La conservazione partecipativa è il principio da cui parte la strategia di protezione e conservazione applicata nel PNCAZ. Ciò è necessario perché una delle sfide è quella di garantire un controllo e una sorveglianza efficaci dell'area protetta con solo 45 guardaparco che coprono 1,35 milioni di ettari e un perimetro di quasi 1.000 km. Queste condizioni hanno richiesto una strategia partecipativa con l'incorporazione di guardaparco comunali. Questo ha permesso di includere i fronti di difesa delle popolazioni, i turni dei contadini e persino le stesse autorità locali, nelle strategie di controllo e sorveglianza, nel quadro del Master Plan del Parco. Tutti hanno acquisito l'impegno di contribuire alla conservazione e alla protezione del parco, o di definire e pianificare gli insediamenti delle popolazioni per impedirne l'avanzata e il cambio di destinazione d'uso del territorio.

La gestione di un'area protetta di oltre 1,35 milioni di ettari con un alto livello di attività umana nella sua zona cuscinetto (2,3 milioni di ettari), ha richiesto la creazione di strumenti di gestione innovativi, incentrati sulla partecipazione sociale. Il CIMA attua un modello di intervento noto come FOCAL, che attualmente viene incorporato in altre aree protette del Paese. Il FOCAL comprende strumenti quali:

• Mappatura dei punti di forza e degli usi (MUF): Raccoglie informazioni socio-economiche dalle comunità e dai centri abitati, i loro bisogni e le loro percezioni sull'area e sull'uso delle risorse naturali, per identificare le organizzazioni locali con cui è necessario creare alleanze per implementare le azioni di conservazione.
• Zonizzazione partecipativa comunale (ZPC): Guida il processo di sviluppo della zonizzazione ecologico-economica a livello comunitario per ottenere il consenso della popolazione sull'uso sostenibile del territorio e delle sue risorse naturali.
• Regole di coesistenza: Consentono di raggiungere accordi a livello di centro abitato o di comunità, definiscono codici di comportamento e danno stabilità al processo di pianificazione e ai Piani di Qualità della Vita che ne derivano.

Sebbene il PNCA abbia avuto un sostegno finanziario nel periodo 2008-2013, queste fonti non sono considerate sostenibili a lungo termine. Per questo motivo, il CIMA ha cercato meccanismi per migliorare la sostenibilità finanziaria del Parco, uno dei quali è stato l'ideazione del Progetto Cordillera Azul REDD+. Nell'ambito di tale progetto, il CIMA e il Field Museum di Chicago, in qualità di partner strategico, hanno sviluppato un documento tecnico per verificare come il PNCAZ abbia evitato l'emissione di oltre 1,6 milioni di tonnellate di CO2 all'anno dalla deforestazione, e quasi 13 milioni di tonnellate di CO2 nel periodo 2008-2015. Questo l'ha portato a essere considerato un megaprogetto REDD+, convalidato da standard internazionali come il Voluntary Carbon Standard (VCS) e il Climate, Community, and Biodiversity Standards (CCB). Questi standard hanno conferito legittimità e credibilità ai mercati volontari attraverso i certificati di riduzione delle emissioni di gas serra non emessi. Grazie a questi certificati, il progetto ha potuto ottenere la registrazione in Markit, uno strumento per la gestione dei crediti di carbonio globali a livello internazionale, che a sua volta ha portato il CIMA a lavorare sui processi di negoziazione dei crediti di carbonio in ambito internazionale.

Il quadro giuridico delle aree protette in Perù favorisce la cogestione e l'approccio partecipativo e consente la stipula di contratti di gestione tra il governo peruviano e organizzazioni private senza scopo di lucro, come efficace meccanismo di sostegno alla gestione. In questo contesto, fin dalla sua creazione, il Parco Nazionale Cordillera Azul (PNCA) ha avuto il supporto tecnico dell'ONG Centro per la Conservazione, la Ricerca e la Gestione delle Aree Naturali - Cordillera Azul (CIMA - Cordillera Azul). Anni dopo, nel 2008, lo Stato ha firmato un accordo con il CIMA per la gestione totale delle operazioni del Parco per un periodo di 20 anni. In questo contesto, è stato firmato un Accordo di Sviluppo Globale (GDA) con l'Agenzia degli Stati Uniti per lo Sviluppo Internazionale (USAID), la Fondazione Moore, la Fondazione MacArthur, il Field Museum di Chicago e il CIMA, per unire gli sforzi verso la conservazione del PNCAZ e avere un sostegno finanziario nel periodo 2008-2013. Questo ha permesso di stabilire una visione a lungo termine per la gestione adattiva del Parco, di implementare un modello di gestione partecipativa e di raggiungere una maggiore sostenibilità finanziaria attraverso la leva dei fondi per il PNCAZ.

