,3 milyon hektar) yüksek düzeyde insan faaliyeti bulunan 1,35 milyon hektardan fazla bir korunan alanın yönetilmesi, toplumsal katılıma odaklanan yenilikçi yönetim araçlarının oluşturulmasını gerektirmiştir. CIMA, şu anda ülkedeki diğer korunan alanlara dahil edilmekte olan FOCAL olarak bilinen bir Müdahale Modeli uygulamaktadır. FOCAL aşağıdaki gibi araçlar içermektedir:

• Güçlü Yönler ve Kullanımlar Haritalaması (MUF): Topluluklardan ve nüfus merkezlerinden sosyo-ekonomik bilgileri, alan ve doğal kaynakların kullanımına ilişkin ihtiyaç ve algılarını toplar ve koruma eylemlerinin uygulanması için ittifak kurulması gereken yerel kuruluşları belirler.
• Katılımcı Komünal Bölgeleme (ZPC): Bölgenin ve doğal kaynaklarının sürdürülebilir kullanımı konusunda halk arasında fikir birliği sağlamak için topluluk düzeyinde ekolojik-ekonomik bölgeleme geliştirme sürecine rehberlik eder.
• Bir arada yaşama kuralları: Nüfus merkezi veya topluluk düzeyinde anlaşmalara varılmasını sağlar, davranış kurallarını tanımlar ve planlama sürecine ve bunun sonucunda oluşturulan Yaşam Kalitesi Planlarına istikrar sağlar.

PNCA 2008-2013 döneminde mali destek almış olsa da, bu kaynakların uzun vadede sürdürülebilir olmadığı düşünülmektedir. Bu nedenle CIMA, Park'ın finansal sürdürülebilirliğini iyileştirecek mekanizmalar arayışına girmiştir. Bunlardan biri de Cordillera Azul REDD+ Projesi'ni tasarlamak olmuştur. Bu projenin bir parçası olarak, CIMA ve stratejik bir ortak olarak Chicago Field Müzesi, PNCAZ'ın ormansızlaşmadan kaynaklanan yılda 1,6 milyon tondan fazla CO2 ve 2008-2015 döneminde neredeyse 13 milyon ton CO2 emisyonunu nasıl önlediğini doğrulamak için teknik bir belge geliştirdi. Bu da Gönüllü Karbon Standardı (VCS) ve İklim, Toplum ve Biyoçeşitlilik Standartları (CCB) gibi uluslararası standartlar tarafından onaylanan bir REDD+ mega projesi olarak kabul edilmesini sağladı. Bu standartlar, verilmeyen sera gazı emisyon azaltım sertifikaları aracılığıyla gönüllü piyasalara meşruiyet ve güvenilirlik kazandırmıştır. Bu sertifikalar sayesinde proje, küresel karbon kredilerini uluslararası düzeyde yönetmek için bir araç olan Markit'e kaydolmayı başardı ve bu da CIMA'nın uluslararası arenada karbon kredileri müzakere süreçleri üzerinde çalışmasına yol açtı.

Peru'da korunan alanlara ilişkin yasal çerçeve, ortak yönetim ve katılımcı yaklaşımı desteklemekte ve yönetimi desteklemek için etkili bir mekanizma olarak Peru Hükümeti ile kar amacı gütmeyen özel kuruluşlar arasında Yönetim sözleşmelerinin oluşturulmasına olanak sağlamaktadır. Bu bağlamda, Cordillera Azul Ulusal Parkı (PNCA) kuruluşundan bu yana Doğal Alanları Koruma, Araştırma ve Yönetim Merkezi - Cordillera Azul (CIMA - Cordillera Azul) adlı STK'dan teknik destek almıştır. Yıllar sonra, 2008 yılında Devlet, Park'ın faaliyetlerinin 20 yıllık bir süre için tamamen yönetilmesi için CIMA ile bir anlaşma imzaladı. Bu çerçevede, Amerika Birleşik Devletleri Uluslararası Kalkınma Ajansı (USAID), Moore Vakfı, MacArthur Vakfı, Chicago Field Müzesi ve CIMA ile PNCAZ'ın korunmasına yönelik çabaları birleştirmek ve 2008-2013 döneminde mali destek sağlamak amacıyla bir Küresel Kalkınma Anlaşması (GDA) imzalandı. Bu sayede Park'ın uyarlanabilir yönetimi için uzun vadeli bir vizyon oluşturulmuş, katılımcı bir yönetim modeli uygulanmış ve PNCAZ için fonların kaldıraç etkisi yoluyla daha fazla mali sürdürülebilirlik elde edilmiştir.

