参加型保護は、PNCAZで適用されている保護・保全戦略の原則である。これは、135万ヘクタールをカバーし、周囲約1,000キロメートルの保護区を、わずか45人のパークレンジャーで効果的に管理・監視することが課題のひとつであるため、必要なことである。これによって、公園のマスタープランの枠組みの中で、住民の防衛戦線、農民のラウンド、さらには自治体そのものを管理・監視戦略に組み込むことができた。これらすべてが、公園の保全と保護を支援し、住民の進入と土地利用の変化を防ぐために、住民の居住地を定義し、計画することを約束するようになった。

135万ヘクタールを超える保護区を管理し、その緩衝地帯（230万ヘクタール）では人間の活動が活発であるため、社会参加に焦点を当てた革新的な管理ツールの開発が必要だった。CIMAは、FOCALとして知られる介入モデルを実施しており、これは現在、国内の他の保護区にも取り入れられている。FOCALには次のようなツールがある：

• 強みと用途のマッピング（MUF）：コミュニティや人口の中心地からの社会経済的情報、地域や自然資源の利用に対するニーズや認識を収集し、保護活動を実施するために提携が必要な地元組織を特定する。
• 参加型共同体ゾーニング（ZPC）：地域と自然資源の持続可能な利用に関する住民のコンセンサスを得るため、地域レベルでの生態学的・経済学的ゾーニングの開発プロセスを指導する。
• 共存ルール：住民の中心地やコミュニティレベルでの合意形成を可能にし、行動規範を定め、計画プロセスやその結果作成される生活の質計画に安定性を与える。

2008年から2013年の間、PNCAは財政的な支援を受けていたが、これらの財源は長期的に持続可能とは考えられていない。そのためCIMAは、公園の財政的持続可能性を改善するためのメカニズムを模索し、そのひとつがコルディジェラ・アズールREDD+プロジェクトの設計であった。そのプロジェクトの一環として、CIMAとフィールド・ミュージアム・オブ・シカゴは、戦略的パートナーとして、PNCAZがいかにして森林破壊による年間160万トン以上のCO2排出を回避したか、2008年から2015年の間にほぼ1300万トンのCO2排出を回避したかを検証する技術文書を作成した。このため、ボランタリーカーボン・スタンダード（VCS）や気候・コミュニティ・生物多様性スタンダード（CCB）などの国際基準によって検証され、REDD+メガプロジェクトとみなされるようになった。これらの基準は、発行されない温室効果ガス排出削減証明書を通じて、ボランタリー市場に正当性と信頼性を与えた。これらの証明書のおかげで、プロジェクトは世界の炭素クレジットを国際的に管理するツールであるMarkitへの登録を得ることができ、その結果、CIMAは国際的な場での炭素クレジット交渉プロセスに取り組むことになった。

ペルーの保護区に関する法的枠組みは、共同管理と参加型アプローチを支持しており、管理を支援する効果的な仕組みとして、ペルー政府と民間非営利団体との間で管理契約を結ぶことを可能にしている。このような背景から、コルディリェラ・アズール国立公園（PNCA）はその創設以来、NGOの自然地域保全・研究・管理センター（CIMA - Cordillera Azul）から技術支援を受けてきた。数年後の2008年、国はCIMAと20年間にわたる公園の運営を全面的に管理する契約を結んだ。この枠組みの下で、米国国際開発庁（USAID）、ムーア財団、マッカーサー財団、フィールド・ミュージアム・オブ・シカゴ、CIMAと、PNCAZの保全に向けた努力を結集し、2008年から2013年の間、財政支援を受けるための世界開発協定（GDA）が結ばれた。これにより、公園の順応的管理のための長期的なビジョンを確立し、参加型管理モデルを導入し、PNCAZのための資金を活用することで、より大きな財政的持続可能性を達成することができた。

2000年7月に制定された国家保護地域法は、保護モザイク・アプローチを確立した。モザイクとは、「近接、隣接、重複する、同等または異なるカテゴリーの保護区（UC）と、その他の公的または私的な保護区の集合」のことで、各UCの目標に従って統合的に管理される。

社会と環境の対立を管理し、人的、財政的、物質的資源を最適化するという課題に対処するため、2010年にバホ・リオ・ネグロ保全モザイクが設立され、総面積は7,329,220ヘクタールで、ジャウ国立公園とウニニRESEXを含む11のUCによって統合されている。このアプローチの実施により、より広い地域の保護プロセスが優先され、モザイクの北にあるジャウ川とウニニ川、南にあるバホ・リオ・ネグロ川沿いの地域の景観統合管理が可能になった。保護区を機能的で相互に結びついた大きな単位の一部とみなすことで、管理計画の設計に参加型の手法を取り入れることが必要となり、地域とその自然資源の管理に関する意思決定プロセスに複数のアクターの参加を促した。

