Dependendo de sua localização, as rotas de peregrinação são de propriedade de indivíduos, governos locais ou nacionais que cuidam de sua manutenção. Os habitantes locais e as organizações sem fins lucrativos (NPO) também participam da restauração, conservação e manutenção de algumas rotas de peregrinação. Por exemplo, muitas sociedades de preservação estão ativas na rota de peregrinação de Iseji, onde realizam atividades diárias de limpeza nos desfiladeiros das montanhas onde ainda existem estradas antigas. Elas também colaboram com o patrulhamento após tufões e chuvas fortes. Essas atividades são registradas no relatório e enviadas ao respectivo Conselho de Educação da Província por meio do respectivo Conselho Municipal de Educação.

A maioria das áreas florestais das montanhas Kii foi plantada porque essa área tem sido tradicionalmente um local de extração de madeira. As árvores são cortadas a cada 50 a 100 anos e, após o corte, as pessoas plantam pequenas árvores. Essa estratégia tradicional de extração de madeira tem sido feita desde o século XVI com uma técnica tradicional, como coleta de sementes, plantio, densidade de plantio, desbaste e corte, especialmente no condado de Yoshino, província de Nara, onde as cerejas são características. A Prefeitura de Nara também introduziu um imposto para a conservação do ambiente florestal e está trabalhando com voluntários e organizações privadas por meio de seus municípios para derrubar florestas abandonadas. As florestas abandonadas foram replantadas com árvores de folhas largas em vez de coníferas, como cedro e cipreste, que são adequadas para a silvicultura, e florestas mistas de coníferas e árvores de folhas largas estão sendo convertidas em florestas livres de intervenção humana no futuro. Paralelamente ao plantio e à colheita tradicionais de árvores, estamos tentando manter as florestas e a paisagem florestal nas montanhas Kii de forma sustentável.

Durante todo o processo de designação dos locais sagrados nas Montanhas Kii como patrimônio cultural e patrimônio natural (como parte de um parque nacional) e, mais tarde, incluídos na Reserva da Biosfera, para finalmente fazer parte da propriedade do Patrimônio Mundial, as entidades religiosas receberam oficialmente a proteção e o gerenciamento de acordo com o conhecimento tradicional carregado por séculos, com base em crenças religiosas e valores sagrados. Por exemplo, devido ao seu caráter sagrado, as florestas primitivas foram conservadas sob rigorosas proibições de corte pelas diferentes comunidades religiosas. As paisagens montanhosas são interpretadas como "mandalas" materializadas pelos budistas Shingon, e os praticantes de Shugendo reproduzem as "mandalas" fazendo peregrinações e realizando suas práticas ascéticas nesses ambientes naturais. Para os peregrinos, as montanhas Kii representam o paraíso na terra. Outro exemplo é a floresta sagrada de Nachi, que foi designada como "Monumento Natural" de acordo com a Lei de Proteção de Bens Culturais, e o gerenciamento foi feito pelo santuário xintoísta Kumano Nachi, como parte de seu local sagrado. A cachoeira Nachi é considerada sagrada. Isso significa que as águas sagradas não podem ser tocadas ou desviadas.

Além de conter patrimônio cultural designado de acordo com a Lei de Proteção de Bens Culturais aplicada pela Agência de Assuntos Culturais, a propriedade contém áreas que fazem parte do Parque Nacional Yoshino-Kumano, cuja administração está a cargo do Ministério do Meio Ambiente e das três prefeituras relacionadas a ele: Wakayama, Nara e Mie, e suas autoridades locais. O Conselho das Três Prefeituras para os Locais Sagrados e Rotas de Peregrinação da Cordilheira de Kii, Patrimônio da Humanidade, foi criado inicialmente para buscar a nomeação para a Lista do Patrimônio da Humanidade e, após a inscrição, está encarregado de coordenar as ações de conservação e desenvolver o plano de gerenciamento. Os governadores das três prefeituras atuam como presidentes e vice-presidentes, enquanto os prefeitos e diretores de educação dos municípios atuam como membros do conselho. A Agência de Assuntos Culturais participa como observadora. A proteção de propriedades culturais é realizada em cooperação com o departamento de proteção de propriedades culturais e desenvolvimento regional de cada prefeitura e com a pessoa responsável pelo município. Além disso, o Conselho é assessorado por um comitê científico composto por especialistas de diversas áreas.

Para integrar a cultura Ifugao no currículo escolar formal, os professores precisam receber capacitação sobre a cultura Ifugao. Os professores, em sua maioria de origem Ifugao, esqueceram o sistema de valores de seus ancestrais devido ao sistema educacional moderno. Alguns foram treinados fora da região de Ifugao. O objetivo é treinar os professores na integração da cultura em matemática, ciências sociais e todos os cursos, além de projetar materiais de aprendizagem e módulos que incluam a cultura Ifugao como um tema transversal. Os treinamentos de professores sobre o desenvolvimento do currículo local e a criação de módulos de aprendizagem estão em andamento.

O SITMo criou o Centro de Educação dos Povos Indígenas (IPED) para integrar o conhecimento indígena no sistema de educação formal e servir como um centro de recursos para a conservação do patrimônio de Ifugao. O centro é um trabalho em andamento, pois o SITMo está trabalhando atualmente com o Departamento de Educação no desenvolvimento de materiais de aprendizagem que incluem conhecimento tradicional, história e idioma locais. O centro é composto pela organização popular do SITMo, incluindo agricultores, tecelões tradicionais, voluntários da comunidade, portadores de cultura e trabalhadores do patrimônio. O IPED funciona agora como um Centro de Patrimônio Comunitário, Centro de Recursos, Museu Comunitário e está inspirando outras províncias a criarem seus próprios centros.