La Ley del Sistema Nacional de Unidades de Conservación, publicada en julio del 2000, estableció el Enfoque de Mosaicos de Conservación. Los mosaicos son “un conjunto de Unidades de Conservación (UC) de categorías diferentes o no, próximos, yuxtapuestas o superpuestas, y otras AP, públicas o privadas”, cuya gestión debe realizarse de manera integrada, de acuerdo a los objetivos de cada UC.

Ante el desafío de manejar los conflictos socio-ambientales y optimizar los recursos humanos, financieros y materiales, el 2010 se estableció el Mosaico de Conservación Bajo Río Negro, con una superficie de 7.329.220 hectáreas, conformado por 11 UC, entre ellas el PN de Jaú y la RESEX del Río Unini.

La implementación de este enfoque prioriza los procesos de conservación en porciones mayores de territorio, lo que permite la gestión integral de paisajes localizados a lo largo de los ríos Jaú y Unini, al norte, y el Bajo Negro al sur del mosaico. Al ver a las AP como partes de un todo, funcionales y conectadas entre sí, fue necesario incorporar en el diseño de los planes de manejo una metodología participativa, que promoviera el involucramiento de múltiples actores en la toma de decisiones para el manejo del territorio y sus recursos naturales.

El PN de Jaú representa una de las mayores extensiones de bosque húmedo tropical protegidas en el mundo, que protege gran parte de una cuenca hidrográfica de aguas negras. Por su importancia, esta AP fue priorizada por el Programa de Áreas Protegidas de la Amazonía (ARPA), un programa gubernamental de Brasil, creado en el año 2002, liderado por el Ministerio de Medio Ambiente, y gestionado por el Fondo Brasileño para la Biodiversidad (Funbio).

El programa ARPA cuenta con el financiamiento del Fondo Mundial para el Medio Ambiente (GEF), el gobierno alemán, el Fondo Mundial para la Vida Silvestre (WWF), el Fondo Amazonía, a través del Banco Nacional de Desarrollo Económico y Social de Brasil (BNDES), la Fundación Moore y, actualmente, empresas privadas que son donantes del programa. Tiene una vigencia de 13 años, y su objetivo es expandir y fortalecer el Sistema Nacional de Áreas Protegidas de la Amazonía en Brasil, mediante la protección de 60 millones de hectáreas de Unidades de Conservación en el bioma Amazónico; y asegurar la sostenibilidad de su gestión a corto y largo plazo. Se implementa en tres fases independiente y continuas. La primera entre 2003 y 2010, la segunda entre 2010 y 2015, y la tercera, con un plazo de 25 años.

A lo largo del proceso de creación de la Reserva Extractivista (RESEX) del río Unini, y en el marco del contrato de co-gestión del PN de Jaú, la Fundación Vitoria Amazónica (FVA) implementó metodologías innovadoras participativas de mapeo de uso de recursos naturales (RRNN) y ha venido invirtiendo en un proceso de fortalecimiento organizacional y de capacidades locales para el uso sostenible de los RRNN. Es de destacar  el desarrollo e implementación de una metodología para el monitoreo de uso de RRNN (SIMUR) en el río Unini. Esto sirvió de insumo para un proceso que se dio en el año 2008, posterior a la creación de la RESEX del río Unini, con el desarrollo e implementación de “Términos de Compromiso” con las comunidades del río Unini. Estos documentos representan acuerdos entre las 6 comunidades del PN de Jaú que viven en el río Unini y el Gobierno brasilero, con los objetivos de regularizar su permanencia dentro del Parque, y establecer un proceso de co-manejo entre la población local y la administración del Parque. Es así que la participación comunitaria en los procesos de toma de decisiones en las dos unidades de conservación (PN de Jaú y la RESEX del río Unini) fue y es fundamental para la gestión eficiente de ambas áreas.

En el año 1979, el área donde se ubica el Parque Nacional de Jaú fue propuesta como Reserva Biológica; una categoría de manejo restrictiva respecto a la explotación de recursos naturales (RRNN) en Brasil. Posteriormente, en el año 1980 se crea el PN de Jaú, y desde entonces tiene el reto de manejar la alta conflictividad socio-ambiental de la zona.