ジャウ国立公園は、アグアス・ネグラス川流域の大部分を保護する、世界最大級の熱帯雨林保護区である。2002年にブラジル政府が創設し、ブラジル生物多様性基金（Funbio）が管理するアマゾン地域保護地域プログラム（ARPA）によって、この保護地域は優先的に保護された。

ARPAプログラムには、地球環境ファシリティー（GEF）、ドイツ政府、世界自然保護基金（WWF）、経済社会開発国立銀行（BNDES）を通じたアマゾン基金、ムーア財団、そして現在は民間企業が資金提供者として参加している。このプログラムは13年間の予定で、アマゾンのバイオームにおける6,000万ヘクタールの保護区の保護を通じて、ブラジルのアマゾンの国立保護区システムを拡大・強化し、短期的・長期的にこれらの保護区を管理するための財源を確保することを目的としている。この計画は、3つの独立した継続フェーズで実施される：2003年から2010年までの第1段階、2010年から2015年までの第2段階、そして25年を期限とする第3段階である。

ウニニ川抽出保護区（RESEX）創設のプロセスを通じて、またジャウ国立公園の共同管理契約の枠組みのもとで、FVAは天然資源利用のための革新的で参加型のマッピング方法論を実施し、天然資源の持続可能な利用のための組織的・地域的能力強化のプロセスに投資してきた。その中には、ウニニ川における自然資源利用のための方法論（SIMUR）の開発と実施も含まれる。これは、RESEX設立後の2008年、ウニニ川の地元コミュニティとの「約束条項」の策定と実施というプロセスのインプットとなった。これらの文書は、ジャウ国立公園内のウニニ川沿いに住む6つのコミュニティとブラジル政府との間で結ばれた一連の協定である。これらの協定の目的は、公園内での彼らの永続性を規制し、地域住民と公園管理者との共同管理プロセスを確立することであった。その結果、両保護区（ジャウ国立公園とウニニ川RESEX）の意思決定プロセスへの住民参加が、両区域の効率的な管理の基本となっている。

1979年、現在ジャウ国立公園が占める地域は、ブラジルの天然資源開発に制限的な管理区分である生物保護区として提案された。1980年、ジャウ国立公園が設立され、以来、同地域における社会環境紛争の管理という課題に取り組んでいる。

1991年からこの地域に進出しているビトリア・アマゾニカ財団（FVA）は、1996年から1998年にかけて、ブラジル連邦政府との共同管理契約のもと、自然資源利用のための革新的な参加型マッピング手法を適用し、ゾーニングと管理計画を策定した。その数年後、ブラジルは国立保護区システム（SNUC）を創設し、参加型プロセスを構築するためのツールを開発した。その結果、FVAはブラジル環境・再生可能天然資源研究所（IBAMA）の技術協力機関として、ジャウ川とウニニ川の住民に天然資源へのアクセスと土地の保有権を保証することを目的に、2006年まで続いたウニニ川採掘保護区（RESEX）の創設過程で地元コミュニティに支援を提供した。

ノエル・ケンプ・メルカド気候変動対策プロジェクト（PAC-NKM）は、ボリビア政府、フレンズ・オブ・ネイチャー財団（FAN）、ネイチャー・コンサーバンシー（TNC）、エネルギー部門の外資系企業3社の参加を得て、1996年に計画された。その目標は、60万ヘクタールの土地において、30年間（1997年〜2026年）で最大580万トンのCO2排出を回避または緩和することであった。このプロジェクトは、最初の9年間（1997年〜2005年）で100万トン近いCO2を認証したことから、世界初の森林を利用した炭素隔離プロジェクトと位置づけられ、他国での再現が求められている。これは国連気候変動枠組条約（UNFCCC）に従って実施される活動であるため、公園の保護、地域開発、炭素貯留のモニタリングと検証、長期資金調達プログラムにおいて、公園の持続可能性に貢献するために250万ドルの信託基金が設立された。PAC-NKMは、2026年まで実施される予定であったが、2013年、ボリビアの新しい政治的枠組みに適合させるため、母なる大地共同メカニズムとの関連で中止された。

ボリビアの法的枠組みは、保護区の管理とその天然資源について決定する、地元の関係者グループの正当な権利を定めている。1996年以降、ノエル・ケンプ・メルカド国立公園は、徐々に設立された管理委員会を通じてガバナンス・モデルを構築し、現在では地域の計画、意思決定、管理目標の達成に役立っている。委員会の構成員は、国、県、地方自治体、非政府セクターのメンバーで、公園の共同管理期間中（1995年～2005年）は、自然友の会（FAN）も参加していた。また、7つの先住民コミュニティとバホ・パラグア先住民連合の代表も参加している。これに加えて、2013年からはさらに2つの政府機関が投票権のみで参加している。この2つの機関は、国境保護と、保護区とその近隣コミュニティの開発支援において重要な役割を担っている。管理委員会の設立以来、会議は中断することなく、保護区の強力な統治機関として機能している。