Al emprender una tarea de planificación o zonificación, rara vez un planificador tiene acceso a toda la información o conocimientos que desearía para toda el área de planificación. Ya se trate de datos ecológicos más coherentes en toda el área de planificación o de una comprensión más completa de toda la información social y económica, un planificador se enfrenta a menudo a las siguientes opciones:
- Esperar a disponer de más datos (con el objetivo último de acumular información "perfecta" en todos los conjuntos de datos necesarios); o bien
- Trabajar con los mejores conocimientos científicos disponibles y aceptar que, aunque no son perfectos, son adecuados siempre que se comprendan las deficiencias de los datos (por parte de los planificadores y los responsables de la toma de decisiones) y se expliquen claramente al público y a los responsables de la toma de decisiones. Un conocimiento insuficiente de los ecosistemas marinos puede impedir fijar objetivos significativos o resultados deseables a la hora de planificar. David Suzuki se preguntaba en 2002 cómo podemos planificar y gestionar eficazmente cuando "... hasta la fecha todo lo que realmente hemos identificado es... alrededor del 10-20% de todos los seres vivos", y "... tenemos un inventario tan pobre de los constituyentes y un plano prácticamente inútil de cómo interactúan todos los componentes...".
Comprender bien el contexto más amplio en el que se sitúa el AMP es un factor importante a la hora de planificar. Debido a los niveles de "conectividad" del medio marino y a la interdependencia biológica con las comunidades vecinas, una AMP sólo puede ser tan "saludable" como las aguas que la rodean. Incluso una AMP bien planificada será difícil de gestionar si las aguas circundantes están sobreexplotadas, contaminadas o gestionadas de forma inadecuada.
- La realidad es que si se espera a tener la información "perfecta" para planificar, nunca se empezará.
- Hay que tener en cuenta que las zonas marinas son dinámicas y cambian constantemente y que, con los avances tecnológicos, los niveles y las pautas de uso cambian constantemente, al igual que los contextos sociales, económicos y políticos, por lo que disponer de datos perfectos es, siendo realistas, un objetivo imposible.
- En prácticamente todas las situaciones de planificación, es mejor proceder con la mejor información disponible que esperar a disponer de datos "perfectos". Sin embargo, si se dispone de nuevos datos durante el proceso de planificación, hay que incorporarlos en lugar de ignorarlos.
- Las personas que están a menudo en el agua (como pescadores y operadores turísticos) suelen saber tanto (o más) sobre el entorno local que los investigadores, así que hay que aprovechar sus conocimientos y utilizarlos para aumentar los mejores datos científicos disponibles.
- Cuando los recursos son limitados, la búsqueda de nuevos datos debe centrarse en proporcionar información que sea útil para la gestión en curso.