Das Projekt wurde vom Wasserwirtschaftsamt München geleitet und umfasst Vertreter des Baureferats, des Referats für Stadtplanung und Bauordnung sowie des Referats für Gesundheit und Umwelt. Außerdem wurde eine Partnerschaft mit der "Isar-Allianz" (einem Zusammenschluss von Nichtregierungsorganisationen) eingegangen. Die Beteiligung der Öffentlichkeit wurde durch verschiedene Medien sichergestellt, um das Bewusstsein und die Beteiligung zu fördern. Besonders gefördert wurde die Beteiligung während des Landschaftsgestaltungswettbewerbs für den 1,6 km langen städtischen Abschnitt, der es ermöglichte, der Bevölkerung eine Stimme für die Gestaltung des Gebiets zu geben und das Bewusstsein für die Themen Renaturierung und Hochwasserschutz zu schärfen.
Zur Einbindung der Interessengruppen wurden verschiedene Medien genutzt, z. B. eine Internetplattform, Infobroschüren, Exkursionen, Workshops, Fernsehen und Presse, runde Tische, Infopoints und ein Servicetelefon.
Der Grad der Zusammenarbeit zwischen allen am Isar-Plan beteiligten Akteuren war hervorragend und ein wesentlicher Erfolgsfaktor für das Projekt. In der Tat waren der Dialog und die Einbindung der Interessengruppen zeitweise eine Herausforderung mit kontroversen Diskussionen und einem öffentlichen Streit mit starken Kampagnen. Der Konflikt entstand, nachdem zwei nahezu gegensätzliche Entwürfe mit dem ersten und zweiten Preis ausgezeichnet worden waren. Das Hauptproblem in diesem Fall ist die Tatsache, dass es in einem überfüllten städtischen Sektor Einschränkungen in Bezug auf die für den Hochwasserschutz erforderlichen Maßnahmen gibt. Eine vollständige EbA-Lösung, d. h. eine vollständige Renaturierung, würde auf diesen 1,6 km im Vergleich zu den übrigen 8 km wahrscheinlich nicht genügend Hochwasserschutz bieten. Diesem Umstand trug der erste Entwurf Rechnung, während der zweite Entwurf eine stärkere Renaturierung vorsah. Die Öffentlichkeit stand den beiden Entwürfen zwiegespalten gegenüber. Es wurde ein geschickter Kompromiss zwischen den beiden Entwürfen erzielt, der zeigt, wie wichtig eine gute Vermittlung und Zusammenarbeit ist.