De meeste beboste gebieden in het Kii gebergte zijn beplant omdat dit gebied van oudsher een plaats is voor houtkap. Bomen worden om de 50 tot 100 jaar gekapt en na de houtkap plant men kleine boompjes. Deze traditionele houtkapstrategie wordt al sinds de 16e eeuw uitgevoerd volgens traditionele technieken zoals zaad verzamelen, planten, plantdichtheid, uitdunnen en kappen, vooral in het district Yoshino in de prefectuur Nara, waar kersen karakteristiek zijn. De prefectuur van Nara heeft ook een belasting ingevoerd voor het behoud van het bosmilieu en werkt via de gemeenten samen met vrijwilligers en particuliere organisaties om verlaten bossen te kappen. De verlaten bossen zijn herplant met loofbomen in plaats van naaldbomen zoals ceder en cipres, die geschikt zijn voor bosbouw, en gemengde bossen van naald- en loofbomen worden omgevormd tot bossen die in de toekomst vrij zijn van menselijke interventie. Parallel aan het traditionele planten en oogsten van bomen proberen we de bossen en het boslandschap in het Kii gebergte op een duurzame manier in stand te houden.

Tijdens het hele proces waarin de heilige plaatsen in het Kii gebergte werden aangeduid als cultureel erfgoed en natuurlijk erfgoed (als onderdeel van een nationaal park), en later werden opgenomen in het biosfeerreservaat, om uiteindelijk deel uit te maken van het werelderfgoed, kregen de religieuze organen officieel de toestemming om ze te beschermen en te beheren volgens de traditionele kennis die ze al eeuwenlang meedragen, gebaseerd op religieuze overtuigingen en heilige waarden. Vanwege hun heilige karakter zijn oerbossen bijvoorbeeld door de verschillende religieuze gemeenschappen bewaard onder strikte kapverboden. De berglandschappen worden door Shingon boeddhisten geïnterpreteerd als gematerialiseerde "mandala's" en Shugendo beoefenaars reproduceren "mandala's" door pelgrimstochten te maken en hun ascetische praktijken uit te voeren in deze natuurlijke omgevingen. Voor pelgrims vertegenwoordigen de Kii bergen het paradijs op aarde. Een ander voorbeeld is het heilige bos van Nachi, dat is aangewezen als "Natuurmonument" onder de Wet op de Bescherming van Cultureel Eigendom en dat wordt beheerd door het Kumano Nachi Shinto heiligdom, als onderdeel van hun heilige plaats. De Nachi waterval wordt als heilig beschouwd. Dit betekent dat het heilige water niet aangeraakt of omgeleid mag worden.

Naast cultureel erfgoed dat is aangewezen onder de Wet op de Bescherming van Cultureel Eigendom die wordt uitgevoerd door het Agentschap voor Culturele Zaken, bevat het landgoed gebieden die voldoen aan het Yoshino-Kumano Nationaal Park, waarvan het beheer in handen is van het Ministerie van Milieu en de drie prefecturen die ermee verbonden zijn: Wakayama, Nara en Mie, en hun lokale overheden. De Three Prefectures' Council for the World Heritage Sacred Sites and Pilgrimage Routes in the Kii Mountain Range werd eerst opgericht om de nominatie op de Werelderfgoedlijst te bewerkstelligen, en na de inschrijving is deze raad belast met het coördineren van instandhoudingsacties en het ontwikkelen van het managementplan. De gouverneurs van de drie prefecturen zijn voorzitter en vicevoorzitter, terwijl de burgemeesters en onderwijshoofden van de gemeenten lid zijn van de raad. Het Agentschap voor Culturele Zaken neemt deel als waarnemer. De bescherming van culturele eigendommen wordt uitgevoerd in samenwerking met het departement voor de bescherming van culturele eigendommen en regionale ontwikkeling van elke prefectuur en de verantwoordelijke van de gemeente. Daarnaast wordt de raad geadviseerd door een wetenschappelijk comité dat bestaat uit deskundigen uit verschillende vakgebieden.

