Afhankelijk van hun locatie zijn de pelgrimsroutes eigendom van particulieren, lokale of nationale overheden die voor het onderhoud zorgen. Lokale inwoners en non-profitorganisaties (NPO) nemen ook deel aan de restauratie, het behoud en het onderhoud van sommige pelgrimsroutes. Er zijn bijvoorbeeld veel natuurbeschermingsorganisaties actief op de pelgrimsroute van Iseji, waar ze dagelijks schoonmaken op de bergpassen waar nog oude wegen liggen. Ze werken ook mee aan patrouilles na tyfoons en zware regenval. Deze activiteiten worden vastgelegd in het verslag en via het respectieve gemeentelijke onderwijsbestuur ingediend bij de respectieve prefectorale onderwijsraad.

De meeste beboste gebieden in het Kii gebergte zijn beplant omdat dit gebied van oudsher een plaats is voor houtkap. Bomen worden om de 50 tot 100 jaar gekapt en na de houtkap plant men kleine boompjes. Deze traditionele houtkapstrategie wordt al sinds de 16e eeuw uitgevoerd volgens traditionele technieken zoals zaad verzamelen, planten, plantdichtheid, uitdunnen en kappen, vooral in het district Yoshino in de prefectuur Nara, waar kersen karakteristiek zijn. De prefectuur van Nara heeft ook een belasting ingevoerd voor het behoud van het bosmilieu en werkt via de gemeenten samen met vrijwilligers en particuliere organisaties om verlaten bossen te kappen. De verlaten bossen zijn herplant met loofbomen in plaats van naaldbomen zoals ceder en cipres, die geschikt zijn voor bosbouw, en gemengde bossen van naald- en loofbomen worden omgevormd tot bossen die in de toekomst vrij zijn van menselijke interventie. Parallel aan het traditionele planten en oogsten van bomen proberen we de bossen en het boslandschap in het Kii gebergte op een duurzame manier in stand te houden.

Tijdens het hele proces waarin de heilige plaatsen in het Kii gebergte werden aangeduid als cultureel erfgoed en natuurlijk erfgoed (als onderdeel van een nationaal park), en later werden opgenomen in het biosfeerreservaat, om uiteindelijk deel uit te maken van het werelderfgoed, kregen de religieuze organen officieel de toestemming om ze te beschermen en te beheren volgens de traditionele kennis die ze al eeuwenlang meedragen, gebaseerd op religieuze overtuigingen en heilige waarden. Vanwege hun heilige karakter zijn oerbossen bijvoorbeeld door de verschillende religieuze gemeenschappen bewaard onder strikte kapverboden. De berglandschappen worden door Shingon boeddhisten geïnterpreteerd als gematerialiseerde "mandala's" en Shugendo beoefenaars reproduceren "mandala's" door pelgrimstochten te maken en hun ascetische praktijken uit te voeren in deze natuurlijke omgevingen. Voor pelgrims vertegenwoordigen de Kii bergen het paradijs op aarde. Een ander voorbeeld is het heilige bos van Nachi, dat is aangewezen als "Natuurmonument" onder de Wet op de Bescherming van Cultureel Eigendom en dat wordt beheerd door het Kumano Nachi Shinto heiligdom, als onderdeel van hun heilige plaats. De Nachi waterval wordt als heilig beschouwd. Dit betekent dat het heilige water niet aangeraakt of omgeleid mag worden.

Naast cultureel erfgoed dat is aangewezen onder de Wet op de Bescherming van Cultureel Eigendom die wordt uitgevoerd door het Agentschap voor Culturele Zaken, bevat het landgoed gebieden die voldoen aan het Yoshino-Kumano Nationaal Park, waarvan het beheer in handen is van het Ministerie van Milieu en de drie prefecturen die ermee verbonden zijn: Wakayama, Nara en Mie, en hun lokale overheden. De Three Prefectures' Council for the World Heritage Sacred Sites and Pilgrimage Routes in the Kii Mountain Range werd eerst opgericht om de nominatie op de Werelderfgoedlijst te bewerkstelligen, en na de inschrijving is deze raad belast met het coördineren van instandhoudingsacties en het ontwikkelen van het managementplan. De gouverneurs van de drie prefecturen zijn voorzitter en vicevoorzitter, terwijl de burgemeesters en onderwijshoofden van de gemeenten lid zijn van de raad. Het Agentschap voor Culturele Zaken neemt deel als waarnemer. De bescherming van culturele eigendommen wordt uitgevoerd in samenwerking met het departement voor de bescherming van culturele eigendommen en regionale ontwikkeling van elke prefectuur en de verantwoordelijke van de gemeente. Daarnaast wordt de raad geadviseerd door een wetenschappelijk comité dat bestaat uit deskundigen uit verschillende vakgebieden.

Om de Ifugaocultuur te integreren in het formele onderwijscurriculum, moeten de leerkrachten leren omgaan met de Ifugaocultuur. Leraren, de meesten van Ifugao afkomst, zijn door het moderne onderwijssysteem het waardesysteem van hun voorouders vergeten. Sommigen zijn buiten de Ifugao regio opgeleid. Het doel is om leerkrachten te trainen in het integreren van cultuur in wiskunde, sociale wetenschappen en alle vakken, en om lesmateriaal en modules te ontwerpen waarin de Ifugaocultuur een transversaal thema is. Trainingen voor leerkrachten over lokale leerplanontwikkeling en het bedenken van leermodules zijn aan de gang.

SITMo heeft het Indigenous Peoples Education (IPED) Centre opgericht om de inheemse kennis te integreren in het formele onderwijssysteem en om als centrum te dienen voor het behoud van het Ifugao erfgoed. Het centrum is een werk in uitvoering omdat SITMo momenteel samenwerkt met het Ministerie van Onderwijs bij de ontwikkeling van lesmateriaal dat traditionele kennis, lokale geschiedenis en taal omvat. Het centrum is samengesteld uit SITMo's organisatie van mensen waaronder boeren, traditionele wevers, vrijwilligers uit de gemeenschap, cultuurdragers en erfgoedwerkers. IPED functioneert nu als een Community Heritage Centre, Resources Centre, Community Museum en inspireert andere provincies om hun eigen centrum op te zetten.