Temmuz 2000'de yürürlüğe giren Ulusal Korunan Alanlar Sistemi Yasası, Koruma Mozaiği Yaklaşımını oluşturmuştur. Mozaikler, her bir UC'nin hedeflerine göre entegre bir şekilde yönetilen "yakın, bitişik veya örtüşen eşit veya farklı kategorideki Koruma Birimleri (UC) ve diğer kamu veya özel koruma alanları" kümesidir.

Sosyo-çevresel çatışmaları yönetme ve insan, mali ve maddi kaynakları optimize etme zorluğunun üstesinden gelmek için, 2010 yılında toplam 7.329.220 hektarlık bir alana sahip olan ve aralarında Jaú Milli Parkı ve Unini RESEX'in de bulunduğu 11 UC tarafından entegre edilen Bajo Río Negro Koruma Mozaiği kurulmuştur. Bu yaklaşımın uygulanması, daha büyük alanların koruma süreçlerine öncelik vermekte, bu da kuzeyde Jaú ve Unini nehirleri ile mozaiğin güneyinde Bajo Río Negro boyunca uzanan alanların peyzajla entegre yönetimine olanak sağlamaktadır. Korunan alanları daha büyük bir birimin parçaları gibi, işlevsel ve birbirine bağlı olarak görerek, yönetim planlarının tasarımına, bölgenin ve doğal kaynaklarının yönetimiyle ilgili karar alma sürecine birden fazla aktörün katılımını teşvik eden katılımcı bir metodolojinin dahil edilmesi gerekmiştir.

Jaú Milli Parkı, Aguas Negras nehir havzasının büyük bir bölümünü koruyarak, dünyada koruma altındaki tropik yağmur ormanlarının en büyük uzantılarından birini temsil etmektedir. Önemi nedeniyle bu korunan alan, 2002 yılında Brezilya Hükümeti tarafından oluşturulan ve Brezilya Biyoçeşitlilik Fonu (Funbio) tarafından yönetilen bir program olan Amazon Bölgesi Korunan Alanlar Programı (ARPA) tarafından önceliklendirilmiştir.

ARPA programı, Küresel Çevre Fonu (GEF), Alman Hükümeti, Dünya Yaban Hayatı Fonu (WWF), Ekonomik ve Sosyal Kalkınma Ulusal Bankası (BNDES) aracılığıyla Amazon Fonu, Moore Vakfı ve şu anda programa bağışçı olarak hareket eden özel şirketlerin mali desteğine sahiptir. Program 13 yıl sürecek şekilde tasarlanmıştır ve Amazon biyomunda 60 milyon hektarlık koruma biriminin korunması ve bu alanların kısa ve uzun vadede yönetimi için mali kaynak sağlanması yoluyla Amazon'daki Brezilya Ulusal Koruma Alanları Sisteminin genişletilmesi ve güçlendirilmesi amaçlanmaktadır. Birbirinden bağımsız ve sürekli üç aşamada uygulanmaktadır: 2003 ve 2010 yılları arasında I. Aşama, 2010 ve 2015 yılları arasında II. Aşama ve 25 yıllık bir süreyi kapsayan III. Aşama.

Unini Nehri Ekstraktif Rezervi (RESEX) oluşturma süreci ve Jaú Milli Parkı'nın ortak yönetimine ilişkin sözleşme çerçevesinde FVA, doğal kaynakların kullanımına yönelik yenilikçi ve katılımcı haritalama metodolojileri uygulamış ve doğal kaynakların sürdürülebilir kullanımı için kurumsal ve yerel kapasitenin güçlendirilmesi sürecine yatırım yapmıştır. Bunlar arasında Unini Nehri'nde doğal kaynakların kullanımına yönelik bir metodolojinin (SIMUR) geliştirilmesi ve uygulanması da yer almaktadır. Bu, 2008 yılında RESEX'in kurulmasından sonra Unini Nehri'ndeki yerel topluluklarla "Taahhüt Şartları "nın geliştirilmesi ve uygulanması sürecine girdi teşkil etmiştir. Bu belgeler, Jaú Milli Parkı'ndaki Unini Nehri boyunca yaşayan altı topluluk ile Brezilya Hükümeti arasında yapılan bir dizi anlaşmayı temsil etmektedir. Bu anlaşmaların amacı, Park'taki kalıcılıklarını düzenlemek ve yerel halk ve Park yönetimi ile bir ortak yönetim süreci oluşturmaktı. Sonuç olarak, her iki koruma birimindeki (Jaú Ulusal Parkı ve Unini Nehri RESEX) karar alma süreçlerine topluluk katılımı, her iki alanın da etkin yönetimi için temel teşkil etmiştir ve etmektedir.

