La fase 2 riunisce i responsabili delle agenzie, gli stakeholder locali e i ricercatori per definire una serie di obiettivi di gestione e le relative esigenze di monitoraggio. In questo processo collaborativo, tutte le parti interessate contribuiscono con le loro conoscenze e prospettive sui mandati legali, sulle politiche e sui fattori che influenzano la visita e l'uso di uno specifico santuario. I gestori e gli informatori locali partecipano a una serie di sondaggi e workshop che passano da un questionario più ampio a uno con domande più specifiche basate su feedback precedenti. Il gruppo di esperti discute le tendenze dei visitatori e le sfide specifiche del monitoraggio delle visite nel loro sito. I risultati di ogni indagine iterativa e di ogni workshop forniscono una visione dettagliata dello stato attuale delle conoscenze sulla visita e del livello di fiducia nei modi in cui queste informazioni sono state ottenute.
La fase 2 richiede un impegno totale da parte dei gestori locali e dei ricercatori. Quando i manager coinvolgono gli stakeholder locali e li informano del processo, le informazioni fornite ai ricercatori sono più complete. Questa parte del processo si basa sullo sviluppo di relazioni interpersonali sia per i ricercatori che per gli stakeholder. Lo sviluppo di tali rapporti di lavoro attraverso i contatti di workshop e altre interazioni aiuta a stabilire una base di fiducia e cooperazione per il processo NMS-COUNT.
Nella Fase 2, il team di ricerca ha coinvolto i gestori e le parti interessate per comprendere meglio lo stato attuale delle visite al santuario. In collaborazione con l'Ufficio NOAA dell'NMS, i ricercatori hanno avuto accesso al contatto con 32 gestori di risorse locali e stakeholder con conoscenze istituzionali sul sito. Questo ha permesso al team di ricerca di sviluppare un sondaggio e di coinvolgere gli stakeholder locali in un forum. A tutti gli stakeholder è stato inviato un questionario iniziale in cui si chiedevano le loro opinioni sulla visita al santuario in generale. Tre stakeholder hanno risposto al questionario, fornendo un feedback generale sulle attività dei visitatori, sui modelli temporali e spaziali di utilizzo, sui percorsi verso e attraverso il Santuario e sullo stato attuale del conteggio dei visitatori. Sulla base di questo feedback, è stata perfezionata una seconda serie di questionari da utilizzare nel corso del workshop. Il workshop di persona è stato caratterizzato da discussioni dettagliate sulle sfide individuate per il monitoraggio delle visite a Gray's Reef NMS. Ha inoltre permesso di discutere in dettaglio la disponibilità di dati esistenti per le strategie di monitoraggio delle visite e gli sforzi di modellazione iniziali.