Tergantung pada lokasinya, rute-rute ziarah dimiliki oleh perorangan, pemerintah lokal atau nasional yang mengurus pemeliharaannya. Penduduk lokal dan Organisasi Nirlaba (NPO) juga berpartisipasi dalam restorasi, konservasi, dan pemeliharaan beberapa rute ziarah. Sebagai contoh, banyak masyarakat pelestari yang aktif di rute ziarah Iseji di mana mereka melakukan kegiatan pembersihan setiap hari di jalur gunung di mana jalan lama masih ada. Mereka juga berkolaborasi dengan melakukan patroli setelah angin topan dan hujan lebat. Kegiatan-kegiatan ini dicatat dalam laporan dan diserahkan kepada Dewan Pendidikan Prefektur masing-masing melalui Dewan Pendidikan Kota.

Sebagian besar area hutan di pegunungan Kii telah ditanami karena area ini secara tradisional merupakan tempat penebangan pohon. Pohon-pohon ditebang setiap 50 hingga 100 tahun, dan setelah penebangan, orang-orang menanam pohon-pohon kecil. Strategi penebangan tradisional ini telah dilakukan sejak abad ke-16 dengan teknik tradisional seperti pengumpulan benih, penanaman, kerapatan penanaman, penjarangan dan penebangan terutama di daerah Yoshino, Prefektur Nara, yang merupakan daerah penghasil buah ceri. Prefektur Nara juga telah memperkenalkan pajak untuk konservasi lingkungan hutan dan bekerja sama dengan sukarelawan dan organisasi swasta melalui kotamadya untuk menebang hutan yang ditinggalkan. Hutan yang ditinggalkan telah ditanami kembali dengan pohon berdaun lebar, bukan pohon jenis konifera seperti cedar dan cemara, yang cocok untuk kehutanan, dan hutan campuran dari pohon jenis konifera dan pohon berdaun lebar sedang dikonversi menjadi hutan yang bebas dari campur tangan manusia di masa depan. Sejalan dengan penanaman dan pemanenan pohon secara tradisional, kami berusaha mempertahankan hutan dan lanskap hutan di Pegunungan Kii secara berkelanjutan.

Melalui seluruh proses penetapan tempat-tempat suci di Pegunungan Kii sebagai warisan budaya dan warisan alam (sebagai bagian dari taman nasional), dan kemudian dimasukkan ke dalam Cagar Biosfer, hingga akhirnya menjadi bagian dari Warisan Dunia, lembaga-lembaga keagamaan secara resmi diberikan perlindungan dan pengelolaan sesuai dengan pengetahuan tradisional yang telah dibawa selama berabad-abad, berdasarkan kepercayaan agama dan nilai-nilai sakral. Sebagai contoh, karena karakternya yang sakral, hutan purba telah dilestarikan di bawah larangan penebangan yang ketat oleh komunitas agama yang berbeda. Lanskap pegunungan ditafsirkan sebagai "mandala" yang diwujudkan oleh penganut agama Buddha Shingon, dan para praktisi Shugendo mereproduksi "mandala" dengan berziarah dan melakukan praktik pertapaan mereka di lingkungan alam ini. Bagi para peziarah, Pegunungan Kii mewakili surga di bumi. Contoh lainnya adalah hutan suci Nachi yang telah ditetapkan sebagai "Monumen Alam" di bawah Undang-Undang Perlindungan Kekayaan Budaya, dan pengelolaannya dilakukan oleh kuil Shinto Kumano Nachi, sebagai bagian dari tempat suci mereka. Air terjun Nachi dianggap suci. Ini berarti bahwa air suci tidak dapat disentuh atau dialihkan.

Selain berisi warisan budaya yang ditetapkan berdasarkan Undang-Undang Perlindungan Properti Budaya yang diberlakukan oleh Badan Urusan Kebudayaan, properti ini juga berisi area yang sesuai dengan Taman Nasional Yoshino-Kumano yang secara administratif berada di bawah tanggung jawab Kementerian Lingkungan Hidup dan tiga prefektur yang terkait: Wakayama, Nara dan Mie, serta pemerintah daerahnya. Dewan Tiga Prefektur untuk Situs Suci Warisan Dunia dan Rute Ziarah di Pegunungan Kii, pertama kali dibentuk untuk mengejar nominasi ke Daftar Warisan Dunia, dan setelah prasasti, dewan ini bertanggung jawab untuk mengoordinasikan tindakan konservasi dan mengembangkan rencana pengelolaan. Gubernur dari tiga prefektur menjabat sebagai ketua dan wakil ketua, sementara walikota dan kepala pendidikan kotamadya menjabat sebagai anggota dewan. Badan Urusan Kebudayaan berpartisipasi sebagai pengamat. Perlindungan properti budaya dilakukan melalui kerja sama dengan departemen perlindungan properti budaya dan pembangunan daerah masing-masing prefektur dan penanggung jawab kotamadya. Selain itu, Dewan ini juga mendapat nasihat dari komite ilmiah yang terdiri dari para ahli dari berbagai bidang.

Untuk mengintegrasikan budaya Ifugao ke dalam kurikulum sekolah formal, para guru perlu mendapatkan peningkatan kapasitas tentang budaya Ifugao. Para guru yang sebagian besar berasal dari Ifugao, telah melupakan sistem nilai nenek moyang mereka karena sistem pendidikan modern. Beberapa telah dilatih di luar wilayah Ifugao. Tujuannya adalah untuk melatih para guru dalam mengintegrasikan budaya dalam matematika, ilmu sosial, dan semua mata pelajaran, serta merancang materi pembelajaran, modul yang mencakup budaya Ifugao sebagai tema lintas sektoral. Pelatihan guru mengenai pengembangan kurikulum lokal dan pembuatan modul pembelajaran sedang berlangsung.

SITMo telah mendirikan Pusat Pendidikan Masyarakat Adat (Indigenous Peoples Education Centre/IPED) untuk mengarusutamakan pengetahuan masyarakat adat dalam sistem pendidikan formal dan berfungsi sebagai pusat sumber daya untuk konservasi warisan Ifugao. Pusat ini masih dalam tahap pengembangan, karena SITMo saat ini bekerja sama dengan Departemen Pendidikan dalam pengembangan materi pembelajaran yang mencakup pengetahuan tradisional, sejarah dan bahasa lokal. Pusat ini terdiri dari organisasi masyarakat SITMo termasuk petani, penenun tradisional, sukarelawan masyarakat, pembawa budaya, dan pekerja warisan. IPED kini berfungsi sebagai Pusat Warisan Masyarakat, Pusat Sumber Daya, Museum Masyarakat, dan menginspirasi provinsi-provinsi lain untuk membuat pusat warisan mereka sendiri.