Una iniciativa de integración fronteriza Amazónica, conocida como Programa Trinacional, promovida por los administradores de tres áreas protegidas (Parque Nacional Natural La Paya, Colombia; Reserva de Producción de Fauna Cuyabeno, Ecuador; y Parque Nacional Güeppí, Perú) permitió optimizar su efectividad del manejo bajo un modelo de gestión regional coordinada.
La iniciativa nace desde el año 2005, producto de espacios de diálogo entre representantes de estas área. Esta iniciativa se consolida en el 2006 con el Programa Trinacional, y se ha ido fortaleciendo en el tiempo. La primera decisión de apoyo financiero buscó establecer un convenio entre los Fondos Ambientales de los tres países. Posteriormente se consiguió apoyo financiero a través de varios proyectos que cubren líneas prioritarias, como gestión de área y zonas de influencia, participación social, fortalecimiento de capacidades institucionales, y fortalecimiento del corredor de conservación.
De esta manera, los Gobiernos de los tres países se unieron para buscar mecanismos operativos, técnicos y financieros que permitan la conservación y el desarrollo sostenible de este corredor, con la aspiración de constituirse en una experiencia piloto de gestión transfronteriza.
Se logró fortalecer la institucionalidad del Programa mediante una estructura organizativa compuesta por el Comité Coordinador, Técnico y la Secretaría Técnica, además de un Memorando de Entendimiento avalado por los Ministros de Ambiente de los tres países, con lineamientos de su funcionamiento.
Gracias al apoyo técnico y financiero obtenido por el Programa se realizaron acciones conjuntas para incrementar la operatividad y la gestión de las tres áreas. En Cuyabeno se adecuó y equipó guardianías; y se consolidó el Programa de Control y Vigilancia de su Plan de Manejo, el cual se articuló con el trabajo de los equipos de guardaparques de las tres AP, para monitorear efectivamente sitios estratégicos de protección al interior de cada AP, en sus zonas de amortiguamiento y en los límites fronterizos. En el ámbito de la participación social para el manejo sostenible, se trabajó en fortalecer cadenas productivas de café orgánico y cacao fino de aroma, y en el turismo comunitario.