Konservasi partisipatif merupakan prinsip yang menjadi dasar dari strategi perlindungan dan konservasi yang diterapkan di PNCAZ. Hal ini diperlukan karena salah satu tantangannya adalah memastikan kontrol dan pengawasan yang efektif terhadap kawasan lindung dengan hanya 45 penjaga taman yang mencakup 1,35 juta hektar dan perimeter hampir 1.000 km. Kondisi ini menuntut strategi partisipatif dengan penggabungan penjaga taman komunal. Hal ini memungkinkan masuknya garis depan pertahanan penduduk, kelompok petani, dan bahkan pemerintah lokal sendiri, dalam strategi pengendalian dan pengawasan, dalam kerangka Rencana Induk Taman Nasional. Semuanya telah memperoleh komitmen untuk membantu konservasi dan perlindungan taman, atau untuk menentukan dan merencanakan pemukiman penduduk untuk mencegah kemajuan mereka, dan perubahan tata guna lahan.

Mengelola kawasan lindung seluas lebih dari 1,35 juta hektar dengan tingkat aktivitas manusia yang tinggi di zona penyangga (2,3 juta hektar), membutuhkan alat manajemen yang inovatif, yang berfokus pada partisipasi sosial. CIMA mengimplementasikan Model Intervensi yang dikenal sebagai FOCAL, yang saat ini sedang diterapkan di kawasan lindung lainnya di Indonesia. FOCAL mencakup alat-alat seperti:

• Pemetaan Kekuatan dan Kegunaan (MUF): Alat ini mengumpulkan informasi sosial-ekonomi dari masyarakat dan pusat-pusat populasi, kebutuhan dan persepsi mereka tentang kawasan dan penggunaan sumber daya alam, untuk mengidentifikasi organisasi-organisasi lokal yang perlu diajak beraliansi untuk melaksanakan tindakan pelestarian.
• Zonasi Komunal Partisipatif (ZPC): Zonasi ini memandu proses pengembangan zonasi ekologi-ekonomi di tingkat masyarakat untuk mencapai konsensus di antara penduduk mengenai penggunaan wilayah dan sumber daya alamnya secara berkelanjutan.
• Aturan hidup berdampingan: Aturan ini memungkinkan tercapainya kesepakatan di tingkat pusat populasi atau komunitas, menentukan kode perilaku dan memberikan stabilitas pada proses perencanaan dan Rencana Kualitas Hidup yang dibuat sebagai hasilnya.

Meskipun PNCA memiliki dukungan finansial selama periode 2008-2013, sumber-sumber ini tidak dianggap berkelanjutan dalam jangka panjang. Oleh karena itu, CIMA mencari mekanisme untuk meningkatkan keberlanjutan keuangan Taman Nasional, salah satunya dengan merancang Proyek REDD+ Cordillera Azul. Sebagai bagian dari proyek tersebut, CIMA dan The Field Museum of Chicago, sebagai mitra strategis, mengembangkan dokumen teknis untuk memverifikasi bagaimana PNCAZ telah menghindari emisi lebih dari 1,6 juta ton CO2 per tahun dari deforestasi, dan hampir 13 juta ton CO2 selama periode 2008-2015. Hal ini membuatnya dianggap sebagai megaproyek REDD+, yang divalidasi oleh standar internasional seperti Standar Karbon Sukarela (VCS), dan Standar Iklim, Masyarakat, dan Keanekaragaman Hayati (CCB). Standar-standar ini memberikan legitimasi dan kredibilitas pada pasar sukarela melalui sertifikat pengurangan emisi gas rumah kaca yang tidak diterbitkan. Berkat sertifikat-sertifikat ini, proyek ini dapat memperoleh registrasi di Markit, sebuah alat untuk mengelola kredit karbon global secara internasional, yang pada gilirannya membuat CIMA dapat bekerja dalam proses negosiasi kredit karbon di arena internasional.

Kerangka hukum untuk kawasan lindung di Peru mendukung pendekatan pengelolaan bersama dan partisipatif, dan memungkinkan pembentukan kontrak Pengelolaan antara Pemerintah Peru dan organisasi nirlaba swasta, sebagai mekanisme yang efektif untuk mendukung pengelolaan. Dalam konteks ini, sejak didirikan, Taman Nasional Cordillera Azul (PNCA) telah mendapatkan dukungan teknis dari LSM Pusat Konservasi, Penelitian dan Pengelolaan Kawasan Alam - Cordillera Azul (CIMA - Cordillera Azul). Beberapa tahun kemudian, pada tahun 2008, Negara menandatangani perjanjian dengan CIMA untuk administrasi total operasi Taman Nasional untuk jangka waktu 20 tahun. Di bawah kerangka kerja ini, Perjanjian Pembangunan Global (GDA) ditandatangani dengan Badan Pembangunan Internasional Amerika Serikat (USAID), Yayasan Moore, Yayasan MacArthur, Museum Lapangan Chicago dan CIMA, untuk menggabungkan upaya-upaya konservasi PNCAZ dan untuk mendapatkan dukungan keuangan selama periode 2008-2013. Hal ini memungkinkan untuk membangun visi jangka panjang untuk pengelolaan Taman Nasional yang adaptif, menerapkan model pengelolaan partisipatif, dan mencapai keberlanjutan keuangan yang lebih besar melalui pemanfaatan dana untuk PNCAZ.

