La structure de gestion et de gouvernance partagée du bien et de sa zone tampon (BB1) se reflète également dans la subdivision des rôles et des responsabilités ainsi que dans la constitution d'organes décisionnels, techniques et consultatifs spécialisés. Outre le Bureau du site de l'UNESCO et le Secrétaire technique (BB3), les autres acteurs clés de la gouvernance sont les suivants :

• Le Comité de coordination est l'organe de direction et de supervision chargé d'assurer la gestion efficace du site et le respect des engagements pris dans le cadre de l'accord, en dirigeant les activités de gestion et celles du groupe de travail.
• La Communauté des communes de la zone tampon a pour mission de coordonner les objectifs, les problèmes et les activités relatifs à la zone tampon, qui remplit une fonction de protection supplémentaire et indirecte des valeurs du site.
• Le groupe de travail technico-administratif est chargé de la mise en œuvre du plan de gestion et des activités conjointes dont les propositions doivent être approuvées par le comité de coordination.
• Le Comité consultatif travaille aux côtés du Comité de coordination avec des fonctions consultatives concernant les programmes de sensibilisation, les lignes directrices du plan général, les projets spécifiques, le suivi de la mise en œuvre de l'accord et le rapport périodique.

Le protocole de mise en œuvre de l'accord de programme stipule que les coûts financiers annuels du bureau du site de l'UNESCO et du secrétaire technique doivent être supportés par toutes les parties prenantes institutionnelles signataires de l'accord dans des mesures proportionnelles à leurs capacités financières. Cela permet une stratégie financière durable basée sur des contributions partagées pour le fonctionnement et l'entretien de deux éléments clés de la structure de gouvernance et de gestion du site : le Bureau du site de l'UNESCO et le Secrétaire technique. Le budget annuel - prévu pour être d'environ € 66.000,00/an - est couvert par la contribution de onze institutions (Région Ligurie, Parc National des Cinque Terre, Parc Naturel Régional de Porto Venere, Municipalités de Porto Venere, Levanto (volontairement retiré en 2019), Monterosso al Mare, Pignone, Riomaggiore, La Spezia, Vernazza, Beverino, Riccò del Golfo). Le ministère du patrimoine et des activités culturelles et du tourisme ne contribue pas directement au budget annuel, mais il offre un soutien technique supplémentaire par l'intermédiaire de ses experts techniques et scientifiques.

L'accord de programme définit et décrit les rôles et les responsabilités des acteurs institutionnels impliqués dans la gestion du site. Cet accord est complété par un protocole de mise en œuvre, signé le 3 août 2018, qui décrit les éléments clés de l'accord de programme pour la création d'un Bureau de site de l'UNESCO soutenu par un secrétaire technique (dirigé par la région Ligurie pour 2 ans) composé de personnel technique et administratif. Le plan de mise en œuvre identifie le Bureau du site de l'UNESCO comme le responsable technique et administratif du bien du patrimoine mondial de Porto Venere, des Cinque Terre et des îles. Le Bureau a pour rôle central d'assurer le soutien et la coordination opérationnelle du groupe de travail technico-administratif permanent, de soutenir la mise en œuvre des actions territoriales et le suivi du plan de gestion, et agit comme point focal avec le Centre du patrimoine mondial, le ministère italien et le bureau national de l'UNESCO. Le secrétaire coordonne toutes les activités des comités directeurs et des groupes de travail existants (BB4).

Le Bureau du site de l'UNESCO se consacre également à l'amélioration des services fournis aux utilisateurs du site, conformément aux lignes directrices de l'UNESCO, afin d'apporter une réponse efficace aux nouveaux besoins du territoire.

La structure de gouvernance a été officiellement établie par la signature d'un accord de programme par tous les acteurs institutionnels qui opèrent à divers titres pour la gestion et la conservation du site et de sa zone tampon : la Région Ligurie, le Ministère italien des Biens et Activités Culturels et du Tourisme, le Parc National des Cinque Terre, la Municipalité de Porto Venere - Parc Naturel Régional de Porto Venere, et les Municipalités de Levanto (retiré en 2019 du bureau de l'UNESCO), Monterosso al Mare, Pignone, Riomaggiore, La Spezia, Vernazza, Beverino, Riccò del Golfo.

L'accord définit le rôle des parties prenantes et établit la structure suivante (BB4) :

• Comité de coordination veillant à la mise en place d'une gestion efficace
• Communauté des municipalités de la zone tampon coordonnant les objectifs, les problèmes et les activités relatifs à la zone tampon
• Groupe de travail technico-administratif chargé de la mise en œuvre du plan de gestion
• Secrétaire technique soutenant les comités et les groupes de travail
• Comité de consultation (rôle consultatif)
• Le bureau du site de l'UNESCO, qui agit en tant que gestionnaire du site et mène des activités conjointes de promotion du site et assure le bon fonctionnement du conseil technico-administratif.

La sauvegarde des valeurs du paysage culturel de Budj Bim - en particulier dans le contexte des changements climatiques - repose sur les connaissances traditionnelles des Gunditjmara et sur un cadre de gestion adaptative visant à permettre un apprentissage et une adaptation continus en évaluant en permanence le succès des mesures prises pour atteindre les objectifs de gestion et en permettant d'ajuster les mesures de gestion à l'avenir afin d'atteindre au mieux les objectifs de gestion. La gestion adaptative vise à intégrer des composantes spécifiques de la gestion afin de fournir un cadre qui vérifie systématiquement les hypothèses, favorise l'apprentissage et l'amélioration continue, et fournit des informations opportunes pour soutenir les décisions de gestion. Elle comprend l'utilisation du suivi, de l'évaluation, de l'établissement de rapports et de l'amélioration pour renforcer les connaissances de Gunditjmara, mettre en œuvre une approche d'évaluation des risques, stocker et gérer les informations, et utiliser la technologie pour faciliter les activités de gestion des terres.

Enfin, ce cadre vise à renforcer et à encourager les liens entre un environnement sain et une société saine, qui sont mis en évidence dans le principe de Gunditjmara Ngootyoong Gunditj, Ngootyoong Mara (pays sain, peuple sain), qui est étroitement aligné sur celui de Parks Victoria (parcs sains, peuple sain).

La protection coutumière et législative du paysage culturel de Budj Bim est rendue possible et mise en œuvre par un système de gouvernance bien établi. Au niveau local, les organes de gouvernance, de décision et d'administration qui supervisent et coopèrent à la protection et à la gestion du lieu sont le Conseil de Budj Bim, la Corporation autochtone des propriétaires traditionnels de Gunditj Mirring (GMTOAC) et la Corporation autochtone de Winda-Mara.

• Le conseil de Budj Bim est composé de représentants des propriétaires traditionnels de Gunditjmara (la majorité des membres du conseil) et du gouvernement victorien. Son rôle est de superviser la gestion coopérative du paysage écoculturel du parc national de Budj Bim afin d'atteindre les objectifs culturels et écologiques par le biais d'une prise de décision commune. Il démontre le partage d'expertise "à double sens" entre les propriétaires traditionnels de Gunditjmara et les agences du gouvernement de l'État de Victoria.
• Le GMTOAC gère les droits de propriété des Gunditjmara et encourage le maintien des liens avec la région de Gundijmara par le biais de ses programmes et projets de protection de la région. Le GMTOAC possède et gère la zone protégée indigène de Budj Bim et la mission du lac Condah.
• La Winda-Mara Aboriginal Corporation est propriétaire et gestionnaire de la zone protégée indigène de Tyrendarra.