En cumplimiento a las metas establecidas en el Plan de Acción Institucional del Sistema de Parques Nacionales y el Plan de Acción del SNAP, Parques inicio el proceso de integración de AP a instrumentos técnicos y de política pública nacional, regional y local. Con la expedición de la Ley Orgánica de Ordenamiento Territorial de Colombia por el Congreso de la República, y la creación de la Comisión de Ordenamiento Territorial (COT), conformada por 7 instituciones, entre ellas el Departamento Nacional de Planeación, que ejerce la Secretaria Técnica, se inició el proceso de conformación del Comité Especial Interinstitucional (CEI) de la COT. Parques Nacionales fue incluido como una de las 6 instituciones invitadas permanentes en el CEI, debido a sus gestiones en política pública, elaboración de documentos técnicos, y desarrollo de 8 casos piloto en diferentes regiones del país, con lo que se pretende aportar insumos para la formulación de la Política General de Ordenamiento Territorial, desde un enfoque multinivel, interinstitucional y participativo. UICN-América del Sur propone ser parte de este proceso nacional, con el apoyo a la implementación de 2 de los casos piloto, por medio del  proyecto global “Planificación de Ordenamiento Territorial Integrado para la Biodiversidad”.  

Con la creación del Parque Nacional Natural - Resguardo Indígena Yaigojé Apaporis nació una nueva forma de relacionamiento entre pueblos indígenas y Estado colombiano. Fue necesario buscar mecanismos para asegurar la gobernabilidad y la conservación integral de sus sistemas de vida, sin interferir los derechos de dichos pueblos a su autonomía territorial ni al manejo cultural que tradicionalmente han efectuado. Una vez creado el Parque, se inició el proceso de formulación de su Régimen Especial de Manejo (REM), por medio del cual se genera la administración conjunta entre Parque Nacionales Naturales de Colombia (PNNC) y la Asociación de Capitanes Indígenas de Yaigojé Apaporis (ACIYA). Para establecer el REM, se requirió una metodología de investigación propia o endógena, propuesta por los mismos pueblos indígenas, y apoyada por la experiencia de la Fundación GAIA Amazonas. Esta metodología se basó en lineamientos emitidos en un Congreso Indígena amazónico, donde se identificaron todos los temas que serían recopilados en cada uno de los pueblos indígenas, para guiar la elaboración del REM. De este modo se promovió la participación de las comunidades con tres representantes indígenas y un shamán.

En 1988 se creó el Resguardo Indígena Yaigojé Apaporis por solicitud de los pueblos indígenas Tanimuca, Yucana, Letuama, Matapí, Cabayari, Macuna, Barazano y Yujup-Macú. Posteriormente, en el 2008, mediante consenso en asamblea extraordinaria de las Autoridades Tradicionales y los Capitanes Indígenas (ATCI), estos pueblos decidieron solicitar la creación de un Parque Nacional superpuesto con los límites del Resguardo Indígena, considerando que esto eliminaría el desarrollo de actividades mineras y de explotación que pusieran en riesgo la biodiversidad y sus sitios sagrados, y por lo tanto, sus usos y costumbres, composición social y entorno ambiental.

La creación del Parque Nacional Natural – Resguardo Indígena Yaigojé Apaporis tiene un largo proceso de trabajo con la Fundación GAIA Amazonas, la cual contó con el apoyo técnico y  financiero de la Fundación Gordon y Betty Moore. La decisión de pasar a un Régimen Especial de Manejo (REM) debía tener pleno respaldo local, asegurar la autonomía de los pueblos indígenas y fortalecer sus sistemas tradicionales; además, era necesario que los pueblos indígenas cuenten con facultades de negociación y coordinación para poder establecer acuerdo con el Estado.

La Ley del Sistema Nacional de Unidades de Conservación, publicada en julio del 2000, estableció el Enfoque de Mosaicos de Conservación. Los mosaicos son “un conjunto de Unidades de Conservación (UC) de categorías diferentes o no, próximos, yuxtapuestas o superpuestas, y otras AP, públicas o privadas”, cuya gestión debe realizarse de manera integrada, de acuerdo a los objetivos de cada UC.

Ante el desafío de manejar los conflictos socio-ambientales y optimizar los recursos humanos, financieros y materiales, el 2010 se estableció el Mosaico de Conservación Bajo Río Negro, con una superficie de 7.329.220 hectáreas, conformado por 11 UC, entre ellas el PN de Jaú y la RESEX del Río Unini.

La implementación de este enfoque prioriza los procesos de conservación en porciones mayores de territorio, lo que permite la gestión integral de paisajes localizados a lo largo de los ríos Jaú y Unini, al norte, y el Bajo Negro al sur del mosaico. Al ver a las AP como partes de un todo, funcionales y conectadas entre sí, fue necesario incorporar en el diseño de los planes de manejo una metodología participativa, que promoviera el involucramiento de múltiples actores en la toma de decisiones para el manejo del territorio y sus recursos naturales.

En el año 1979, el área donde se ubica el Parque Nacional de Jaú fue propuesta como Reserva Biológica; una categoría de manejo restrictiva respecto a la explotación de recursos naturales (RRNN) en Brasil. Posteriormente, en el año 1980 se crea el PN de Jaú, y desde entonces tiene el reto de manejar la alta conflictividad socio-ambiental de la zona.