La Fundación Vitoria Amazónica (FVA), con presencia en el área desde 1991, aplicó metodologías innovadoras participativas de mapeo de uso de RRNN, lo que apoyó el desarrollo de su Plan de Manejo y zonificación, entre 1996 y 1998, en el marco de un contrato de co-gestión del Parque con el Gobierno Federal de Brasil. Años más tarde, se crea en Brasil el Sistema Nacional de Unidades de Conservación (SNUC), y se desarrollan herramientas para la construcción de procesos participativos. Es así que la FVA, como institución de colaboración técnica del Instituto Brasilero de Medio Ambiente y Recursos Naturales Renovables (IBAMA), apoyó a las comunidades locales en la creación de la Reserva Extractivista (RESEX) del río Unini, en un proceso que continuó hasta el año 2006, para garantizar el acceso a recursos naturales y tenencia del territorio por parte de las poblaciones del río Jaú y Unini.

El Proyecto Acción Climática Noel Kempff Mercado (PAC-NKM) se diseñó en 1996, con la participación del Gobierno Nacional de Bolivia, la FAN, The Nature Conservancy (TNC), y tres empresas energéticas extranjeras, con el objetivo de evitar o mitigar la emisión de hasta 5,8 millones de toneladas de CO2 durante 30 años (1997-2026), en una superficie de más de 600.000 hectáreas.

El proyecto se posicionó como el primero de secuestro de carbono con base forestal a nivel mundial que busca ser replicado en otros países, pues logró certificar cerca de un millón de toneladas de CO2, en sus primeros 9 años de implementación (1997-2005).  Al ser una Actividad Implementada Conjuntamente bajo la Convención Marco de la Naciones Unidas sobre el Cambio Climático, se estableció un fondo fiduciario de 2.5 millones de dólares que aportaron a la sostenibilidad financiera del Parque en los Programas de Protección, Desarrollo Comunitario, Monitoreo y Verificación del secuestro de carbono, y Financiamiento de la conservación a largo plazo.

A pesar de que el periodo de vigencia del PAC-NKM es hasta el año 2026, desde el año 2013 se paralizó su ejecución para adecuarlo al nuevo marco político de Bolivia, vinculado al Mecanismo Conjunto de la Madre Tierra.

El marco jurídico boliviano establece el derecho legítimo de los grupos de actores locales a decidir sobre la gestión del las AP y sus recursos naturales. En el PN Noel Kempff Mercado, desde 1996 se desarrolló un modelo de gobernanza a través de la conformación de un Comité de Gestión, que se fue consolidando de manera paulatina, y que acompaña la planificación, toma de decisiones y logros alcanzados como resultado del manejo del área. Los actores que lo conforman provienen del sector gubernamental a nivel nacional, departamental y municipal; así como del sector no gubernamental, con la participación de la Fundación Amigos de la Naturaleza (FAN) durante el tiempo de co-administración del Parque (1995-2005). También cuenta con representantes de las siete comunidades indígenas y la Central Indígena del Bajo Paraguá. Adicionalmente, desde el año 2013 participan, solo con derecho a voto, dos instituciones gubernamentales adicionales que tienen importancia para el resguardo de los límites del área y para apoyar el desarrollo del AP y sus comunidades vecinas. Desde que se conformó el Comité de Gestión hasta la actualidad, su función ha sido actuar como un órgano fuerte de gestión del área protegida que no ha cesado en sus reuniones.

El modelo de co-administración del PN Noel Kempff Mercado entre el Gobierno Nacional de Bolivia y la Fundación Amigos de la Naturaleza (FAN), durante 1995 y 2005, generó las bases del fortalecimiento institucional para la gestión del Parque. Esto permitió consolidar el área, y estructuró un proceso de planificación, mediante la aplicación de instrumentos de gestión institucionalizados, como el Plan de Protección (2013-2017) y el Plan Operativo Anual; herramientas hasta entonces poco utilizados en el SNAP. Así mismo, la FAN contribuyó en la consecución de fondos para asegurar la sostenibilidad de la gestión, principalmente mediante el Proyecto de Acción Climática Noel Kempff Mercado (PAC-NKM). Sumado a esto, la promoción de instancias participativas, como el Comité de Gestión del Parque, y el involucramiento de miembros de comunidades locales en instancias operativas y de toma de decisiones, han sido fundamentales en mejorar la gestión del Parque.

