巡礼路は、その場所によって、個人、地方自治体、国などが所有し、維持管理を行っている。また、地域住民やNPO（非営利組織）などが参画して、遍路道の修復や保全、維持管理を行っているところもある。例えば、伊勢路巡礼道では多くの保存会が活動し、旧道が残る峠道を毎日清掃している。また、台風や大雨の後のパトロールにも協力している。これらの活動は報告書にまとめられ、各市町村教育委員会を経由して各都道府県教育委員会に提出される。

紀伊山地の森林地帯のほとんどが植林されているのは、この地域が伝統的に伐採のための場所だったからだ。樹木は50年から100年ごとに伐採され、伐採後、人々は小さな木を植える。この伝統的な伐採戦略は、16世紀以来、種子の採取、植栽、植栽密度、間伐、伐採といった伝統的な技術のもとで行われてきた。奈良県も森林環境保全税を導入し、市町村を通じてボランティアや民間団体と協力して放置林の伐採に取り組んでいる。放置された森林には、林業に適したスギやヒノキなどの針葉樹ではなく、広葉樹を植え替え、針葉樹と広葉樹の混交林を将来的に人の手が入らない森林へと転換している。伝統的な植林や伐採と並行して、紀伊山地の森林や森林景観を持続可能な形で維持していこうとしている。

紀伊山地の霊場が（国立公園の一部として）文化遺産と自然遺産に指定され、後に生物圏保護区に含まれ、最終的に世界遺産の一部となるまでの全過程を通じて、宗教団体は、宗教的信念と神聖な価値観に基づき、何世紀にもわたって伝えられてきた伝統的知識に従って、その保護と管理を公式に認められてきた。例えば、原生林はその神聖な性格から、さまざまな宗教団体によって厳格な伐採禁止のもとに保護されてきた。 真言宗では、山の風景は物質化された「曼荼羅」と解釈され、修験者はこれらの自然環境の中で巡礼や修行を行うことによって「曼荼羅」を再現している。巡礼者にとって、紀伊山地は地上の楽園である。もうひとつの例は、文化財保護法の「天然記念物」に指定され、熊野那智大社が聖地の一部として管理している那智の聖なる森である。那智の滝は神聖視されている。つまり、聖なる水に触れたり、迂回させたりすることはできない。

文化庁が施行する文化財保護法の指定文化財を含むほか、環境省が管理する吉野熊野国立公園と、それに関連する和歌山県、奈良県、三重県の区域を含む：和歌山、奈良、三重の3県とその自治体が管理している。世界遺産「紀伊山地の霊場と参詣道」三県協議会は、世界遺産登録を目指すために設立され、登録後は保全活動の調整や管理計画の策定を担当している。三県知事が会長・副会長、市町村長・教育長が委員を務める。文化庁はオブザーバーとして参加している。文化財の保護については、各都道府県の文化財保護・地域振興課や市町村の担当者と連携している。 また、各分野の専門家で構成される学術委員会の助言を受けている。

正式な学校のカリキュラムにイフガオ文化を組み込むためには、教師がイフガオ文化に関する能力開発を受ける必要がある。教師たちの多くはイフガオ出身であるが、近代的な教育システムのせいで、祖先の価値観を忘れてしまっている。中には、イフガオ地域外で訓練を受けた者もいる。目的は、数学、社会科学、すべてのコースに文化を統合するための教師を訓練し、横断的テーマとしてイフガオ文化を含む学習教材やモジュールをデザインすることです。地域のカリキュラム開発と学習モジュールの考案に関する教員研修は現在も継続中です。

SITMoは、正式な教育システムにおいて先住民の知識を主流化し、イフガオの遺産保護のためのリソースセンターとしての役割を果たすため、先住民教育（IPED）センターを設立した。現在、SITMoは教育省とともに、伝統的知識、地域の歴史、言語を含む学習教材の開発に取り組んでいる。このセンターは、農民、伝統織物職人、コミュニティ・ボランティア、文化伝承者、遺産作業員など、SITMoの民衆組織で構成されている。IPEDは現在、コミュニティ遺産センター、資料センター、コミュニティ博物館として機能しており、他の州にも独自のセンターを作るよう働きかけている。