Uno de los grandes desafíos de la Reserva de Producción Fauna Cuyabeno fue la consolidación de sus límites y lograr acuerdos con las poblaciones locales y organizaciones indígenas para su gestión. La relevancia de integrar las variables culturales en los procesos de conservación nacionales, fueron la oportunidad para implementar el proyecto «Delimitación de la zona baja, solución de conflictos y sensibilización de las comunidades respecto del uso y manejo de los recursos en la Reserva de Producción de Fauna Cuyabeno». Este tuvo como objetivo mantener la integridad biológica y cultural de la Reserva, a través del fortalecimiento de alianzas entre el MAE y las comunidades indígenas de las nacionalidades Siona, Secoya, Cofán, Kichwa y Shuar; con territorios dentro del área. Así, desde 1995 se empezó a establecer Convenios de Uso y Manejo de Recursos Naturales con la mayoría de comunidades de estos cinco pueblos indígenas, buscando la participación local y el reconocimiento del área para una gestión compartida. Los convenios se constituyen en documentos formales de legitimación del derecho de los indígenas a habitar en la Reserva y de hacer uso de sus recursos naturales en condiciones especiales por estar dentro de un área protegida.

El modelo de co-administración del PN Noel Kempff Mercado entre el Gobierno Nacional de Bolivia y la Fundación Amigos de la Naturaleza (FAN), durante 1995 y 2005, generó las bases del fortalecimiento institucional para la gestión del Parque. Esto permitió consolidar el área, y estructuró un proceso de planificación, mediante la aplicación de instrumentos de gestión institucionalizados, como el Plan de Protección (2013-2017) y el Plan Operativo Anual; herramientas hasta entonces poco utilizados en el SNAP. Así mismo, la FAN contribuyó en la consecución de fondos para asegurar la sostenibilidad de la gestión, principalmente mediante el Proyecto de Acción Climática Noel Kempff Mercado (PAC-NKM). Sumado a esto, la promoción de instancias participativas, como el Comité de Gestión del Parque, y el involucramiento de miembros de comunidades locales en instancias operativas y de toma de decisiones, han sido fundamentales en mejorar la gestión del Parque.

Lamentablemente este modelo de co-administración dejó de funcionar en 2006, debido a cambios en el contexto socio-político a escala nacional, que centralizaron la gestión de las AP desde el Gobierno Nacional, lo que ha impactado, principalmente, en la sostenibilidad financiara del Parque.

El enfoque de building block se ve reflejado en diversas actividades desde acciones de información y de formación, espacios de intercambio y diálogo entre actores e instituciones y el acompañamiento en el desarrollo de acuerdos. Un ejemplo es el acuerdo entre el Ministerio del Ambiente, la unidad de gestión del área protegida y la universidad para el monitoreo participativo y seguimiento de los viveros y ensayos de restauración. El involucramiento y fortalecimiento del comité de gestión del área protegida es otra medida clave que aspira fortalecer la gobernanza del área.

Adicionalmente, se refleja la apropiación y transversalización de la política nacional de cambio climático en actores de nivel meso, como por ejemplo el desarrollo de Planes de Cambio Climático, la implementación de medidas de adaptación en sectores productivos y el manejo de los ecosistemas.