Tras la publicación de la AMP de Chumbe en 1994 por el Gobierno de Zanzíbar, se confió la gestión del Santuario de Arrecifes a CHICOP por un periodo renovable de 10 años (actualmente en su tercer periodo de renovación). Los planes de gestión definen objetivos, actividades, normas de investigación y lo que se debe y no se debe hacer, tanto para los visitantes como para el personal. Sólo se permiten actividades no consuntivas y no explotadoras. La investigación se limita a estudios no extractivos, y están prohibidas la pesca y el fondeo no autorizado en la AMP. El buceo sólo está permitido a investigadores y equipos de rodaje de documentales. Para aumentar la capacidad de hacer cumplir la ley, los guardabosques reciben formación continua en técnicas y procesos de vigilancia para promover y garantizar el cumplimiento de la AMP. Las patrullas se realizan en barco, a pie y desde lo alto del faro. Los guardas no van armados y confían en persuadir a los pescadores y concienciarlos. Los informes diarios de vigilancia se comparten con el Departamento de Desarrollo Pesquero de Zanzíbar. El número de visitantes por día está restringido y sólo las embarcaciones organizadas por Chumbe pueden llevar visitantes a la AMP. Se colocan boyas de demarcación a lo largo de los límites de la AMP y los niveles de cumplimiento son altos, con relaciones positivas con los pescadores locales.

La comunicación pública, la educación y la concienciación sobre la importancia y vulnerabilidad del ecosistema marino son elementos clave para CHICOP, que ofrece educación medioambiental a pescadores, estudiantes, profesores, funcionarios, operadores turísticos y visitantes. CHICOP aplica la "Educación para el Desarrollo Sostenible" a través de un "Programa de Educación Medioambiental" que desde 1995 ha acogido a más de 6400 escolares, 1100 profesores y 690 miembros de la comunidad en excursiones de campo de un día a la isla de Chumbe. Las excursiones ofrecen actividades prácticas, debates en la propia aula de la isla utilizando herramientas de aprendizaje interactivas, y dispositivos especiales de flotación hacen posible que todos participen en el buceo con tubo, que es especialmente único para las niñas y mujeres musulmanas de la región, que rara vez aprenden a nadar. En colaboración con el Ministerio de Educación, CHICOP ha incorporado un módulo sobre arrecifes de coral a los planes de estudio de las escuelas locales y lleva a cabo cursos de formación de profesores relacionados con la sostenibilidad medioambiental, con el fin de ayudar a crear clubes medioambientales en las escuelas y comunidades de todo Zanzíbar. Estos clubes abordan temas como la gestión de residuos, la pérdida de biodiversidad y proyectos de mitigación del cambio climático.

El establecimiento y la gestión de la AMP se han basado en sólidos fundamentos biofísicos y científicos; desde estudios preliminares de referencia a todos los niveles al inicio del desarrollo conceptual, hasta la supervisión y evaluación periódicas para garantizar un enfoque de gestión adaptable. Desde 1993, CHICOP emplea a biólogos marinos profesionales expatriados como coordinadores de conservación, para formar a los guardas del parque y supervisar todos los programas de investigación y seguimiento. También se han realizado amplios esfuerzos de capacitación interinstitucional en una serie de proyectos tanto dentro de la AMP de Chumbe como con instituciones asociadas y programas emergentes de conservación costera en toda la región. El equipo de guardabosques de CHICOP ha recopilado datos de seguimiento y observación diarios en la AMP, lo que ha llevado a que Chumbe cuente con el conjunto de datos de seguimiento más extenso de cualquier AMP de África, posiblemente del mundo, que abarca más de 20 años de operaciones. Los resultados se utilizan para la toma de decisiones y se comparten a través de una serie de materiales informativos como publicaciones científicas, informes de situación y boletines informativos. Además, todo el personal de CHICOP recibe formación básica sobre ecología forestal y de arrecifes, inglés, ecoturismo y gestión de residuos.

