Je nach Standort sind die Pilgerwege im Besitz von Privatpersonen, lokalen oder nationalen Regierungen, die sich um ihre Instandhaltung kümmern. An der Restaurierung, Erhaltung und Instandhaltung einiger Pilgerwege beteiligen sich auch Einheimische und gemeinnützige Organisationen (NPO). So sind zum Beispiel auf der Iseji-Pilgerroute viele Erhaltungsgesellschaften aktiv, die täglich Reinigungsarbeiten auf den Bergpässen durchführen, auf denen noch alte Straßen vorhanden sind. Sie arbeiten auch bei Patrouillen nach Taifunen und starken Regenfällen mit. Diese Aktivitäten werden in einem Bericht festgehalten und über das jeweilige kommunale Bildungsministerium an das Bildungsministerium der Präfektur weitergeleitet.

Die meisten bewaldeten Gebiete in den Kii-Bergen wurden angepflanzt, weil dieses Gebiet traditionell ein Ort der Abholzung war. Die Bäume werden alle 50 bis 100 Jahre abgeholzt, und nach der Abholzung pflanzen die Menschen kleine Bäume. Diese traditionelle Abholzungsstrategie wird seit dem 16. Jahrhundert im Rahmen einer traditionellen Technik durchgeführt, die das Sammeln von Samen, das Pflanzen, die Pflanzdichte, das Ausdünnen und das Abholzen umfasst, insbesondere im Bezirk Yoshino in der Präfektur Nara, wo Kirschen charakteristisch sind. Die Präfektur Nara hat außerdem eine Steuer für die Erhaltung der Waldumwelt eingeführt und arbeitet über ihre Gemeinden mit Freiwilligen und privaten Organisationen zusammen, um verlassene Wälder abzuholzen. Die aufgegebenen Wälder wurden mit Laubbäumen anstelle von für die Forstwirtschaft geeigneten Nadelbäumen wie Zedern und Zypressen aufgeforstet, und Mischwälder aus Nadel- und Laubbäumen werden in Wälder umgewandelt, die in Zukunft frei von menschlichen Eingriffen sind. Parallel zur traditionellen Baumpflanzung und -ernte versuchen wir, die Wälder und die Waldlandschaft in den Kii-Bergen auf nachhaltige Weise zu erhalten.

Während des gesamten Prozesses, in dem die heiligen Stätten in den Kii-Bergen als Kultur- und Naturerbe (als Teil eines Nationalparks) ausgewiesen und später in das Biosphärenreservat aufgenommen wurden, um schließlich Teil des Weltkulturerbes zu werden, wurde den religiösen Körperschaften offiziell ihr Schutz und ihre Bewirtschaftung gewährt, und zwar nach dem seit Jahrhunderten überlieferten Wissen, das auf religiösen Überzeugungen und heiligen Werten beruht. So wurden beispielsweise die Urwälder aufgrund ihres heiligen Charakters von den verschiedenen Religionsgemeinschaften unter strengem Abholzungsverbot erhalten. Die Berglandschaften werden von den Shingon-Buddhisten als materialisierte "Mandalas" interpretiert, und die Shugendo-Praktizierenden reproduzieren "Mandalas", indem sie in diesen natürlichen Umgebungen pilgern und ihre asketischen Praktiken durchführen. Für die Pilger stellen die Kii-Berge das Paradies auf Erden dar. Ein weiteres Beispiel ist der heilige Wald von Nachi, der nach dem Gesetz zum Schutz von Kulturgütern als "Naturdenkmal" ausgewiesen ist und vom Shinto-Schrein Kumano Nachi als Teil seiner heiligen Stätte verwaltet wird. Der Nachi-Wasserfall gilt als heilig. Das bedeutet, dass das heilige Wasser nicht berührt oder umgeleitet werden darf.

Neben dem kulturellen Erbe, das nach dem Gesetz zum Schutz von Kulturgütern, das von der Kulturbehörde durchgesetzt wird, ausgewiesen ist, umfasst das Gebiet auch Gebiete, die dem Yoshino-Kumano-Nationalpark entsprechen, für dessen Verwaltung das Umweltministerium und die drei zugehörigen Präfekturen zuständig sind: Wakayama, Nara und Mie, sowie deren lokale Behörden. Der Rat der drei Präfekturen für die heiligen Stätten und Pilgerwege des Welterbes im Kii-Gebirge wurde zunächst gegründet, um die Nominierung für die Liste des Welterbes voranzutreiben, und nach der Eintragung ist er für die Koordinierung der Erhaltungsmaßnahmen und die Ausarbeitung des Managementplans zuständig. Die Gouverneure der drei Präfekturen fungieren als Vorsitzende und stellvertretende Vorsitzende, während die Bürgermeister und Schulleiter der Gemeinden als Mitglieder des Rates fungieren. Die Agentur für kulturelle Angelegenheiten nimmt als Beobachter teil. Der Schutz von Kulturgütern erfolgt in Zusammenarbeit mit der Abteilung für Kulturgüterschutz und Regionalentwicklung der jeweiligen Präfektur und dem Verantwortlichen der Gemeinde. Darüber hinaus wird der Rat von einem wissenschaftlichen Ausschuss beraten, der sich aus Experten verschiedener Bereiche zusammensetzt.

Um die Ifugao-Kultur in den formalen Lehrplan zu integrieren, müssen die Lehrer in der Ifugao-Kultur geschult werden. Die Lehrer, von denen die meisten aus Ifugao stammen, haben aufgrund des modernen Bildungssystems das Wertesystem ihrer Vorfahren vergessen. Einige wurden außerhalb der Ifugao-Region ausgebildet. Ziel ist es, Lehrer darin zu schulen, die Kultur in Mathematik, Sozialwissenschaften und alle anderen Fächer zu integrieren und Lernmaterialien und Module zu entwerfen, die die Kultur der Ifugao als Querschnittsthema enthalten. Die Lehrerschulungen zur Entwicklung lokaler Lehrpläne und zur Ausarbeitung von Lernmodulen sind im Gange.

Das SITMo hat das Bildungszentrum für indigene Völker (IPED) gegründet, um indigenes Wissen in das formale Bildungssystem zu integrieren und als Ressourcenzentrum für die Erhaltung des Ifugao-Erbes zu dienen. Das Zentrum befindet sich noch im Aufbau, da die SITMo derzeit mit dem Bildungsministerium an der Entwicklung von Lernmaterialien arbeitet, die traditionelles Wissen, lokale Geschichte und Sprache einbeziehen. Das Zentrum setzt sich aus der SITMo-Volksorganisation zusammen, zu der Bauern, traditionelle Weber, Freiwillige aus der Gemeinde, Kulturträger und Denkmalpfleger gehören. Das IPED fungiert nun als Zentrum für das Kulturerbe der Gemeinschaft, als Ressourcenzentrum und als Gemeinschaftsmuseum und inspiriert andere Provinzen, eigene Zentren einzurichten.