A seconda della loro ubicazione, le vie di pellegrinaggio sono di proprietà di privati, governi locali o nazionali che si occupano della loro manutenzione. Anche gli abitanti locali e le organizzazioni non profit (NPO) partecipano al restauro, alla conservazione e alla manutenzione di alcune vie di pellegrinaggio. Ad esempio, molte società di conservazione sono attive sul percorso di pellegrinaggio di Iseji, dove svolgono attività quotidiane di pulizia sui passi di montagna dove sono rimaste vecchie strade. Collaborano anche al pattugliamento dopo i tifoni e le forti piogge. Queste attività vengono registrate nel rapporto e presentate al rispettivo Consiglio prefettizio dell'istruzione tramite il rispettivo Consiglio comunale dell'istruzione.

La maggior parte delle aree boschive delle montagne Kii sono state piantate perché questa zona è stata tradizionalmente un luogo di disboscamento. Gli alberi vengono abbattuti ogni 50-100 anni e dopo il disboscamento si piantano piccoli alberi. Questa strategia tradizionale di disboscamento è stata attuata fin dal XVI secolo con tecniche tradizionali quali la raccolta di semi, la piantagione, la densità di impianto, il diradamento e l'abbattimento, soprattutto nella contea di Yoshino, nella prefettura di Nara, dove le ciliegie sono caratteristiche. La Prefettura di Nara ha anche introdotto una tassa per la conservazione dell'ambiente forestale e sta lavorando con volontari e organizzazioni private attraverso i suoi comuni per abbattere le foreste abbandonate. Le foreste abbandonate sono state ripiantate con latifoglie invece che con conifere come cedri e cipressi, che sono adatti alla silvicoltura, e le foreste miste di conifere e latifoglie sono state convertite in foreste libere dall'intervento umano in futuro. Parallelamente all'impianto e alla raccolta di alberi tradizionali, stiamo cercando di mantenere le foreste e il paesaggio forestale dei Monti Kii in modo sostenibile.

Durante l'intero processo di designazione dei luoghi sacri dei Monti Kii come patrimonio culturale e naturale (come parte di un parco nazionale), e successivamente inclusi nella Riserva della Biosfera, per entrare infine a far parte del Patrimonio dell'Umanità, agli enti religiosi è stata ufficialmente garantita la loro protezione e gestione secondo le conoscenze tradizionali portate avanti per secoli, basate su credenze religiose e valori sacri. Per esempio, a causa del loro carattere sacro, le foreste primordiali sono state conservate con severi divieti di abbattimento dalle diverse comunità religiose. I paesaggi montani sono interpretati come "mandala" materializzati dai buddisti Shingon, e i praticanti dello Shugendo riproducono i "mandala" facendo pellegrinaggi e svolgendo le loro pratiche ascetiche in questi ambienti naturali. Per i pellegrini, le montagne Kii rappresentano il paradiso terrestre. Un altro esempio è la foresta sacra di Nachi, che è stata designata come "monumento naturale" ai sensi della legge per la protezione dei beni culturali e la cui gestione è stata affidata al santuario shintoista di Kumano Nachi, come parte del loro luogo sacro. La cascata Nachi è considerata sacra. Ciò significa che le acque sacre non possono essere toccate o deviate.

Oltre a contenere il patrimonio culturale designato ai sensi della Legge per la protezione dei beni culturali applicata dall'Agenzia per gli Affari Culturali, la proprietà contiene aree conformi al Parco Nazionale Yoshino-Kumano, la cui amministrazione è affidata al Ministero dell'Ambiente e alle tre prefetture ad esso collegate: Wakayama, Nara e Mie, e le loro autorità locali. Il Consiglio delle tre prefetture per i siti sacri e le vie di pellegrinaggio della catena montuosa di Kii, Patrimonio dell'Umanità, è stato istituito per perseguire la candidatura alla Lista del Patrimonio dell'Umanità e, dopo l'iscrizione, è incaricato di coordinare le azioni di conservazione e sviluppare il piano di gestione. I governatori delle tre prefetture ricoprono il ruolo di presidente e vicepresidente, mentre i sindaci e i direttori didattici dei comuni sono membri del consiglio. L'Agenzia per gli Affari Culturali partecipa come osservatore. La protezione dei beni culturali è realizzata in collaborazione con il dipartimento per la protezione dei beni culturali e lo sviluppo regionale di ciascuna prefettura e con il responsabile del comune. Inoltre, il Consiglio si avvale della consulenza di un comitato scientifico composto da esperti di diversi settori.

Per integrare la cultura Ifugao nel curriculum scolastico formale, gli insegnanti devono ricevere una formazione sulla cultura Ifugao. Gli insegnanti, per la maggior parte di origine Ifugao, hanno dimenticato il sistema di valori dei loro antenati a causa del sistema educativo moderno. Alcuni sono stati formati al di fuori della regione di Ifugao. L'obiettivo è formare gli insegnanti all'integrazione della cultura nella matematica, nelle scienze sociali e in tutti i corsi, e progettare materiali didattici e moduli che includano la cultura Ifugao come tema trasversale. La formazione degli insegnanti sullo sviluppo del curriculum locale e sulla creazione di moduli didattici è in corso.

Il SITMo ha creato il Centro di Educazione dei Popoli Indigeni (IPED) per integrare le conoscenze indigene nel sistema educativo formale e fungere da centro risorse per la conservazione del patrimonio Ifugao. Il centro è un lavoro in corso, in quanto la SITMo sta attualmente collaborando con il Dipartimento dell'Istruzione per lo sviluppo di materiali didattici che includano le conoscenze tradizionali, la storia locale e la lingua. Il centro è composto dall'organizzazione dei popoli del SITMo, che comprende agricoltori, tessitori tradizionali, volontari della comunità, portatori di cultura e operatori del patrimonio. L'IPED funziona ora come centro del patrimonio comunitario, centro di risorse e museo comunitario e sta ispirando altre province a crearne di propri.