Die Vereinbarung über die gemeinsame Verwaltung kann im Laufe des Lernprozesses geändert werden. Die an der gemeinsamen Verwaltung beteiligten Schlüsselakteure sollten sich darüber im Klaren sein, dass die Vereinbarung aufgrund der bei der Umsetzung gewonnenen Erkenntnisse geändert werden muss. Die Mitverwaltungsvereinbarung enthält die Grundprinzipien für die Mitverwaltungspartnerschaft zwischen den Hauptakteuren, beschränkt ihre Zusammenarbeit bei der gemeinsamen Entscheidungsfindung jedoch nicht auf bestimmte in der Vereinbarung genannte Bedingungen und Probleme. Die Partner, z. B. Behörden und Gemeinden, sollten weiterhin alle Fragen, die während ihrer Partnerschaft aufgeworfen werden, diskutieren und behandeln. Die Vereinbarung über die gemeinsame Bewirtschaftung ist nicht mit einer festen Form des Vorteilsausgleichs gleichzusetzen, auch wenn sie aus Abschnitten besteht, in denen festgelegt wird, welche Ressourcen von den Menschen gesammelt werden können und welche Verantwortung sie für den Schutz des Waldes haben. Stattdessen ist eine Ko-Management-Vereinbarung das Ergebnis von Verhandlungen und hat viel mit adaptivem Management und Governance-Fragen zu tun.

• Die Nutzung des Fachwissens der Stipendiaten und die Ermutigung zur Selbstorganisation im Rahmen von Lern- und Aktionsprojekten (die mit Ressourcen ausgestattet sind) helfen ihnen, ihre Führungsqualitäten zu entwickeln.
• Die Projekte der Stipendiaten haben mehr Aussicht auf Erfolg, wenn sie Teil des Arbeitsplans ihrer Organisation sind.
• Für den Start von Projekten ist eine Anschubfinanzierung erforderlich.

Lokale Auffassungen darüber, was eine "vorrangige" Ökosystemleistung für die Bewertung darstellt, können sich von denen der Projektentwickler und Forscher unterscheiden. Darüber hinaus können Datenbeschränkungen den Umfang der Bewertungsstudie begrenzen. Daher kann es notwendig sein, mit den Einheimischen in der vorläufigen Diagnosephase auszuhandeln, welche Leistungen ihren Bedürfnissen und denen des Projekts entsprechen und welche bewertet werden können. Die große Bandbreite an Leistungen, die von Mangroven und den umliegenden Küsten- und Meeresökosystemen erbracht werden, macht eine umfassende Bewertungsstudie zu einer großen Herausforderung. Daher sind die meisten Bewertungsstudien partiell und hängen von einer Reihe von Annahmen und einer Vielzahl unterschiedlicher Methoden ab. Gute Arbeitsbeziehungen zu Regierungsvertretern, die für die Datenverarbeitung und -archivierung zuständig sind, sowie ein solides Verständnis der Details der lokalen Lebensgrundlagen und Geschäftsmodelle sind von großem Vorteil, weshalb parallel dazu eine Studie über die Lebensgrundlagen durchgeführt werden sollte.

Ein MPA-Verwaltungsplan mit mehreren Nutzungsarten, der durchsetzbar ist und die Interessen der Gemeinschaft angemessen vertritt, ist ebenso wichtig wie die Einrichtung des MPA selbst. Leider ist das costaricanische System der Küsten-/Meeresverwaltung in zwei getrennte Einrichtungen zersplittert, das Umweltministerium und das Nationale Fischereiinstitut. Diese getrennten Einrichtungen kommunizieren nicht effektiv miteinander. Darüber hinaus haben die Bejuco MPAs keine eigenen Managementpläne, sondern nur ein paar zusätzliche Absätze in den Plänen der Naturschutzgebiete. Dies hat zu Lücken in der Verwaltung und Durchsetzung geführt, die von der illegalen Fischerei (Kiemennetze und Garnelenschleppnetze) ausgenutzt werden.

Der Begriff "Managementplan" ist bei den Schnapperfischern negativ besetzt. Das liegt an Costa Ricas veraltetem, von oben nach unten gesteuertem System der Bewirtschaftung von Küstenressourcen. Jahrelang wurde den handwerklichen Fischern durch eine Reihe von nationalen Bewirtschaftungsplänen vorgeschrieben, was, wo und wann sie zu fischen haben, wobei der lokale Konsultationsprozess vernachlässigt wurde; daher mussten die Forscher den Begriff "nachhaltige Fischereistrategie" statt "Bewirtschaftungsplan" verwenden. Das Genehmigungsverfahren war zeitaufwändig, und die Fischer misstrauen im Allgemeinen einem weiteren Regelwerk, das sie befolgen müssen. Die Projektforscher mussten wichtige Verbandsmitglieder ausfindig machen, die bereit waren, Zeit zu investieren, um die Vorteile der Entwicklung einer nachhaltigen Fischerei zu lernen und zu verstehen. Diese Personen begannen dann, ihre Fischerkollegen vom langfristigen Wert der Strategie zu überzeugen.

Während die lokalen Schnapperfischer die Strategie ihrer Fischerei beobachten, hat die costaricanische Regierung noch keine Initiativen zur Entwicklung des Co-Managements anerkannt.