La Legge sul Sistema Nazionale delle Aree Protette, promulgata nel luglio del 2000, ha istituito l'Approccio del Mosaico di Conservazione. I mosaici sono un "insieme di Unità di Conservazione (UC) di categoria uguale o diversa, vicine, adiacenti o sovrapposte, e altre aree protette pubbliche o private" che vengono gestite in modo integrato, in base agli obiettivi di ciascuna UC.

Per affrontare la sfida della gestione dei conflitti socio-ambientali e dell'ottimizzazione delle risorse umane, finanziarie e materiali, nel 2010 è stato istituito il Mosaico di Conservazione del Bajo Río Negro, con una superficie totale di 7.329.220 ettari, integrato da 11 UC, tra cui il Parco Nazionale Jaú e l'Unini RESEX. L'attuazione di questo approccio dà priorità ai processi di conservazione di aree più ampie, consentendo una gestione integrata del paesaggio delle aree lungo i fiumi Jaú e Unini a nord e il Bajo Río Negro a sud del mosaico. Considerando le aree protette come parti di un'unità più ampia, funzionale e interconnessa, è stato necessario includere una metodologia partecipativa nella progettazione dei piani di gestione, che incoraggiasse la partecipazione di più attori nel processo decisionale relativo all'amministrazione del territorio e delle sue risorse naturali.

Il Parco Nazionale Jaú rappresenta una delle più grandi estensioni di foreste pluviali tropicali protette al mondo, proteggendo una grande estensione del bacino del fiume Aguas Negras. Per la sua importanza, quest'area protetta è stata considerata prioritaria dal Programma delle Aree Protette della Regione Amazzonica (ARPA), un programma creato nel 2002 dal governo brasiliano e gestito dal Fondo Brasiliano per la Biodiversità (Funbio).

Il programma ARPA è sostenuto finanziariamente dal Global Environment Facility (GEF), dal governo tedesco, dal World Wildlife Fund (WWF), dal Fondo per l'Amazzonia, attraverso la Banca Nazionale per lo Sviluppo Economico e Sociale (BNDES), dalla Fondazione Moore e, attualmente, da aziende private che agiscono come donatori del programma. Il programma, della durata di 13 anni, mira a espandere e rafforzare il Sistema Nazionale Brasiliano di Aree Protette in Amazzonia, attraverso la protezione di 60 milioni di ettari di unità di conservazione nel bioma amazzonico, e a garantire risorse finanziarie per la gestione di queste aree nel breve e nel lungo periodo. È attuato in tre fasi indipendenti e continue: Fase I tra il 2003 e il 2010, Fase II tra il 2010 e il 2015 e Fase III con una scadenza di 25 anni.

Attraverso il processo di creazione della Riserva Estrattiva del Fiume Unini (RESEX) e nell'ambito del contratto di cogestione del Parco Nazionale Jaú, la FVA ha implementato metodologie di mappatura innovative e partecipative per l'uso delle risorse naturali e ha investito in un processo di rafforzamento delle capacità organizzative e locali per l'uso sostenibile delle risorse naturali. Tra questi, lo sviluppo e l'implementazione di una metodologia per l'uso delle risorse naturali (SIMUR) nel fiume Unini. Questo è servito come input per un processo che nel 2008, dopo la creazione del RESEX, ha visto lo sviluppo e l'implementazione di "Termini di impegno" con le comunità locali del fiume Unini. Questi documenti rappresentano una serie di accordi tra le sei comunità che vivono lungo il fiume Unini nel Parco nazionale di Jaú e il governo brasiliano. L'obiettivo di questi accordi era quello di regolare la loro permanenza nel Parco e di stabilire un processo di cogestione con la popolazione locale e l'amministrazione del Parco. Di conseguenza, la partecipazione delle comunità ai processi decisionali in entrambe le unità di conservazione (Parco nazionale di Jaú e fiume Unini RESEX) è stata ed è fondamentale per una gestione efficiente di entrambe le aree.