La Fundación Vitoria Amazónica (FVA), con presencia en el área desde 1991, aplicó metodologías innovadoras participativas de mapeo de uso de RRNN, lo que apoyó el desarrollo de su Plan de Manejo y zonificación, entre 1996 y 1998, en el marco de un contrato de co-gestión del Parque con el Gobierno Federal de Brasil. Años más tarde, se crea en Brasil el Sistema Nacional de Unidades de Conservación (SNUC), y se desarrollan herramientas para la construcción de procesos participativos. Es así que la FVA, como institución de colaboración técnica del Instituto Brasilero de Medio Ambiente y Recursos Naturales Renovables (IBAMA), apoyó a las comunidades locales en la creación de la Reserva Extractivista (RESEX) del río Unini, en un proceso que continuó hasta el año 2006, para garantizar el acceso a recursos naturales y tenencia del territorio por parte de las poblaciones del río Jaú y Unini.

Una iniciativa de integración fronteriza Amazónica, conocida como Programa Trinacional, promovida por los administradores de tres áreas protegidas (Parque Nacional Natural La Paya, Colombia; Reserva de Producción de Fauna Cuyabeno, Ecuador; y Parque Nacional Güeppí, Perú) permitió optimizar su efectividad del manejo bajo un modelo de gestión regional coordinada.

La iniciativa nace desde el año 2005, producto de espacios de diálogo entre representantes de estas área. Esta iniciativa se consolida en el 2006 con el Programa Trinacional, y se ha ido fortaleciendo en el tiempo. La primera decisión de apoyo financiero buscó establecer un convenio entre los Fondos Ambientales de los tres países. Posteriormente se consiguió apoyo financiero a través de varios proyectos que cubren líneas prioritarias, como gestión de área y zonas de influencia, participación social, fortalecimiento de capacidades institucionales, y fortalecimiento del corredor de conservación.

De esta manera, los Gobiernos de los tres países se unieron para buscar mecanismos operativos, técnicos y financieros que permitan la conservación y el desarrollo sostenible de este corredor, con la aspiración de constituirse en una experiencia piloto de gestión transfronteriza.

Uno de los grandes desafíos de la Reserva de Producción Fauna Cuyabeno fue la consolidación de sus límites y lograr acuerdos con las poblaciones locales y organizaciones indígenas para su gestión. La relevancia de integrar las variables culturales en los procesos de conservación nacionales, fueron la oportunidad para implementar el proyecto «Delimitación de la zona baja, solución de conflictos y sensibilización de las comunidades respecto del uso y manejo de los recursos en la Reserva de Producción de Fauna Cuyabeno». Este tuvo como objetivo mantener la integridad biológica y cultural de la Reserva, a través del fortalecimiento de alianzas entre el MAE y las comunidades indígenas de las nacionalidades Siona, Secoya, Cofán, Kichwa y Shuar; con territorios dentro del área. Así, desde 1995 se empezó a establecer Convenios de Uso y Manejo de Recursos Naturales con la mayoría de comunidades de estos cinco pueblos indígenas, buscando la participación local y el reconocimiento del área para una gestión compartida. Los convenios se constituyen en documentos formales de legitimación del derecho de los indígenas a habitar en la Reserva y de hacer uso de sus recursos naturales en condiciones especiales por estar dentro de un área protegida.

El modelo de co-administración del PN Noel Kempff Mercado entre el Gobierno Nacional de Bolivia y la Fundación Amigos de la Naturaleza (FAN), durante 1995 y 2005, generó las bases del fortalecimiento institucional para la gestión del Parque. Esto permitió consolidar el área, y estructuró un proceso de planificación, mediante la aplicación de instrumentos de gestión institucionalizados, como el Plan de Protección (2013-2017) y el Plan Operativo Anual; herramientas hasta entonces poco utilizados en el SNAP. Así mismo, la FAN contribuyó en la consecución de fondos para asegurar la sostenibilidad de la gestión, principalmente mediante el Proyecto de Acción Climática Noel Kempff Mercado (PAC-NKM). Sumado a esto, la promoción de instancias participativas, como el Comité de Gestión del Parque, y el involucramiento de miembros de comunidades locales en instancias operativas y de toma de decisiones, han sido fundamentales en mejorar la gestión del Parque.

Lamentablemente este modelo de co-administración dejó de funcionar en 2006, debido a cambios en el contexto socio-político a escala nacional, que centralizaron la gestión de las AP desde el Gobierno Nacional, lo que ha impactado, principalmente, en la sostenibilidad financiara del Parque.

El enfoque de building block se ve reflejado en diversas actividades desde acciones de información y de formación, espacios de intercambio y diálogo entre actores e instituciones y el acompañamiento en el desarrollo de acuerdos. Un ejemplo es el acuerdo entre el Ministerio del Ambiente, la unidad de gestión del área protegida y la universidad para el monitoreo participativo y seguimiento de los viveros y ensayos de restauración. El involucramiento y fortalecimiento del comité de gestión del área protegida es otra medida clave que aspira fortalecer la gobernanza del área.

Adicionalmente, se refleja la apropiación y transversalización de la política nacional de cambio climático en actores de nivel meso, como por ejemplo el desarrollo de Planes de Cambio Climático, la implementación de medidas de adaptación en sectores productivos y el manejo de los ecosistemas.