Los programas de seguimiento proporcionan información continua sobre el estado de los recursos marinos que puede utilizarse para la gestión adaptativa, para ayudar a priorizar las actividades de seguimiento e investigación y para fundamentar las decisiones de gestión. Se realizó un seguimiento de las poblaciones de especies clave para la conservación con el fin de evaluar el éxito de las AMP; por ejemplo, se ha realizado un seguimiento de las larvas de peces de arrecifes de coral para determinar la conectividad entre las áreas protegidas del SAM. Asimismo, se estableció la línea de base para la cobertura de manglares y pastos marinos en las cuatro áreas protegidas. Los conjuntos de datos resultantes y los análisis subsiguientes proporcionan información esencial para fundamentar las estrategias de gestión adaptativa y evaluar la eficacia de la gestión del área marina protegida. Los programas de vigilancia también incluyeron actividades de capacitación del personal, los guardabosques y los miembros de la comunidad para llevar a cabo la investigación y la vigilancia, así como para mejorar el apoyo a las actividades de conservación.

Para garantizar la protección eficaz de los valores de conservación de la zona protegida, se forma a los miembros de la comunidad interesados en el seguimiento de las tendencias de las poblaciones de peces e invertebrados mediante técnicas normalizadas. La selección de los alumnos y la puesta en práctica del seguimiento continuo se realizan en coordinación con el comité de gestión de la comunidad.

Para garantizar la protección eficaz de los valores paisajísticos de la zona, se forma a los miembros de la comunidad interesados en el seguimiento de los valores paisajísticos mediante técnicas normalizadas. La selección de los alumnos y la puesta en práctica del seguimiento continuo se realizan en coordinación con la comunidad.

Se utiliza un sistema de vigilancia para medir la acumulación de sedimentos y controlar el estado de las vallas en T. Además, se vigila la regeneración natural de los manglares. Además, se supervisa la regeneración natural de los manglares. Durante el primer año tras la construcción, debe garantizarse la funcionalidad de las vallas en T mediante inspecciones visuales mensuales y mantenimiento cuando sea necesario. Después de un año, las inspecciones visuales y el mantenimiento deben realizarse al menos al final de cada temporada de tormentas. Además, se pueden realizar estudios estacionales con GPS de la línea de costa durante la marea baja para comprobar si las vallas en T influyen en la forma de la línea de costa cercana. La regeneración natural de los manglares se documenta registrando las especies, el tamaño y la densidad o mediante fotografías de punto fijo. Estas últimas también pueden utilizarse como alternativa sencilla a los estudios de la línea de costa con GPS.

Una junta de gobernanza pluralista suele estar compuesta por representantes de las autoridades locales, departamentos y organismos gubernamentales, comunidades locales y, en ocasiones, organizaciones empresariales, y se establece durante un proceso de negociación. La junta es responsable de tomar decisiones conjuntas sobre las cuestiones planteadas en relación con la conservación de los recursos naturales. Su función es dirigir la implementación del acuerdo de manejo conjunto y revisar los resultados e impactos del manejo conjunto basándose en el monitoreo. El consejo de gobernanza pluralista es un elemento esencial para que la idea de "compartir el poder" pase de la teoría a la práctica. Esto lo distingue de la gestión centralizada o privada, en la que sólo uno de los socios asume la responsabilidad de tomar decisiones.

El acuerdo de cogestión es un documento que recoge todo lo acordado durante el proceso de negociación, incluidos los elementos de gestión y gobernanza. Puede considerarse una prueba escrita de la asociación entre los actores locales. La parte de gestión especifica las seis "W": quién puede hacer qué, dónde, cuándo, cómo y cuánto. Establece las condiciones generales; especifica las normas y reglamentos de gestión de los recursos naturales en cada zona, las recompensas, las sanciones, el calendario de presentación de informes y las condiciones de aplicación y seguimiento. La parte de gobernanza especifica los actores clave para la toma de decisiones y sus responsabilidades.

Las instituciones y comunidades locales, los representantes de los gobiernos municipal y nacional, las ONG, el mundo académico y el sector privado están representados en un órgano local de gestión del parque y de aplicación de la ley. El cumplimiento de la ley se garantiza mediante asociaciones con la Marina y la Guardia Costera filipinas y guardaparques contratados localmente, que reciben una formación exhaustiva y equipos de vigilancia adecuados. La situación medioambiental del parque se supervisa periódicamente, mientras que la eficacia de la gobernanza se mide anualmente mediante mecanismos participativos.