De overeenkomst voor gezamenlijk beheer kan tijdens het leerproces worden gewijzigd. Belangrijke actoren die betrokken zijn bij gedeeld bestuur moeten begrijpen dat de overeenkomst moet worden aangepast op basis van de lessen die tijdens de implementatie worden geleerd. De medebeheerovereenkomst bevat de basisprincipes voor het medebeheerpartnerschap tussen de belangrijkste actoren, maar beperkt hun samenwerking bij het nemen van gezamenlijke beslissingen niet tot specifieke voorwaarden en problemen die in de overeenkomst worden genoemd. Partners, zoals autoriteiten en gemeenschappen, moeten alle kwesties die tijdens hun partnerschap naar voren komen, blijven bespreken en aanpakken. De overeenkomst voor gezamenlijk beheer is niet hetzelfde als een vaste vorm van een mechanisme voor het delen van voordelen, ook al bestaat het uit delen waarin wordt gespecificeerd welke hulpbronnen door mensen mogen worden verzameld en wat hun verantwoordelijkheden zijn bij de bescherming van het bos. In plaats daarvan is een co-managementovereenkomst het resultaat van onderhandelingen en heeft het veel te maken met adaptief beheer en bestuurskwesties.

• Door gebruik te maken van de expertise van fellows en hen aan te moedigen om zichzelf te organiseren rond leer- en actieprojecten (voorzien van middelen) kunnen ze hun leiderschapsvaardigheden ontwikkelen.
• Projecten van fellows hebben meer kans van slagen als ze deel uitmaken van het werkplan van hun organisatie.
• Zaaifinanciering is nodig om projecten op te starten.

De lokale perceptie van wat een "prioritaire" ecosysteemdienst voor waardering is, kan verschillen van die van projectontwikkelaars en onderzoekers. Bovendien kunnen gegevensbeperkingen de omvang van de waarderingsstudie beperken. Het kan dus nodig zijn om tijdens de voorbereidende diagnostische fase met de lokale bevolking te onderhandelen over welke diensten aan hun behoeften en aan die van het project voldoen en welke gewaardeerd kunnen worden. De brede waaier aan diensten die mangroven en omliggende kust- en mariene ecosystemen leveren, maken een volledige waardebepaling zeer uitdagend. Daarom zijn de meeste waarderingsstudies gedeeltelijk en afhankelijk van een reeks veronderstellingen en een verscheidenheid aan verschillende methoden. Goede werkrelaties met overheidsvertegenwoordigers die verantwoordelijk zijn voor gegevensverwerking en -archivering, en een goed begrip van de details van de lokale bestaansmiddelen en bedrijfsmodellen zijn zeer voordelig.

Een multi-use MPA beheerplan dat afdwingbaar is en op de juiste manier de belangen van de gemeenschap vertegenwoordigt, is net zo belangrijk als de oprichting van de MPA zelf. Helaas is het Costa Ricaanse systeem van kust-/mariene governance gefragmenteerd tussen twee afzonderlijke entiteiten, het Ministerie van Milieu en het Nationale Instituut voor de Visserij. Deze afzonderlijke instellingen communiceren niet effectief met elkaar. Bovendien hebben de Bejuco MPA's geen eigen beheerplannen, maar eerder een paar toegevoegde paragrafen aan de plannen van de wildreservaten. Dit heeft geleid tot hiaten in het bestuur en in de handhaving, waarvan de illegale visserij (met kieuwnetten en garnalentrawls) heeft geprofiteerd.

De term "beheersplan" heeft een negatieve connotatie bij snappervissers. Dit is te wijten aan Costa Rica's verouderde, top-down systeem voor het beheer van de kustbestanden. Jarenlang hebben ambachtelijke vissers te horen gekregen wat, waar en wanneer ze moeten vissen door middel van een reeks nationale beheerplannen waarin het lokale raadplegingsproces werd verwaarloosd; daarom hebben onderzoekers de term "duurzame visstrategie" moeten gebruiken in plaats van "beheerplan". Het goedkeuringsproces is tijdrovend geweest en de vissers staan over het algemeen wantrouwend tegenover nog meer regels en voorschriften die ze moeten volgen. De projectonderzoekers moesten belangrijke leden van verenigingen identificeren die bereid waren om tijd te besteden aan het leren en begrijpen van de voordelen van de ontwikkeling van een duurzame visserij. Deze mensen begonnen vervolgens hun collega-vissers te overtuigen van de waarde van de strategie op de lange termijn.

Hoewel de lokale snappervissers de strategie van hun visserij in acht nemen, heeft de Costa Ricaanse overheid nog geen initiatieven erkend voor de ontwikkeling van co-management.