Undang-Undang Sistem Nasional Kawasan Lindung, yang disahkan pada bulan Juli 2000, menetapkan Pendekatan Mosaik Konservasi. Mosaik adalah "sekumpulan Unit Konservasi (UC) dengan kategori yang sama atau berbeda yang berdekatan, bersebelahan atau tumpang tindih, dan kawasan lindung publik atau privat lainnya" yang dikelola secara terpadu, sesuai dengan tujuan masing-masing UC.

Untuk menjawab tantangan dalam mengelola konflik sosial-lingkungan dan mengoptimalkan sumber daya manusia, keuangan, dan material, Mosaik Konservasi Bajo Río Negro didirikan pada tahun 2010, dengan total luas 7.329.220 hektar, dan diintegrasikan oleh 11 UC, di antaranya adalah Taman Nasional Jaú dan Unini RESEX. Implementasi pendekatan ini memprioritaskan proses konservasi untuk wilayah yang lebih luas, yang memungkinkan pengelolaan lanskap terpadu di sepanjang sungai Jaú dan Unini di sebelah utara, dan Bajo Río Negro di sebelah selatan mosaik. Dengan memandang kawasan lindung sebagai bagian dari unit yang lebih besar, fungsional dan saling berhubungan, maka perlu untuk memasukkan metodologi partisipatif dalam desain rencana pengelolaan, yang mendorong partisipasi berbagai aktor dalam proses pengambilan keputusan terkait administrasi wilayah dan sumber daya alamnya.

Taman Nasional Jaú merupakan salah satu perluasan hutan hujan tropis yang dilindungi yang terbesar di dunia, yang melindungi sebagian besar daerah aliran sungai Aguas Negras. Karena keistimewaannya, kawasan lindung ini diprioritaskan oleh Program Kawasan Lindung Wilayah Amazon (ARPA), sebuah program yang dibuat pada tahun 2002 oleh Pemerintah Brasil dan dikelola oleh Dana Keanekaragaman Hayati Brasil (Funbio).

Program ARPA mendapat dukungan dana dari Global Environment Facility (GEF), Pemerintah Jerman, World Wildlife Fund (WWF), Amazon Fund, melalui Bank Nasional untuk Pembangunan Ekonomi dan Sosial (BNDES), Moore Foundation, dan saat ini, perusahaan-perusahaan swasta yang menjadi donor program tersebut. Program ini dirancang untuk berlangsung selama 13 tahun, dan bertujuan untuk memperluas dan memperkuat Sistem Nasional Kawasan Lindung Brasil di Amazon, melalui perlindungan 60 juta hektar unit konservasi di bioma Amazon, dan memastikan sumber daya keuangan untuk pengelolaan kawasan tersebut dalam jangka pendek dan jangka panjang. Program ini diimplementasikan dalam tiga fase yang independen dan berkesinambungan: Fase I antara tahun 2003 dan 2010, Fase II antara tahun 2010 dan 2015, dan Fase III dengan tenggat waktu 25 tahun.

Melalui proses pembentukan Cagar Alam Ekstraktif Sungai Unini (RESEX), dan di bawah kerangka kerja kontrak untuk pengelolaan bersama Taman Nasional Jaú, FVA menerapkan metodologi pemetaan yang inovatif dan partisipatif untuk pemanfaatan sumber daya alam, dan telah berinvestasi dalam proses penguatan kapasitas organisasi dan lokal untuk pemanfaatan sumber daya alam yang berkelanjutan. Salah satunya adalah pengembangan dan implementasi metodologi pemanfaatan sumber daya alam (SIMUR) di Sungai Unini. Hal ini menjadi masukan bagi proses pada tahun 2008, setelah pembentukan RESEX, dengan pengembangan dan implementasi "Kerangka Komitmen" dengan masyarakat lokal di Sungai Unini. Dokumen-dokumen ini mewakili serangkaian kesepakatan antara enam komunitas yang tinggal di sepanjang Sungai Unini di Taman Nasional Jaú dan Pemerintah Brasil. Tujuan dari kesepakatan-kesepakatan ini adalah untuk mengatur keberadaan mereka secara permanen di dalam Taman Nasional dan untuk membangun proses pengelolaan bersama dengan penduduk lokal dan administrasi Taman Nasional. Sebagai hasilnya, partisipasi masyarakat dalam proses pengambilan keputusan di kedua unit konservasi (Taman Nasional Jaú dan RESEX Sungai Unini) merupakan hal yang sangat penting dalam pengelolaan yang efisien di kedua kawasan tersebut.

