Si bien el PNCA contó con apoyo financiero durante el período 2008-2013, estas fuentes no son consideradas sostenibles a largo plazo, por lo que CIMA viene buscando mecanismos para mejorar la sostenibilidad financiera del parque. Uno de ellos fue diseñar el proyecto REDD+ Cordillera Azul, dentro del cual CIMA y The Field Museum of Chicago (como socio estratégico) desarrollaron un documento técnico para comprobar de qué manera el PNCAZ ha evitado la emisión de más de 1,6 millones de toneladas de CO2 al año por deforestación, y casi 13 millones de toneladas de CO2 durante el periodo 2008-2015. Por esto llegó a considerarse un megaproyecto REDD+, validado por estándares internacionales, como el Voluntary Carbon Standard (VCS), y el Climate, Community and Biodiversity Standards (CCB), los cuales buscan dar legitimidad y credibilidad, ante los mercados voluntarios, por medio de certificados de reducción de emisiones de gases de efecto invernadero no emitidos. Gracias a estos certificados, el proyecto pudo obtener su registro en Markit, una herramienta para administrar internacionalmente los créditos globales de carbono, lo que dio paso a que CIMA trabaje en procesos de negociación de créditos de carbono en el ámbito internacional.

El marco regulatorio de las áreas protegidas en Perú propicia un enfoque de co-gestión y trabajo participativo, y permite la suscripción de Contratos de Administración entre el Estado peruano y organizaciones privadas sin fines de lucro, como un mecanismo efectivo de apoyo a la gestión. En este contexto, el Parque Nacional Cordillera Azul (PNCA) tuvo, desde su creación, el apoyo técnico de la ONG Centro de Conservación, Investigación y Manejo de Áreas Naturales – Cordillera Azul (CIMA – Cordillera Azul). Años más tarde, en el 2008, el Estado firmó con CIMA un contrato de administración total de operaciones del Parque por un período de 20 años. En este marco se suscribió un Acuerdo de Desarrollo Global (GDA) entre la Agencia de los Estado Unidos para el Desarrollo Internacional (USAID), la Fundación Moore, la Fundación MacArthur, The Field Museum of Chicago y CIMA, para conjugar esfuerzos hacia la conservación del PNCAZ y contar con apoyo financiero durante el período 2008-2013. Esto permitió establecer una visión a largo plazo para la gestión adaptativa del PNCAZ, implementar un modelo de gestión participativa, y alcanzar mayor sostenibilidad financiera a través del apalancamiento de fondos para el PNCAZ.

La Ley del Sistema Nacional de Unidades de Conservación, publicada en julio del 2000, estableció el Enfoque de Mosaicos de Conservación. Los mosaicos son “un conjunto de Unidades de Conservación (UC) de categorías diferentes o no, próximos, yuxtapuestas o superpuestas, y otras AP, públicas o privadas”, cuya gestión debe realizarse de manera integrada, de acuerdo a los objetivos de cada UC.

Ante el desafío de manejar los conflictos socio-ambientales y optimizar los recursos humanos, financieros y materiales, el 2010 se estableció el Mosaico de Conservación Bajo Río Negro, con una superficie de 7.329.220 hectáreas, conformado por 11 UC, entre ellas el PN de Jaú y la RESEX del Río Unini.

La implementación de este enfoque prioriza los procesos de conservación en porciones mayores de territorio, lo que permite la gestión integral de paisajes localizados a lo largo de los ríos Jaú y Unini, al norte, y el Bajo Negro al sur del mosaico. Al ver a las AP como partes de un todo, funcionales y conectadas entre sí, fue necesario incorporar en el diseño de los planes de manejo una metodología participativa, que promoviera el involucramiento de múltiples actores en la toma de decisiones para el manejo del territorio y sus recursos naturales.

