Participatief behoud is een principe waarmee de beschermings- en behoudsstrategie die wordt toegepast in de PNCAZ begint. Dit is nodig omdat een van de uitdagingen is om een effectieve controle en bewaking van het beschermde gebied te garanderen met slechts 45 parkwachters die 1,35 miljoen hectare en een omtrek van bijna 1000 km bestrijken. Deze omstandigheden vereisten een participatieve strategie met de integratie van gemeentelijke parkwachters. Hierdoor konden de fronten van de verdediging van de bevolking, boerenrondes en zelfs de lokale autoriteiten zelf worden betrokken bij de controle- en bewakingsstrategieën in het kader van het Masterplan van het park. Ze hebben allemaal de verplichting op zich genomen om te helpen bij het behoud en de bescherming van het park, of om de nederzettingen van de bevolking te definiëren en te plannen om te voorkomen dat ze oprukken en het landgebruik verandert.

Het beheer van een beschermd gebied van meer dan 1,35 miljoen hectare met een hoge mate van menselijke activiteit in de bufferzone (2,3 miljoen hectare) vereiste de ontwikkeling van innovatieve beheerinstrumenten, gericht op sociale participatie. CIMA implementeert een interventiemodel dat bekend staat als FOCAL en dat momenteel wordt toegepast in andere beschermde gebieden in het land. FOCAL omvat instrumenten zoals:

• Sterke punten en Gebruiken in kaart brengen (MUF): Het verzamelt sociaaleconomische informatie van de gemeenschappen en bevolkingscentra, hun behoeften en percepties over het gebied en het gebruik van natuurlijke hulpbronnen, om lokale organisaties te identificeren waarmee allianties moeten worden gecreëerd om beschermingsacties uit te voeren.
• Participatieve gemeentelijke zonering (ZPC): Dit begeleidt het ontwikkelingsproces van ecologisch-economische zonering op gemeenschapsniveau om consensus te bereiken onder de bevolking over het duurzame gebruik van het gebied en de natuurlijke hulpbronnen.
• Coëxistentieregels: Deze maken het mogelijk om overeenkomsten te bereiken op het niveau van het bevolkte centrum of de gemeenschap, definiëren gedragscodes en bieden stabiliteit aan het planningsproces en de plannen voor levenskwaliteit die als gevolg daarvan worden gemaakt.

Hoewel het PNCA in de periode 2008-2013 financiële steun kreeg, worden deze bronnen op lange termijn niet als duurzaam beschouwd. Daarom zocht CIMA naar mechanismen om de financiële duurzaamheid van het park te verbeteren. Eén daarvan was het ontwerpen van het Cordillera Azul REDD+ project. Als onderdeel van dat project ontwikkelden CIMA en The Field Museum of Chicago, als strategische partner, een technisch document om te verifiëren hoe het PNCAZ de uitstoot van meer dan 1,6 miljoen ton CO2 per jaar door ontbossing heeft voorkomen, en bijna 13 miljoen ton CO2 in de periode 2008-2015. Hierdoor werd het beschouwd als een REDD+ megaproject, gevalideerd door internationale standaarden zoals de Voluntary Carbon Standard (VCS) en de Climate, Community, and Biodiversity Standards (CCB). Deze standaarden gaven legitimiteit en geloofwaardigheid aan vrijwillige markten door certificaten van broeikasgasemissiereductie die niet werden uitgegeven. Dankzij deze certificaten kon het project zich laten registreren bij Markit, een instrument voor het internationale beheer van wereldwijde koolstofkredieten, wat er op zijn beurt toe leidde dat CIMA zich ging bezighouden met onderhandelingsprocessen over koolstofkredieten in de internationale arena.

Het wettelijke kader voor beschermde gebieden in Peru is voorstander van een co-management en participatieve aanpak en maakt het mogelijk om beheercontracten op te stellen tussen de Peruaanse overheid en particuliere non-profitorganisaties, als een effectief mechanisme om het beheer te ondersteunen. In deze context heeft het Cordillera Azul National Park (PNCA) sinds zijn oprichting technische ondersteuning gekregen van de NGO Center for Conservation, Research and Management of Natural Areas - Cordillera Azul (CIMA - Cordillera Azul). Jaren later, in 2008, tekende de staat een overeenkomst met CIMA voor het volledige beheer van de activiteiten van het park voor een periode van 20 jaar. In dit kader werd een Global Development Agreement (GDA) ondertekend met het United States Agency for International Development (USAID), de Moore Foundation, de MacArthur Foundation, het Field Museum of Chicago en CIMA, om de inspanningen voor het behoud van het PNCAZ te bundelen en financiële steun te krijgen in de periode 2008-2013. Dit maakte het mogelijk om een langetermijnvisie voor het adaptieve beheer van het park vast te stellen, een participatief beheermodel te implementeren en een grotere financiële duurzaamheid te bereiken door het hefboomeffect van fondsen voor de PNCAZ.