La gestión sostenible de los parques a menudo implica restringir o modificar el acceso a los recursos tradicionales para una gestión sostenible. Por tanto, hay que compensar esos impactos garantizando que las comunidades locales y los usuarios de los recursos se beneficien directa o indirectamente del AMP y participen plenamente en la solución. El AMP de Chumbe se estableció mediante asociaciones participativas con las comunidades locales, e incluyó: reuniones en las aldeas antes y durante el desarrollo del proyecto; empleo y formación de miembros de la comunidad para diversas funciones del proyecto, incluidos antiguos pescadores como guardas del parque; participación de los líderes de las aldeas en los planes de gestión y en las reuniones del Comité Asesor; y la provisión de mayores oportunidades de ingresos para las comunidades locales (como productos agrícolas para el restaurante, materiales de construcción y artesanía, subcontratación de servicios de transporte por carretera y en barco y de artesanos durante el mantenimiento). Además, el proyecto beneficia a las comunidades locales mediante la protección de la valiosa biodiversidad; la repoblación de pesquerías agotadas y arrecifes de coral degradados; el fomento de la concienciación medioambiental entre los pescadores, y la prestación de servicios de emergencia a los pescadores locales en apuros a falta de un servicio de salvamento marítimo en Tanzania.

Se definen las funciones y responsabilidades de todas las partes interesadas. Para lograr el cumplimiento exigido de las normas administrativas, las partes interesadas participan activamente en las actividades de inspección y vigilancia. El incumplimiento de un acuerdo puede dar lugar a la denegación temporal del acceso a la isla.

Las reuniones periódicas con las partes interesadas, incluidos representantes del mundo académico, organismos gubernamentales, personal de los parques nacionales y pescadores locales, promueven el consenso en torno a las directrices de uso y protección de los recursos naturales.

Los pescadores adoptan normas voluntarias de pesca responsable basadas en las recomendaciones de la FAO. El Código de Conducta Local para la Pesca Responsable contribuye a garantizar la conservación y el uso sostenible de los recursos costeros y marinos, y se aplicó una vez reconocida la zona de pesca responsable.

Cada pescador registra sus capturas diarias, métodos y ubicación de los lugares de pesca e introduce la información en una base de datos. Esta información ayuda a controlar la abundancia y diversidad de especies clave y sirve como importante herramienta de gestión. Los datos son analizados por técnicos y científicos, y los resultados se discuten con los pescadores.

Las MRFA se definen como "áreas donde las actividades pesqueras están reguladas para asegurar el uso sostenible de los recursos a largo plazo y donde la acción de conservación, uso y manejo del INCOPESCA puede contar con el apoyo de las comunidades costeras y otras instituciones". (Decreto Ejecutivo No. 35502 del 1 de octubre de 2009).

Esta nueva legislación reconoció el esfuerzo de los pescadores por un modelo de gobernanza colaborativa para la gestión del territorio marino.

La comunidad local elaboró un Plan de Gestión Pesquera basado en sus conocimientos tradicionales. Una comisión, compuesta por miembros de la cooperativa pesquera y autoridades gubernamentales, se encarga de la gestión posterior de la zona.

Se inició un proceso participativo con pescadores artesanales de Coope Tárcoles R.L., autoridades gubernamentales representadas por INCOPESCA y CoopeSoliDar R.L. como facilitador del proceso, para el desarrollo del plan de manejo pesquero del MRFA.

Pescadores artesanales y arrastreros semi-industriales se acordó que los arrastreros semi-industriales permanecerían a 3 millas de la costa. En 2009, los arrastreros semiindustriales propusieron alejarse de las zonas acuáticas con una profundidad de 15 metros o menos, pero pidieron a los pescadores artesanales de camarón que también respetaran esta zona de prohibición de pesca para que la población de camarón blanco pudiera recuperarse más rápidamente.

También se acordó una veda de un año para la captura de camarón por parte de flotas artesanales y comerciales, la cual fue transformada en el año 2012 por la Junta Directiva de INCOPESCA en un decreto nacional (AJDIP-193), tal como lo estipula el decreto de la MRFA.

Después de la veda, Coope Tárcoles R.L. solicitó permisos para la pesca de camarón. Esta solicitud fue respaldada por el departamento de investigación de INCOPESCA y aprobada y se solicitó a los arrastreros semi-industriales camaroneros que se mantuvieran permanentemente fuera de la zona acordada de 15 metros. Posteriormente, los arrastreros camaroneros acordaron salir de la zona a 5 millas náuticas de la costa para apoyar poblaciones sostenibles de camarón.