Pada tahun 1979, area yang saat ini ditempati oleh Taman Nasional Jaú diusulkan sebagai Cagar Biologis, sebuah kategori pengelolaan yang membatasi eksploitasi sumber daya alam di Brasil. Pada tahun 1980, Taman Nasional Jaú didirikan, dan sejak saat itu memiliki tantangan untuk mengelola konflik sosial-lingkungan yang tinggi di daerah tersebut.

Yayasan Vitória Amazônica (FVA), yang hadir di kawasan ini sejak tahun 1991, telah menerapkan metodologi pemetaan yang inovatif dan partisipatif dalam pemanfaatan sumber daya alam, yang menjadi dasar pengembangan zonasi dan Rencana Pengelolaan, antara tahun 1996 dan 1998, di bawah kontrak kerja sama dengan Pemerintah Federal Brasil. Beberapa tahun kemudian, Brasil membentuk Sistem Nasional Unit Konservasi (SNUC) dan mengembangkan alat untuk membangun proses partisipatif. Sebagai hasilnya, FVA, sebagai lembaga yang berkolaborasi secara teknis dengan Institut Lingkungan Hidup dan Sumber Daya Alam Terbarukan Brasil (IBAMA) memberikan dukungan kepada masyarakat setempat selama pembentukan Cagar Alam Ekstraktif Sungai Unini (RESEX), dalam sebuah proses yang berlangsung hingga tahun 2006, dengan tujuan untuk menjamin akses terhadap sumber daya alam dan kepemilikan lahan bagi masyarakat di sungai Jaú dan Unini.

Proyek Aksi Iklim Noel Kempff Mercado (PAC-NKM) dirancang pada tahun 1996, dengan partisipasi Pemerintah Nasional Bolivia, Friends of Nature Foundation (FAN), The Nature Conservancy (TNC), dan tiga perusahaan asing dari sektor energi. Tujuannya adalah untuk menghindari atau mengurangi emisi hingga 5,8 juta ton CO2 selama 30 tahun (1997-2026) di atas lahan seluas 600.000 hektar. Proyek ini diposisikan sebagai proyek penyerapan karbon berbasis hutan pertama di dunia dan diupayakan untuk direplikasi di negara-negara lain, karena proyek ini mampu mengesahkan hampir satu juta ton CO2 selama sembilan tahun pertama implementasinya (1997-2005). Karena ini adalah tindakan yang dilaksanakan sesuai dengan Konvensi Kerangka Kerja PBB tentang Perubahan Iklim (UNFCCC), dana perwalian sebesar 2,5 juta dolar dibentuk untuk berkontribusi pada keberlanjutan Taman Nasional dalam Perlindungan, Pengembangan Masyarakat, Pemantauan dan Verifikasi Penyerapan Karbon, dan Program Pendanaan jangka panjang. Meskipun dirancang untuk bekerja hingga tahun 2026, pelaksanaan PAC-NKM dihentikan pada tahun 2013 dengan tujuan untuk menyesuaikannya dengan kerangka kerja politik baru Bolivia, sehubungan dengan Mekanisme Bersama Ibu Pertiwi.

Kerangka hukum Bolivia menetapkan hak yang sah bagi kelompok-kelompok aktor lokal untuk memutuskan pengelolaan kawasan lindung dan sumber daya alamnya. Sejak tahun 1996, Taman Nasional Noel Kempff Mercado mengembangkan model tata kelola melalui pembentukan Komite Manajemen yang dibangun secara bertahap dan saat ini membantu dalam perencanaan, pengambilan keputusan, dan pencapaian tujuan pengelolaan kawasan. Para anggota Komite terdiri dari anggota pemerintah pusat, departemen, dan pemerintah daerah serta anggota sektor non-pemerintah, dengan partisipasi Friends of Nature Foundation (FAN) selama periode pengelolaan bersama Taman Nasional (1995-2005). Ini juga mencakup perwakilan dari tujuh komunitas adat dan Persatuan Masyarakat Adat Bajo Paraguay di Bolivia. Selain itu, sejak tahun 2013, dua lembaga pemerintah lainnya juga ikut serta dengan hanya memiliki hak suara. Keduanya berperan penting dalam perlindungan perbatasan dan dalam mendukung pengembangan kawasan lindung dan masyarakat di sekitarnya. Sejak dibentuknya Komite Manajemen, komite ini telah bekerja sebagai badan pengelola yang kuat untuk kawasan lindung, tanpa gangguan dalam pertemuan-pertemuannya.