Lamentablemente este modelo de co-administración dejó de funcionar en 2006, debido a cambios en el contexto socio-político a escala nacional, que centralizaron la gestión de las AP desde el Gobierno Nacional, lo que ha impactado, principalmente, en la sostenibilidad financiara del Parque.

Palaos tiene una larga historia de gestión pesquera. Durante generaciones, los jefes tradicionales han prohibido la pesca en zonas de arrecifes vulnerables, lo que se conoce como "bul", para proteger tanto la biodiversidad como los medios de subsistencia y la seguridad alimentaria de su pueblo. En estos tiempos modernos, está ampliamente aceptado que "la pesca de captura marina tiene impactos directos no sólo en las especies objetivo del mercado, sobre todo el atún, sino que también puede tener grandes impactos en una serie de especies capturadas incidentalmente, algunas de las cuales son particularmente vulnerables a la sobreexplotación y pueden degradar directamente el hábitat y tener amplios efectos indirectos o colaterales en la estructura y los procesos de la comunidad".

Utilizando este método tradicional de conservación, Palaos ha creado un enfoque de gestión de "todo el dominio", desde la cresta hasta el arrecife y más allá, cuyo componente más ambicioso es el Santuario Marino Nacional de Palaos. A medida que Palaos avanza en la aplicación del PNMS, el concepto de Bul se mantiene en la vanguardia de todos los procesos.

Los proyectos de cooperación son agentes de desarrollo pasajeros mientras que las instituciones del estado, sean de alcance nacional, regional o local son permanentes y tienen como principal objetivo velar por el bienestar de las comunidades en su ámbito de interés. Por cierto, los gobiernos locales (GoLos) son los niveles más cercanos a la población rural. La transferencia de capacidades, tanto técnicas como de conocimiento es otro bloque de construcción importante. Compatibilizar los enfoques de desarrollo de las municipalidades con el enfoque de conservación de RRNN que tiene un ANP es fundamental para sumar aliados no solo a conservación sino también para el desarrollo de la población circundante. Es aquí el building block 4 se amarra con este bloque: la generación de acuerdos de conservación entre una comunidad y los aliados estratégicos (jefatura y ECAs) conforman un frente sólido para canalizar ayuda de los GoLos en el desarrollo e implementación de medidas de adaptación. A su vez, la generación de información y la capacitación a los GoLos, en cómo acceder al sistema de inversión pública del estado, amplía su capacidad para atender a la población local y canalizar financiamiento usualmente desaprovechado.

Las comunidades nativas de Boca Isiriwe, Masenawa y Puerto Azul decidieron empezar a aprovechar los rodales naturales de Castaña (Bertholletia excelsa) que existen al interior de sus territorios a pesar de no tener experiencia previa alguna en hacerlo de forma comercial. El primer requisito, o condición que puso el proyecto EBA Amazonía fue de descartar la contaminación de los frutos por metales pesados. Se tomaron muestras de suelo y de los frutos de la castaña debido a la cercanía de operaciones mineras resultando en que ninguna de las muestras tenga trazas significativas (por encima de los límites permisibles). El proyecto asumió la oportunidad de apoyarlos debido a que dicha actividad comulga perfectamente con el enfoque ecosistémico del proyecto. Se creó una base de datos completa de la presencia y distribución de la especie para poder modelar con información climática actual y futura los cambios que sufriría la especie. A pesar de pronosticar cambios ligeros en su distribución, la Castaña seguirá siendo una especie con una amplia distribución en todo el ámbito de la RCA. Es decir a partir del interés genuino local el proyecto respondió facilitando la información necesaria para garantizar un proceso productivo sostenible.