1979 yılında, şu anda Jaú Ulusal Parkı tarafından işgal edilen alan, Brezilya'da doğal kaynakların sömürülmesine yönelik kısıtlayıcı bir yönetim kategorisi olan Biyolojik Rezerv olarak önerildi. 1980 yılında Jaú Milli Parkı kuruldu ve o tarihten bu yana bölgedeki yüksek düzeydeki sosyo-çevresel çatışmayı yönetmek gibi zorlu bir görev üstlendi.

Bölgede 1991 yılından beri faaliyet gösteren Vitória Amazônica Vakfı (FVA), 1996 ve 1998 yılları arasında Brezilya Federal Hükümeti ile yaptığı ortak yönetim sözleşmesi kapsamında, doğal kaynakların kullanımına yönelik yenilikçi ve katılımcı haritalama metodolojileri uygulamış ve bu metodolojiler imar ve Yönetim Planının geliştirilmesinde temel teşkil etmiştir. Yıllar sonra Brezilya, Ulusal Koruma Birimleri Sistemini (SNUC) oluşturdu ve katılımcı süreçler oluşturmak için araçlar geliştirdi. Sonuç olarak FVA, Brezilya Çevre ve Yenilenebilir Doğal Kaynaklar Enstitüsü'nün (IBAMA) teknik işbirliği kurumu olarak, Jaú ve Unini nehirlerindeki nüfusun doğal kaynaklara erişimini ve arazi kullanım hakkını garanti altına almak amacıyla 2006 yılına kadar süren bir süreçte Unini Nehri Ekstraktif Rezervi'nin (RESEX) oluşturulması sırasında yerel topluluklara destek sağlamıştır.

Noel Kempff Mercado İklim Eylemi Projesi (PAC-NKM) 1996 yılında Bolivya Ulusal Hükümeti, Doğa Dostları Vakfı (FAN), Doğa Koruma Derneği (TNC) ve enerji sektöründen üç yabancı şirketin katılımıyla tasarlanmıştır. Amacı, 600.000 hektarlık bir alanda 30 yıl boyunca (1997-2026) 5,8 milyon ton CO2 salınımını önlemek veya azaltmaktı. Bu proje dünyadaki ilk orman temelli karbon tutma projesi olarak konumlandırılmış ve ilk dokuz yıllık uygulama döneminde (1997-2005) yaklaşık bir milyon ton CO2'nin sertifikalandırılmasını sağladığı için diğer ülkelerde de tekrarlanması istenmiştir. Birleşmiş Milletler İklim Değişikliği Çerçeve Sözleşmesi'ne (UNFCCC) uygun olarak yürütülen bir eylem olması nedeniyle, Koruma, Toplum Kalkınması, Karbon Tutulumunun İzlenmesi ve Doğrulanması ve uzun vadeli Finansman Programlarında Park'ın sürdürülebilirliğine katkıda bulunmak üzere 2,5 milyon dolarlık bir güven fonu oluşturulmuştur. PAC-NKM'nin yürütülmesi, 2026 yılına kadar devam edecek şekilde tasarlanmasına rağmen, Toprak Ana Ortak Mekanizması ile bağlantılı olarak Bolivya'nın yeni siyasi çerçevesine uyarlanması amacıyla 2013 yılında durdurulmuştur.

Bolivya yasal çerçevesi, yerel aktör gruplarının korunan alanların yönetimi ve doğal kaynakları hakkında karar verme konusundaki meşru haklarını ortaya koymaktadır. Noel Kempff Mercado Milli Parkı, 1996 yılından bu yana, kademeli olarak inşa edilen ve günümüzde planlama, karar alma ve alan için yönetim hedeflerine ulaşılmasına yardımcı olan bir Yönetim Komitesi'nin oluşturulması yoluyla bir yönetişim modeli geliştirmiştir. Komitenin aktörleri ulusal, departman ve yerel hükümet üyelerinin yanı sıra sivil toplum sektörü üyeleri ve Parkın ortak yönetim döneminde (1995-2005) Doğa Dostları Vakfı'nın (FAN) katılımıyla oluşturulmuştur. Ayrıca yedi yerli topluluğun ve Bajo Paraguá Bolivya Yerli Birliği'nin temsilcilerini de içermektedir. Bunun yanı sıra 2013 yılından bu yana iki devlet kurumu daha sadece oy hakkı ile katılmaktadır. Her ikisi de sınırların korunması ve korunan alan ile komşu toplulukların gelişiminin desteklenmesi açısından önemlidir. Yönetim Komitesi kurulduğundan bu yana, toplantılarında kesinti olmaksızın korunan alan için güçlü bir yönetim organı olarak çalışmıştır.