El PN de Jaú representa una de las mayores extensiones de bosque húmedo tropical protegidas en el mundo, que protege gran parte de una cuenca hidrográfica de aguas negras. Por su importancia, esta AP fue priorizada por el Programa de Áreas Protegidas de la Amazonía (ARPA), un programa gubernamental de Brasil, creado en el año 2002, liderado por el Ministerio de Medio Ambiente, y gestionado por el Fondo Brasileño para la Biodiversidad (Funbio).

El programa ARPA cuenta con el financiamiento del Fondo Mundial para el Medio Ambiente (GEF), el gobierno alemán, el Fondo Mundial para la Vida Silvestre (WWF), el Fondo Amazonía, a través del Banco Nacional de Desarrollo Económico y Social de Brasil (BNDES), la Fundación Moore y, actualmente, empresas privadas que son donantes del programa. Tiene una vigencia de 13 años, y su objetivo es expandir y fortalecer el Sistema Nacional de Áreas Protegidas de la Amazonía en Brasil, mediante la protección de 60 millones de hectáreas de Unidades de Conservación en el bioma Amazónico; y asegurar la sostenibilidad de su gestión a corto y largo plazo. Se implementa en tres fases independiente y continuas. La primera entre 2003 y 2010, la segunda entre 2010 y 2015, y la tercera, con un plazo de 25 años.

A lo largo del proceso de creación de la Reserva Extractivista (RESEX) del río Unini, y en el marco del contrato de co-gestión del PN de Jaú, la Fundación Vitoria Amazónica (FVA) implementó metodologías innovadoras participativas de mapeo de uso de recursos naturales (RRNN) y ha venido invirtiendo en un proceso de fortalecimiento organizacional y de capacidades locales para el uso sostenible de los RRNN. Es de destacar  el desarrollo e implementación de una metodología para el monitoreo de uso de RRNN (SIMUR) en el río Unini. Esto sirvió de insumo para un proceso que se dio en el año 2008, posterior a la creación de la RESEX del río Unini, con el desarrollo e implementación de “Términos de Compromiso” con las comunidades del río Unini. Estos documentos representan acuerdos entre las 6 comunidades del PN de Jaú que viven en el río Unini y el Gobierno brasilero, con los objetivos de regularizar su permanencia dentro del Parque, y establecer un proceso de co-manejo entre la población local y la administración del Parque. Es así que la participación comunitaria en los procesos de toma de decisiones en las dos unidades de conservación (PN de Jaú y la RESEX del río Unini) fue y es fundamental para la gestión eficiente de ambas áreas.

En el año 1979, el área donde se ubica el Parque Nacional de Jaú fue propuesta como Reserva Biológica; una categoría de manejo restrictiva respecto a la explotación de recursos naturales (RRNN) en Brasil. Posteriormente, en el año 1980 se crea el PN de Jaú, y desde entonces tiene el reto de manejar la alta conflictividad socio-ambiental de la zona.

La Fundación Vitoria Amazónica (FVA), con presencia en el área desde 1991, aplicó metodologías innovadoras participativas de mapeo de uso de RRNN, lo que apoyó el desarrollo de su Plan de Manejo y zonificación, entre 1996 y 1998, en el marco de un contrato de co-gestión del Parque con el Gobierno Federal de Brasil. Años más tarde, se crea en Brasil el Sistema Nacional de Unidades de Conservación (SNUC), y se desarrollan herramientas para la construcción de procesos participativos. Es así que la FVA, como institución de colaboración técnica del Instituto Brasilero de Medio Ambiente y Recursos Naturales Renovables (IBAMA), apoyó a las comunidades locales en la creación de la Reserva Extractivista (RESEX) del río Unini, en un proceso que continuó hasta el año 2006, para garantizar el acceso a recursos naturales y tenencia del territorio por parte de las poblaciones del río Jaú y Unini.

El Proyecto Acción Climática Noel Kempff Mercado (PAC-NKM) se diseñó en 1996, con la participación del Gobierno Nacional de Bolivia, la FAN, The Nature Conservancy (TNC), y tres empresas energéticas extranjeras, con el objetivo de evitar o mitigar la emisión de hasta 5,8 millones de toneladas de CO2 durante 30 años (1997-2026), en una superficie de más de 600.000 hectáreas.