De National System of Protected Areas Act, aangenomen in juli 2000, stelde de Conservation Mosaic Approach in. Mozaïeken zijn een "set van Conservation Units (UC) van gelijke of verschillende categorie die dicht bij elkaar liggen, aan elkaar grenzen of elkaar overlappen, en andere publieke of private beschermde gebieden" die op een geïntegreerde manier beheerd worden, in overeenstemming met de doelen van elke UC.

Om de uitdaging van het beheren van sociaal-milieuconflicten en het optimaliseren van menselijke, financiële en materiële hulpbronnen aan te gaan, werd in 2010 het Behoudsmozaïek Bajo Río Negro opgericht, met een totale oppervlakte van 7.329.220 hectare, en geïntegreerd door 11 UC, waaronder het Jaú National Park en de Unini RESEX. De implementatie van deze benadering geeft prioriteit aan behoudsprocessen voor grotere gebieden, waardoor een geïntegreerd beheer van het landschap mogelijk is voor gebieden langs de Jaú en Unini rivieren in het noorden en de Bajo Río Negro in het zuiden van het mozaïek. Door de beschermde gebieden te zien als delen van een grotere eenheid, functioneel en onderling verbonden, was het noodzakelijk om een participatieve methodologie op te nemen in het ontwerp van beheerplannen, die de deelname van meerdere actoren aanmoedigde in het besluitvormingsproces met betrekking tot het beheer van het gebied en de natuurlijke hulpbronnen.

Het Jaú National Park is een van de grootste beschermde tropische regenwouden ter wereld en beschermt een groot deel van het stroomgebied van de Aguas Negras rivier. Vanwege het belang van dit beschermde gebied kreeg het prioriteit in het ARPA-programma (Amazon Region Protected Areas Program), een programma dat in 2002 werd opgezet door de Braziliaanse regering en wordt beheerd door het Braziliaanse Biodiversiteitsfonds (Funbio).

Het ARPA-programma wordt financieel gesteund door het Global Environment Facility (GEF), de Duitse regering, het Wereld Natuur Fonds (WWF), het Amazonefonds, via de Nationale Bank voor Economische en Sociale Ontwikkeling (BNDES), de Moore Foundation en momenteel particuliere bedrijven die als donoren voor het programma optreden. Het programma heeft een geplande looptijd van 13 jaar en is gericht op het uitbreiden en versterken van het Braziliaanse nationale systeem van beschermde gebieden in het Amazonegebied, door de bescherming van 60 miljoen hectare aan behoudseenheden in het Amazone-bioom en het waarborgen van financiële middelen voor het beheer van deze gebieden op de korte en lange termijn. Het wordt geïmplementeerd in drie onafhankelijke en doorlopende fasen: Fase I tussen 2003 en 2010, Fase II tussen 2010 en 2015, en Fase III met een deadline van 25 jaar.

In het kader van de oprichting van het extractiereservaat van de rivier de Unini (RESEX) en in het kader van het contract voor het gezamenlijk beheer van het Jaú National Park, heeft de FVA innovatieve en participatieve methodologieën geïmplementeerd voor het in kaart brengen van het gebruik van natuurlijke hulpbronnen en geïnvesteerd in een proces van organisatorische en lokale capaciteitsversterking voor duurzaam gebruik van natuurlijke hulpbronnen. Een daarvan is de ontwikkeling en implementatie van een methodologie voor het gebruik van natuurlijke hulpbronnen (SIMUR) in de Unini rivier. Dit diende als input voor een proces in 2008, na de oprichting van de RESEX, met de ontwikkeling en implementatie van "Terms of Commitment" met de lokale gemeenschappen van de Unini-rivier. Deze documenten vertegenwoordigen een reeks overeenkomsten tussen de zes gemeenschappen die langs de Unini-rivier in het Jaú National Park leven en de regering van Brazilië. Het doel van deze overeenkomsten was om hun permanentie in het park te regelen en om een gezamenlijk beheerproces met de lokale bevolking en de parkadministratie op te zetten. Als gevolg hiervan was en is de deelname van de gemeenschap in de besluitvormingsprocessen in beide natuurbehoudseenheden (Jaú National Park en Unini River RESEX) van fundamenteel belang voor het efficiënte beheer van beide gebieden.

