1995 wurde die interdisziplinäre Arbeitsgruppe "Isar-Plan" initiiert, an der die Landeshauptstadt München, das Landesamt für Wasserwirtschaft München und die Isar-Allianz beteiligt waren. Die Gruppe untersuchte die Hochwassersituation, den Bedarf an Erholungsflächen am Fluss und die Artenvielfalt des Gebietes. Die Studie umfasste einen umfassenden Atlas von Fauna und Flora, bestehenden öffentlichen Nutzungen und räumlichen Qualitäten, die später in einer Konflikt- und Wertanalyse aller Aspekte zueinander zusammengeführt wurden. Auf der Grundlage dieser Erkenntnisse wurden Entwicklungsziele definiert. Es wurden Hochwasserschutzmaßnahmen gewählt, die den vorhandenen Unterwuchs auf den Deichen weitgehend erhalten, um die Ökosysteme zu schützen und Flächen für die Erholung zu haben. Durch eine Verbreiterung des Hauptgerinnebettes wurde eine ausreichende Abflusskapazität geschaffen, die gleichzeitig eine naturnahe und flache Uferbefestigung ermöglicht.
Die hydrologische Modellierung trägt dazu bei, zu ermitteln, was für die Wiederherstellung des Flusses und eines angemessenen Durchflusses erforderlich und möglich ist. Während der größte Teil des Flusses in diesem Gebiet kanalisiert worden war, hatte ein Teil in der Nähe der Stadt seinen Charakter bewahrt, so dass er als Modell für die Funktion des Flusses dienen konnte. Schließlich war eine gute Zusammenarbeit zwischen den Akteuren erforderlich, um die Prioritäten zwischen Hochwasserschutz, Natur und Erholung auszugleichen.
Die Gestaltung der rauen Rampen fördert die natürliche Entwicklung des Flussregimes. Die Becken, die Steinstufen und die flussabwärts gelegenen Kiesbänke und Kiesinseln haben eine wichtige ökologische Funktion und tragen zur allgemeinen morphologischen Entwicklung des Flussbettes bei. Sie sind auch ein attraktiver Ort für die Erholung. Eine Besonderheit des natürlichen Flusses sind sich dynamisch entwickelnde Ufer, die sich bei Hochwasser und Hochwasserabfluss verändern und zurückziehen. Um zukünftige Erosionen zu verhindern, wurden jedoch aus Sicherheitsgründen Rückverteidigungsmaßnahmen durchgeführt. Im innerstädtischen Bereich musste der Isarplan mit verschiedenen Einschränkungen für den Flussausbau aufgrund der bestehenden Infrastruktur und mit den kontroversen öffentlichen Diskussionen über zwei konkurrierende Sanierungskonzepte (siehe oben) umgehen. Es wurde ein geschickter Kompromiss zwischen den beiden Entwürfen gefunden, bei dem die Verstärkungen unterirdisch gebaut und mit Vegetation bedeckt wurden, um ein natürliches Erscheinungsbild zu schaffen.