Om de Ifugaocultuur te integreren in het formele onderwijscurriculum, moeten de leerkrachten leren omgaan met de Ifugaocultuur. Leraren, de meesten van Ifugao afkomst, zijn door het moderne onderwijssysteem het waardesysteem van hun voorouders vergeten. Sommigen zijn buiten de Ifugao regio opgeleid. Het doel is om leerkrachten te trainen in het integreren van cultuur in wiskunde, sociale wetenschappen en alle vakken, en om lesmateriaal en modules te ontwerpen waarin de Ifugaocultuur een transversaal thema is. Trainingen voor leerkrachten over lokale leerplanontwikkeling en het bedenken van leermodules zijn aan de gang.

De Ifugao rijstterrassen worden onderhouden door families, niet alleen als productiegebied voor een basisgewas maar ook om de sentimentele reden dat deze eigendommen zijn doorgegeven van hun voorouders. Het onderhoud van de rijstterrassen weerspiegelt in de eerste plaats een coöperatieve aanpak van de hele gemeenschap die gebaseerd is op gedetailleerde kennis van de rijke biodiversiteit die in het agro-ecosysteem van Ifugao bestaat, een fijn afgestemd jaarsysteem dat de maancyclus respecteert, zonering en planning, uitgebreide bodem- en waterconservering, beheersing van het complexe bestrijdingsregime dat gebaseerd is op de verwerking van een verscheidenheid aan kruiden, vergezeld van religieuze rituelen. Toch wordt deze kennis bedreigd door sociaal-culturele veranderingen en het gebrek aan betrokkenheid van de jeugd, die wordt aangetrokken door de geglobaliseerde manier van leven in de stad. Om de terrassen te behouden, moet de Ifugaocultuur erkend worden en moet de inheemse kennis van de Ifugao doorgegeven worden aan de volgende generatie. De duurzame strategie die SITMo voorstelt is om cultuur en erfgoed te integreren in het officiële curriculum, zodat de Ifugaocultuur kan worden beschermd.

SITMo heeft samenwerkingsverbanden ontwikkeld met lokale wetenschappelijke instellingen zoals de Ifugao State University, die werkt met het FAO Globally Important Agricultural Heritage System (GIAHS) predicaat en het Ifugao Rice Terraces GIAHS Research and Development Center heeft opgericht. Verder werkt SITMo samen met de Ifugao State University en het Taiwanese Ministerie van Wetenschap en Technologie en de National Chengchi University van Taiwan in het project "Center for Taiwan-Philippines Indigenous Knowledge, Local Knowledge and Sustainable Development", waarbij partnerinstellingen samen de duurzame bescherming en overdracht van hun inheemse kennis onderzoeken door middel van uitwisseling en gezamenlijk onderzoek, waardoor lokale gemeenschappen zich duurzaam kunnen ontwikkelen. In 2012 werd een partnerschap op lange termijn aangegaan met het Departement Antropologie van de Universiteit van Californië, Los Angeles (UCLA) om archeologisch onderzoek uit te voeren op de terrassen, wat leidde tot de oprichting van erfgoedgalerijen voor de gemeenschap en de publicatie van wetenschappelijke artikels.

Het betrekken van alle belanghebbenden bij het behoud van het cultuurlandschap van de Rijstterrassen vereiste de versterking van bestaande netwerken, waarbij de traditionele kennis achter de bouw en het onderhoud van de terrassen, overgedragen door het Ifugao volk, een centrale rol speelde voor hun herstel en duurzame behoud. Als een gemeenschapsorganisatie waarvan 99% van de leden zelf Ifugaos zijn en gebaseerd op de Filippijnse Beweging voor Plattelandsherstel (PRRM), een nationale NGO die werkt aan gemeenschapsontwikkelingsprojecten, had SITMo een sterke basis voor de ontwikkeling van allianties. Het ontwikkelde samenwerkingsverbanden met de nationale overheid en de lokale overheden om de lokale gemeenschappen te betrekken bij het herstelproces van de terrassen en duurzame strategieën te ontwikkelen voor het behoud op lange termijn. SITMo richtte zich op het organiseren van boeren in de verschillende werelderfgoedclusters om in focusgroepen met de gemeenschappen de problemen van de terrassen te bespreken. Al die tijd is er voortdurend archeologisch en etnografisch onderzoek uitgevoerd door SITMo in samenwerking met academische instellingen zoals UCLA, de Universiteit van de Filippijnen en de Ifugao State University.