El proyecto se posicionó como el primero de secuestro de carbono con base forestal a nivel mundial que busca ser replicado en otros países, pues logró certificar cerca de un millón de toneladas de CO2, en sus primeros 9 años de implementación (1997-2005).  Al ser una Actividad Implementada Conjuntamente bajo la Convención Marco de la Naciones Unidas sobre el Cambio Climático, se estableció un fondo fiduciario de 2.5 millones de dólares que aportaron a la sostenibilidad financiera del Parque en los Programas de Protección, Desarrollo Comunitario, Monitoreo y Verificación del secuestro de carbono, y Financiamiento de la conservación a largo plazo.

A pesar de que el periodo de vigencia del PAC-NKM es hasta el año 2026, desde el año 2013 se paralizó su ejecución para adecuarlo al nuevo marco político de Bolivia, vinculado al Mecanismo Conjunto de la Madre Tierra.

El marco jurídico boliviano establece el derecho legítimo de los grupos de actores locales a decidir sobre la gestión del las AP y sus recursos naturales. En el PN Noel Kempff Mercado, desde 1996 se desarrolló un modelo de gobernanza a través de la conformación de un Comité de Gestión, que se fue consolidando de manera paulatina, y que acompaña la planificación, toma de decisiones y logros alcanzados como resultado del manejo del área. Los actores que lo conforman provienen del sector gubernamental a nivel nacional, departamental y municipal; así como del sector no gubernamental, con la participación de la Fundación Amigos de la Naturaleza (FAN) durante el tiempo de co-administración del Parque (1995-2005). También cuenta con representantes de las siete comunidades indígenas y la Central Indígena del Bajo Paraguá. Adicionalmente, desde el año 2013 participan, solo con derecho a voto, dos instituciones gubernamentales adicionales que tienen importancia para el resguardo de los límites del área y para apoyar el desarrollo del AP y sus comunidades vecinas. Desde que se conformó el Comité de Gestión hasta la actualidad, su función ha sido actuar como un órgano fuerte de gestión del área protegida que no ha cesado en sus reuniones.

El modelo de co-administración del PN Noel Kempff Mercado entre el Gobierno Nacional de Bolivia y la Fundación Amigos de la Naturaleza (FAN), durante 1995 y 2005, generó las bases del fortalecimiento institucional para la gestión del Parque. Esto permitió consolidar el área, y estructuró un proceso de planificación, mediante la aplicación de instrumentos de gestión institucionalizados, como el Plan de Protección (2013-2017) y el Plan Operativo Anual; herramientas hasta entonces poco utilizados en el SNAP. Así mismo, la FAN contribuyó en la consecución de fondos para asegurar la sostenibilidad de la gestión, principalmente mediante el Proyecto de Acción Climática Noel Kempff Mercado (PAC-NKM). Sumado a esto, la promoción de instancias participativas, como el Comité de Gestión del Parque, y el involucramiento de miembros de comunidades locales en instancias operativas y de toma de decisiones, han sido fundamentales en mejorar la gestión del Parque.

Lamentablemente este modelo de co-administración dejó de funcionar en 2006, debido a cambios en el contexto socio-político a escala nacional, que centralizaron la gestión de las AP desde el Gobierno Nacional, lo que ha impactado, principalmente, en la sostenibilidad financiara del Parque.

Con la pérdida de grandes extensiones de praderas agrícolas en favor del maíz y la soja, y la falta de interés por instalar otras nuevas, la fauna que depende de este hábitat se ve inevitablemente afectada. Los pastizales de Norteamérica figuran entre los 21 ecosistemas más amenazados de la región. Muchas de las praderas que quedan, sobre todo en el este de Norteamérica, están casi totalmente integradas en paisajes agrícolas. Debido a los cambios en el paisaje, muchas aves en peligro de extinción y otros animales salvajes, incluidos los polinizadores, dependen cada vez más de la comunidad agrícola para la creación, el mantenimiento y la salud del hábitat.