Nel 1979, l'area attualmente occupata dal Parco Nazionale di Jaú è stata proposta come Riserva Biologica, una categoria di gestione restrittiva nei confronti dello sfruttamento delle risorse naturali in Brasile. Nel 1980 è stato creato il Parco nazionale di Jaú, che da allora ha il compito di gestire l'elevato livello di conflitto socio-ambientale dell'area.

La Fondazione Vitória Amazônica (FVA), presente nell'area dal 1991, ha applicato metodologie di mappatura innovative e partecipative per l'utilizzo delle risorse naturali, che sono state la base per lo sviluppo della sua zonizzazione e del Piano di gestione, tra il 1996 e il 1998, nell'ambito di un contratto di cogestione con il Governo federale del Brasile. Anni dopo, il Brasile ha creato il Sistema nazionale di unità di conservazione (SNUC) e ha sviluppato strumenti per la costruzione di processi partecipativi. Di conseguenza, la FVA, in qualità di istituzione tecnica collaboratrice dell'Istituto brasiliano per l'ambiente e le risorse naturali rinnovabili (IBAMA), ha fornito supporto alle comunità locali durante la creazione della Riserva estrattiva del fiume Unini (RESEX), in un processo durato fino al 2006, con l'intento di garantire l'accesso alle risorse naturali e alla proprietà terriera alle popolazioni dei fiumi Jaú e Unini.

Il Progetto di Azione per il Clima Noel Kempff Mercado (PAC-NKM) è stato ideato nel 1996, con la partecipazione del Governo Nazionale della Bolivia, della Fondazione Amici della Natura (FAN), della Nature Conservancy (TNC) e di tre società straniere del settore energetico. L'obiettivo era quello di evitare o mitigare l'emissione di 5,8 milioni di tonnellate di CO2 in 30 anni (1997-2026) su una superficie di 600.000 ettari. Questo progetto è stato posizionato come il primo progetto di sequestro del carbonio basato sulle foreste al mondo e si cerca di replicarlo in altri Paesi, poiché ha permesso di certificare quasi un milione di tonnellate di CO2 durante i primi nove anni di attuazione (1997-2005). Trattandosi di un'azione attuata in conformità con la Convenzione Quadro delle Nazioni Unite sui Cambiamenti Climatici (UNFCCC), è stato istituito un fondo fiduciario di 2,5 milioni di dollari per contribuire alla sostenibilità del Parco nei programmi di protezione, sviluppo comunitario, monitoraggio e verifica del sequestro di carbonio e finanziamento a lungo termine. Nonostante sia stato progettato per funzionare fino al 2026, l'esecuzione del PAC-NKM è stata interrotta nel 2013 con l'intenzione di adattarlo al nuovo quadro politico della Bolivia, in relazione al Meccanismo Congiunto Madre Terra.

Il quadro giuridico boliviano stabilisce il diritto legittimo di gruppi di attori locali di decidere sulla gestione delle aree protette e delle loro risorse naturali. Dal 1996, il Parco Nazionale Noel Kempff Mercado ha sviluppato un modello di governance attraverso la creazione di un Comitato di Gestione che è stato costruito gradualmente e che oggi aiuta nella pianificazione, nel processo decisionale e nel raggiungimento degli obiettivi di gestione dell'area. Gli attori del Comitato sono membri del governo nazionale, dipartimentale e locale, nonché membri del settore non governativo, con la partecipazione della Fondazione Amici della Natura (FAN) durante il periodo di cogestione del Parco (1995-2005). Il comitato comprende anche i rappresentanti delle sette comunità indigene e dell'Unione indigena boliviana del Bajo Paraguá. Inoltre, dal 2013 partecipano altre due istituzioni governative con il solo diritto di voto. Entrambe sono importanti per la protezione dei confini e per il sostegno allo sviluppo dell'area protetta e delle comunità limitrofe. Dalla creazione del Comitato di gestione, esso ha lavorato come un forte organo di governo dell'area protetta, senza interruzioni nelle sue riunioni.