El Fondo Monarca (FM) forma parte del Fondo para Áreas Naturales Protegidas (FANP) del FMCN, una iniciativa público-privada entre el FMCN, el Gobierno de México y el Banco Mundial. El FANP se compone de recursos patrimoniales, cuyos intereses se canalizan a 30 áreas naturales protegidas prioritarias del país.
El FANP cuenta con un Comité Técnico del FANP (CTFANP) que supervisa su funcionamiento, incluido el BM. Este Comité está integrado por siete miembros de diferentes sectores, quienes son designados por el Consejo Nacional de Áreas Naturales Protegidas y ratificados por el Consejo Directivo del FMCN.
Otro componente del BM es el Comité Técnico del Fideicomiso Fondo Monarca (CTFMM), que aprueba los pagos anuales a los ejidos y comunidades que han cumplido con la conservación de la cubierta forestal en las zonas núcleo. En el CTFMM participan seis representantes de ejidos (propiedades agrícolas y forestales de uso colectivo), comunidades indígenas y propietarios privados.
Este logro ha sido resultado del trabajo coordinado de la autoridad ambiental federal, los gobiernos de los estados de México y Michoacán, FMCN, WWF, los ejidos, comunidades indígenas y propietarios de las zonas núcleo que apoyaron el establecimiento del Fondo Monarca y el apalancamiento de Fondos Concurrentes para duplicar el pago por hectárea conservada en las zonas núcleo de la RBMM.