In 1979 werd het gebied waar nu het Jaú National Park ligt voorgesteld als Biologisch Reservaat, een beheerscategorie die restrictief is ten opzichte van de exploitatie van natuurlijke hulpbronnen in Brazilië. In 1980 werd het Jaú National Park opgericht en sindsdien staat het voor de uitdaging om het hoge niveau van sociaal-milieuconflicten in het gebied te beheersen.

De Vitória Amazônica Foundation (FVA), die sinds 1991 in het gebied aanwezig is, heeft innovatieve en participatieve karteringsmethoden voor het gebruik van natuurlijke hulpbronnen toegepast, die de basis vormden voor de ontwikkeling van het bestemmingsplan en het beheerplan, tussen 1996 en 1998, in het kader van een contract voor gezamenlijk beheer met de Federale Regering van Brazilië. Jaren later creëerde Brazilië het Nationale Systeem van Behoudseenheden (SNUC) en ontwikkelde het hulpmiddelen voor het opbouwen van participatieve processen. Als gevolg hiervan verleende de FVA, als technisch samenwerkingsinstituut van het Braziliaanse Instituut voor Milieu en Hernieuwbare Natuurlijke Hulpbronnen (IBAMA), steun aan lokale gemeenschappen tijdens de oprichting van het extractiereservaat van de Unini-rivier (RESEX), in een proces dat duurde tot 2006, met de bedoeling om de toegang tot natuurlijke hulpbronnen en landbezit te garanderen voor de bevolkingsgroepen in de Jaú- en Unini-rivieren.

Het Noel Kempff Mercado Climate Action Project (PAC-NKM) werd in 1996 ontworpen met de deelname van de nationale regering van Bolivia, de Friends of Nature Foundation (FAN), de Nature Conservancy (TNC) en drie buitenlandse bedrijven uit de energiesector. Het doel was om over een periode van 30 jaar (1997-2026) de uitstoot van 5,8 miljoen ton CO2 op een oppervlakte van 600.000 hectare te voorkomen of te verminderen. Dit project werd gepositioneerd als het eerste bosgebaseerde koolstofvastleggingsproject ter wereld en er wordt naar gestreefd om het in andere landen te herhalen, aangezien het tijdens de eerste negen jaar van uitvoering (1997-2005) bijna een miljoen ton CO2 kon certificeren. Aangezien dit een actie is die wordt uitgevoerd in overeenstemming met het Raamverdrag van de Verenigde Naties inzake Klimaatverandering (UNFCCC), werd een trustfonds van 2,5 miljoen dollar opgericht om bij te dragen aan de duurzaamheid van het Park in de programma's Bescherming, Ontwikkeling van de Gemeenschap, Monitoring en Verificatie van Koolstofsekwestratie en Financiering op lange termijn. Ondanks het feit dat het PAC-NKM ontworpen was om te werken tot het jaar 2026, werd de uitvoering ervan in 2013 stopgezet met de bedoeling het aan te passen aan het nieuwe politieke kader van Bolivia, in samenhang met het Mother Earth Joint Mechanism.

Het Boliviaanse wettelijke kader legt het legitieme recht vast van groepen lokale actoren om te beslissen over het beheer van beschermde gebieden en hun natuurlijke hulpbronnen. Sinds 1996 heeft het Nationaal Park Noel Kempff Mercado een bestuursmodel ontwikkeld door de oprichting van een Beheerscomité dat geleidelijk is opgebouwd en dat tegenwoordig helpt bij de planning, besluitvorming en het bereiken van beheerdoelen voor het gebied. De actoren van het comité zijn leden van de nationale, departementale en lokale overheid en leden van de niet-gouvernementele sector, met deelname van de Stichting Natuurvrienden (FAN) tijdens de periode van gezamenlijk beheer van het park (1995-2005). Het omvat ook vertegenwoordigers van de zeven inheemse gemeenschappen en de Boliviaanse Inheemse Unie van Bajo Paraguá. Daarnaast nemen sinds 2013 nog twee overheidsinstellingen deel met alleen stemrecht. Beide zijn belangrijk voor de bescherming van de grenzen en voor de ondersteuning van de ontwikkeling van het beschermde gebied en de aangrenzende gemeenschappen. Sinds de oprichting van het Management Committee heeft het gewerkt als een sterk bestuursorgaan voor het beschermde gebied, zonder onderbrekingen in de vergaderingen.